AtlanteEdit
În 2002, la doi ani după pensionare, Herrera s-a întors să antreneze fostul său club Atlante. El va rămâne manager timp de doi ani, dar a demisionat în 2004 după ce nu a reușit să-l ducă pe Atlante într-o finală.
MonterreyEdit
pentru Apertura 2004, Herrera a fost numit antrenor principal al Monterrey. El s-a confruntat întâmplător cu fostul său club Atlante în semifinale, Monterrey avansând cu un scor agregat de 7-3. În cele din urmă nu a reușit să facă campioni la Monterrey, pierzând în fața UNAM în finală cu un scor agregat de 3-1. A reușit să ducă Monterrey la o altă finală în turneul Apertura 2005, dar a eșuat încă o dată, de data aceasta pierzând în fața lui Toluca cu un scor total de 6-3. Herrera va continua să fie manager al Monterrey până la turneul Apertura 2007, unde contractul său a fost reziliat în septembrie 2007 din cauza formei slabe continue.
VeracruzEdit
înainte de Clausura 2008, Herrera a fost angajat ca manager al Veracruz după demisia lui Antonio Mohamed. O victorie remarcabilă pentru Herrera a fost o victorie cu 4-0 pe teren propriu Club am Oustrica la 29 martie 2008. El a fost însărcinat să împiedice Veracruz să fie retrogradat în Primera Divisi XVN A, deși Veracruz a fost inevitabil retrogradat. Herrera s-a despărțit de club în mai 2008.
Estudiantes TecosEdit
la scurt timp după ce a părăsit Veracruz, Herrera a fost angajat să gestioneze un Estudiantes Tecos care se luptă la jumătatea turneului Apertura 2008 pentru a-l înlocui pe jos Luis Trejo. A fost concediat la 6 septembrie 2010 după ce Tecos a suferit o înfrângere cu 0-3 împotriva Guadalajara în timpul unui meci de ligă al turneului Apertura.
reveniți la AtlanteEdit
În noiembrie 2010 s-a anunțat că Herrera a fost angajat ca nou manager Atlante, revenind la fostul său club după prima sa perioadă managerială în 2002. Sub domnia sa, Atlante a terminat pe locul patru în Clausura 2011, deși vor fi eliminați în sferturile de finală de Cruz Azul. Atlante nu a reușit să se califice pentru playoff-urile Apertura 2011, iar Herrera nu și-a reînnoit contractul cu clubul. Au existat rapoarte care l-au legat de Club am Oustrica ca noul lor manager pentru sezonul următor.
am Oustricaedit
la 16 noiembrie 2011, Herrera a fost numit oficial manager al Clubului am Oustrica. În prima sa conferință de presă, Herrera a dezvăluit că a semnat un contract de șase luni, spunând: „f în șase luni nu dau rezultate, voi pleca.”La 7 ianuarie 2012, am Oustrica a învins qu Otrivretaro cu 2-0, care a fost prima victorie oficială a lui Herrera cu Am Oustrica. Am elixtrica a terminat Clausura pe locul trei și a ajuns în semifinale, fiind eliminat de Monterrey cu un scor agregat de 0-2. La 14 mai, Miguel Herrera a fost ratificat ca manager. El a condus clubul pe locul patru în următoarea Apertura, fiind din nou eliminat în etapa semifinalelor în urma unei pierderi agregate de 2-3 la Toluca.
la 26 mai 2013, am Oustrica a câștigat al unsprezecelea titlu de Ligă din istoria sa, învingându-l pe Cruz Azul cu 4-2 la penalty-uri după o revenire dramatică dintr-o pierdere de 0-1 în prima manșă pentru a egala 2-2 în total și jucând a doua manșă cu zece bărbați timp de peste 105 minute. A fost primul titlu al lui Herrera în cariera sa managerială după ce și-a pierdut cele două finale anterioare în timp ce se afla la Monterrey.
următoarea Apertura, Herrera a condus am Oustrica la o altă finală a Ligii după ce a ocupat clasamentul ligii cu 37 de puncte, cu toate acestea au fost învinși de le XVN. La jumătatea turneului, Herrera a fost numit antrenor interimar al Echipei Naționale a Mexicului; asistentul său Oeclvaro Galindo a antrenat am Oectrica până la întoarcerea lui Herrera în noiembrie. Ulterior s-a anunțat că Herrera va prelua permanent funcția de antrenor principal al echipei mexicane.
