AtlanteEdit
2002-ben, két évvel a visszavonulás után Herrera visszatért korábbi Klubjának, az Atlante edzőjéhez. Két évig menedzser maradna, de 2004-ben lemondott, miután nem tudta az Atlantét a döntőbe vinni.
MonterreyEdit
a 2004-es Apertura számára Herrera a Monterrey vezetőedzője volt. Véletlenül szembesült korábbi klubjával, az Atlantával az elődöntőben, Monterrey pedig 7-3-as összesítéssel haladt előre. Végül nem sikerült Monterrey bajnokok, vesztes UNAM a döntőben egy összesített pontszám 3-1. Monterrey-t sikerült egy másik döntőbe vinnie az Apertura 2005 versenyen, de még egyszer kudarcot vallott, ezúttal a Toluca-nak 6-3 összesített pontszámmal. Herrera továbbra is a Monterrey menedzsere lenne az Apertura 2007-es versenyéig, ahol a folyamatos rossz forma miatt 2007 szeptemberében felbontották a szerződését.
VeracruzEdit
a Clausura 2008 előtt Herrerát Antonio Mohamed lemondása után a Veracruz menedzserévé vették fel. A Herrera számára kiemelkedő győzelem 4-0 otthoni győzelem volt a Club América felett 2008.március 29-én. Ő volt a felelős annak megakadályozásáért, hogy Veracruz A Primera División a-ba kerüljön, bár Veracruz elkerülhetetlen volt. Herrera 2008 májusában szakított a klubbal.
Estudiantes TecosEdit
röviddel Veracruz elhagyása után Herrera-t felvették egy küzdő Estudiantes Tecos menedzselésére az Apertura 2008 versenyen, hogy José Luis Trejo helyére kerüljön. 2010.szeptember 6-án rúgták ki, miután Tecos 0-3-as vereséget szenvedett Guadalajara ellen az Apertura verseny bajnoki mérkőzésén.
Return to AtlanteEdit
2010 novemberében bejelentették, hogy Herrera-t felvették az új Atlante menedzserként, visszatérve korábbi klubjához, miután 2002-ben első vezetői stint volt. Uralkodása alatt Atlante a negyedik helyen végzett a Clausura 2011-ben, bár Cruz Azul a negyeddöntőben kiesett. Az Atlante nem jutott be az Apertura 2011 rájátszásába, Herrera pedig nem hosszabbította meg szerződését a klubbal. A hírek szerint a következő szezonra a Club América új menedzsere lesz.
AméricaEdit
2011.November 16-án Herrera hivatalosan a Club América menedzsere lett. Első sajtótájékoztatóján, Herrera kiderült, hogy hat hónapos szerződést írt alá, mondván: “f hat hónap alatt nem adok eredményt, elmegyek.”2012.január 7-én América 2-0-ra legyőzte Quéretarót, ami Herrera első hivatalos győzelme volt Américával. América a Clausurát a harmadik helyen fejezte be, és bejutott az elődöntőbe, ahol Monterrey 0-2-es összesítéssel kiesett. Május 14-én Miguel Herrerát nevezték ki igazgatónak. Ő vezette a klubot, hogy a negyedik helyen befejezni a következő Apertura, ismét kiesett az elődöntőben követően 2-3 összesített veszteség Toluca.
A Május 26-2013, América nyert a tizenegyedik bajnoki története azzal, hogy legyőzte Cruz Azul 4-2 a büntetések után drámai visszatérés a 0-1 első lábát veszteség nyakkendő 2-2 az összesített, valamint játszott a második láb tíz férfiak több mint 105 perc. Ez volt Herrera első bajnoki címe vezetői karrierjében, miután elvesztette két korábbi döntőjét Monterrey-ben.
A következő Apertura, Herrera vezette Américát egy másik bajnoki döntőre, miután 37 ponttal feltöltötte a bajnoki asztalt, de León legyőzte őket. A torna közepén Herrerát nevezték ki a mexikói válogatott ideiglenes edzőjének; asszisztense, Álvaro Galindo edzette Américát, amíg Herrera novemberben visszatér. Később bejelentették, hogy Herrera állandó jelleggel veszi át a mexikói csapat vezetőedzőjét.
