AtlanteEdit
Im Jahr 2002, zwei Jahre nach seiner Pensionierung, kam Herrera zurück, um seinen ehemaligen Verein Atlante zu trainieren. Er würde zwei Jahre lang Manager bleiben, trat aber 2004 zurück, nachdem er Atlante nicht ins Finale gebracht hatte.
MonterreyEdit
Für die Apertura 2004 wurde Herrera zum Cheftrainer von Monterrey ernannt. Er traf zufällig im Halbfinale auf seinen ehemaligen Verein Atlante, wobei Monterrey mit einem Gesamtergebnis von 7-3 vorrückte. Er scheiterte schließlich Monterrey Meister zu machen, zu verlieren UNAM im Finale durch eine Gesamtpunktzahl von 3-1. Es gelang ihm, Monterrey im Apertura 2005-Turnier zu einem weiteren Finale zu führen, scheiterte jedoch erneut und verlor diesmal gegen Toluca mit einem Gesamtergebnis von 6-3. Herrera würde weiterhin Manager von Monterrey bis zum Apertura 2007-Turnier sein, wo sein Vertrag im September 2007 wegen anhaltend schlechter Form gekündigt wurde.
VeracruzEdit
Vor der Clausura 2008 wurde Herrera nach dem Rücktritt von Antonio Mohamed als Manager von Veracruz eingestellt. Ein herausragender Sieg für Herrera war ein 4-0 Heimsieg über Club América am 29.März 2008. Er war dafür verantwortlich zu verhindern, dass Veracruz in die Primera División A absteigt, obwohl Veracruz unweigerlich absteigt. Herrera trennte sich im Mai 2008 vom Verein.
Estudiantes TecosEdit
Kurz nachdem er Veracruz verlassen hatte, wurde Herrera angeheuert, um einen kämpfenden Estudiantes Tecos auf halbem Weg in das Apertura 2008 Turnier zu leiten, um José Luis Trejo zu ersetzen. Er wurde am 6. September 2010 entlassen, nachdem Tecos während eines Ligaspiels des Apertura-Turniers eine 0: 3-Niederlage gegen Guadalajara erlitten hatte.
Rückkehr zu AtlanteEdit
Im November 2010 wurde bekannt gegeben, dass Herrera als neuer Atlante-Manager eingestellt wurde und nach seiner ersten Tätigkeit als Manager im Jahr 2002 zu seinem ehemaligen Verein zurückkehrte. Unter seiner Herrschaft wurde Atlante Vierter in der Clausura 2011, obwohl sie im Viertelfinale von Cruz Azul eliminiert würden. Atlante konnte sich nicht für die Playoffs der Apertura 2011 qualifizieren, und Herrera verlängerte seinen Vertrag mit dem Verein nicht. Es gab Berichte, die ihn mit Club América als neuen Trainer für die folgende Saison in Verbindung brachten.
AméricaEdit
Am 16.November 2011 wurde Herrera offiziell zum Manager des Club América ernannt. In seiner ersten Pressekonferenz gab Herrera bekannt, dass er einen Sechsmonatsvertrag unterzeichnet hatte und sagte: „Wenn ich in sechs Monaten keine Ergebnisse gebe, gehe ich.“ Am 7. Januar 2012 besiegte América Quéretaro mit 2: 0, was Herreras erster offizieller Sieg mit América war. América beendete die Clausura auf dem dritten Platz und erreichte das Halbfinale, nachdem Monterrey mit einem Gesamtergebnis von 0: 2 ausgeschieden war. Am 14. Mai wurde Miguel Herrera als Manager bestätigt. Er führte den Verein zu einem vierten Platz in der folgenden Apertura und schied nach einer 2: 3-Gesamtniederlage gegen Toluca erneut im Halbfinale aus.
Am 26. Mai 2013 gewann América den elften Meistertitel in seiner Geschichte, indem sie Cruz Azul 4-2 im Elfmeterschießen nach einem dramatischen Comeback von einem 0-1 Hinspielverlust zu 2-2 auf Aggregat zu binden, und spielen das Rückspiel mit zehn Männern für mehr als 105 Minuten. Es war Herreras erster Titel in seiner Managerkarriere, nachdem er seine beiden vorherigen Finals in Monterrey verloren hatte.