echipa națională a Mexiculuiedit
la 18 octombrie 2013, Herrera a fost numit antrenor principal interimar al Mexicului, înlocuindu-l pe V Inktokctor Manuel Vucetich pentru a deveni al patrulea antrenor al echipei naționale în decurs de o lună. El a condus El Tri la o victorie agregată cu 9-3 asupra Noii Zeelande în play-off-ul inter-confederație pentru a se califica la Cupa Mondială 2014 în Brazilia. La 2 decembrie, s-a anunțat că Herrera va rămâne antrenor al echipei naționale cel puțin prin Cupa Mondială.
la Cupa Mondială, Mexicul a terminat pe locul doi în grupa lor cu 7 puncte, obținând victorii împotriva Camerunului și Croației și asigurând o remiză fără scor împotriva națiunii gazdă.S-au confruntat cu Olanda în Runda de 16, unde Mexicul a fost eliminat controversat după ce a cedat unei înfrângeri cu 2-1. La 3 decembrie, el a declarat că contractul său cu echipa națională a fost reînnoit.
Mexicul nu a reușit să treacă de faza grupelor din 2015 Copa am Elixtrica, obținând doar două remize și o pierdere. La 26 iulie 2015, Mexicul a câștigat cupa de aur CONCACAF după ce a învins Jamaica cu 3-1 în finală. Două zile mai târziu, Herrera a fost eliberat ca antrenor al echipei naționale din Mexic după o presupusă altercație fizică cu crainicul TV Azteca Christian Martinoli – care îl criticase pe Herrera – în timp ce cei doi așteptau în linia TSA la Aeroportul Internațional Philadelphia.
TijuanaEdit
la 2 noiembrie 2015, Herrera a fost numit manager al Tijuanei. A condus clubul până în mai 2017, calificându-se de două ori în play-off.
întoarcerea la Am Oustricaedit
la 26 mai 2017, noul președinte sportiv Santiago Ba Okticos a anunțat oficial întoarcerea lui Herrera la Club am Oustrica. El a pierdut în primul său joc oficial ca manager al Clubului, o înfrângere cu 1-2 în fața lui quer Xvtaro în Supercopa MX. Șase zile mai târziu, am Elixtrica a pierdut din nou în fața lui quer Xvtaro, de data aceasta cu o linie de scor 0-1, în meciul de deschidere al turneului Apertura. În săptămâna următoare, Herrera a câștigat primul său meci de ligă în a doua sa vrajă cu Am electrica, învingând Pachuca 2-0 la Estadio Hidalgo. Herrera a condus am Oqustrica la un loc pe locul trei în faza regulată a Apertura, cu toate acestea au fost eliminați în semifinale de Tigres UANL. Am oustrica a ieșit, de asemenea, din Liga Campionilor CONCACAF 2018 la Toronto FC în semifinale. Clubul a terminat următorul turneu Clausura pe locul doi și a fost din nou eliminat în etapa semifinalei, de data aceasta pierzând în fața lui Santos Laguna cu un scor total de 6-3.
Herrera L-a condus pe Am Oustrica la un alt loc secund în Apertura 2018, suferind doar două înfrângeri pe tot parcursul fazei regulate a turneului și a rămas neînvins în playoff. La 16 decembrie, Herrera a câștigat al doilea titlu de ligă – ambele cu Club am Oustrica-în urma unei victorii agregate cu 2-0 Cruz Azul în finală. De asemenea, el a condus echipa într-o serie neînvinsă de 17 jocuri în drum spre câștigarea campionatului, egalând recordul stabilit de club sub Mario Carrillo în 2005, când a câștigat Clausura din acel an.
la 5 februarie 2019, Herrera a ajuns la 100 de victorii la conducerea Club am Oustrica în urma unei victorii cu 3-1 asupra Necaxa în Copa MX, devenind al treilea manager din istoria clubului după Jose Antonio Roca și Carlos Reinoso pentru a atinge acea etapă. Pe 11 aprilie, am Elixtrica a învins FC Ju Elixtrez cu 1-0 în finala Clausura a Copa MX. Acesta a fost primul titlu de cupă al lui Herrera din carieră și al treilea titlu general cu Club am Oustrica.
la 21 decembrie 2020, la două zile după ce a fost eliminat de Los Angeles FC din Liga Campionilor CONCACAF unde a fost implicat într-o bătaie la pauză, Herrera a fost demis de am Oustrica.