Mexikói válogatottszerkesztés
2013.október 18-án Herrera-t kinevezték a Mexikói ideiglenes vezetőedzőnek, aki egy hónapon belül Víctor Manuel Vucetich lett a negyedik nemzeti csapat edzője. Az El Tri-t 9-3 összesített győzelemhez vezette Új-Zéland felett az Inter-Konföderációs rájátszásban, hogy kvalifikálja magát a 2014-es brazíliai világbajnokságra. December 2-án bejelentették, hogy Herrera legalább a világbajnokságon marad a válogatott edzője.
a világbajnokságon Mexikó 7 ponttal a második helyen végzett csoportjában, nyert Kamerun és Horvátország ellen, és pont nélküli döntetlent ért el a házigazda ország ellen.A 16. fordulóban Hollandiával szembesültek, ahol Mexikó ellentmondásosan megszűnt, miután 2-1-es vereséget szenvedett. December 3-án bejelentette, hogy megújítja szerződését a válogatottal.
Mexikó nem jutott tovább a 2015-ös Copa América csoportkörében, mindössze két döntetlent és egy vereséget szenvedett. 2015. július 26-án Mexikó megnyerte a CONCACAF arany Kupáját, miután a döntőben 3-1-re legyőzte Jamaicát. Két nappal később, Herrera-t a mexikói nemzeti csapat edzőjeként engedték szabadon, miután állítólagos fizikai veszekedés történt a TV Azteca bemondójával, Christian Martinolival-aki kritikus volt Herrera-val -, míg a kettő a Philadelphia nemzetközi repülőtéren a TSA vonalon várt.
TijuanaEdit
2015. November 2-án Herrera lett a Tijuana menedzsere. 2017 májusáig irányította a klubot, kétszer kvalifikálta magát a rájátszásba.
visszatérés az Américaszerkesztéshez
2017. május 26-án az újonnan kinevezett sportvezető, Santiago Baños hivatalosan bejelentette Herrera visszatérését az América klubba. Első hivatalos mérkőzésén a klub menedzsereként 1-2-es vereséget szenvedett Querétarótól a Supercopa MX-ben. Hat nappal később América Ismét kikapott Querétarótól, ezúttal 0-1-es összesítéssel, az Apertura elleni mérkőzés nyitómeccsén. A következő héten Herrera megnyerte első bajnoki mérkőzését América második varázslatában, 2-0-ra legyőzte a Pachuca-t Estadio Hidalgo-ban. Herrera az Apertura rendes szakaszában a harmadik helyre vezette Américát, ám a Tigres UANL az elődöntőben kiesett. Az América a 2018-as CONCACAF-Bajnokok Ligájából a Toronto FC-nek is kijutott az elődöntőben. A klub a következő Clausura tornát a második helyen fejezte be, majd az elődöntőben ismét kiesett, ezúttal 6-3-as összesítéssel kikapott a Santos Lagunától.
Herrera a 2018-as Apertura második helyére vezette Américát, aki a torna rendes szakaszában mindössze két vereséget szenvedett, és a rájátszásban veretlen maradt. December 16-án Herrera megszerezte második bajnoki címét-mindkettőt a Club América-val -, miután a döntőben 2-0-s összesített győzelmet aratott Cruz Azul felett. Ő is vezette a csapatot egy 17 játék veretlen széria útban megnyerte a bajnokságot, egyenlő a rekord által meghatározott Klub alatt Mario Carrillo 2005-ben, amikor megnyerte az év Clausura.
2019.február 5-én Herrera 100 győzelmet ért el a Club América felett, miután 3-1-es győzelmet aratott Necaxa felett a Copa MX-ben, Jose Antonio Roca és Carlos Reinoso után a klub történetének harmadik menedzserévé vált, hogy elérje ezt a mérföldkövet. Április 11-én América 1-0-ra legyőzte az FC Juárezt A Copa MX Clausura döntőjében. Ez volt Herrera pályafutása első kupagyőzelme, és a klub América elleni harmadik bajnoki címe.
2020.December 21-én, két nappal azután, hogy a Los Angeles FC kiesett a CONCACAF Bajnokok Ligájából, ahol félidei verekedésben vett részt, Herrera-t América elbocsátotta.