In der folgenden Apertura führte Herrera América zu einem weiteren Ligafinale, nachdem er die Tabelle mit 37 Punkten angeführt hatte, sie wurden jedoch von León besiegt. Mitte des Turniers wurde Herrera zum Interimstrainer der mexikanischen Nationalmannschaft ernannt; Sein Assistent Álvaro Galindo trainierte América bis zu Herreras Rückkehr im November. Später wurde bekannt, dass Herrera dauerhaft als Cheftrainer der mexikanischen Mannschaft fungieren würde.
Mexikanische Nationalmannschaftbearbeiten
Am 18.Oktober 2013 wurde Herrera zum Interims-Cheftrainer von Mexiko ernannt und ersetzte Víctor Manuel Vucetich, um der vierte Nationaltrainer innerhalb eines Monats zu werden. Er führte El Tri zu einem 9-3 Gesamtsieg über Neuseeland in der Inter-Konföderation Play-off für die WM 2014 in Brasilien zu qualifizieren. Am 2. Dezember wurde bekannt, dass Herrera zumindest während der Weltmeisterschaft Nationaltrainer bleiben würde.Bei der Weltmeisterschaft belegte Mexiko mit 7 Punkten den zweiten Platz in der Gruppe, gewann gegen Kamerun und Kroatien und sicherte sich ein torloses Unentschieden gegen den Gastgeber.Sie standen den Niederlanden in der Round-of-16 gegenüber, wo Mexiko nach einer 2: 1-Niederlage kontrovers eliminiert wurde. Am 3. Dezember erklärte er, dass sein Vertrag mit der Nationalmannschaft verlängert wurde.
Mexiko schaffte es bei der Copa América 2015 mit nur zwei Unentschieden und einer Niederlage nicht über die Gruppenphase hinaus. Am 26. Juli 2015 gewann Mexiko den CONCACAF Gold Cup nach dem Sieg über Jamaika 3-1 im Finale. Zwei Tage später, Herrera wurde nach einer angeblichen körperlichen Auseinandersetzung mit dem TV Azteca–Ansager Christian Martinoli, der Herrera kritisiert hatte, als Trainer der mexikanischen Nationalmannschaft entlassen, während die beiden in der TSA–Linie am Philadelphia International Airport warteten.
Tijuana
Am 2. November 2015 wurde Herrera zum Manager von Tijuana ernannt. Er leitete den Verein bis Mai 2017 und qualifizierte sich zweimal für die Play-offs.
Rückkehr nach AméricaEdit
Am 26.Mai 2017 gab der neu ernannte Sporting-Präsident Santiago Baños offiziell Herreras Rückkehr zum Club América bekannt. Er verlor in seinem ersten offiziellen Spiel als Manager des Clubs eine 1: 2-Niederlage gegen Querétaro in der Supercopa MX. Sechs Tage später verlor América im Eröffnungsspiel des Apertura-Turniers erneut gegen Querétaro, diesmal mit 0: 1. In der folgenden Woche gewann Herrera sein erstes Ligaspiel in seiner zweiten Amtszeit mit América und besiegte Pachuca 2-0 im Estadio Hidalgo. Herrera führte América zu einem dritten Platz während der regulären Phase der Apertura, jedoch wurden sie im Halbfinale von Tigres UANL eliminiert. América ging auch aus der CONCACAF Champions League 2018 nach Toronto FC im Halbfinale. Der Verein beendete das folgende Clausura-Turnier auf dem zweiten Platz und schied erneut im Halbfinale aus, Diesmal verlor er gegen Santos Laguna mit 6: 3.
Herrera führte América zu einem weiteren zweiten Platz in der Apertura 2018, erlitt nur zwei Niederlagen in der regulären Phase des Turniers und blieb in den Playoffs ungeschlagen. Am 16. Dezember gewann Herrera seinen zweiten Meistertitel – beide mit Club América – nach einem 2: 0-Gesamtsieg über Cruz Azul im Finale. Er führte das Team auch in einer ungeschlagenen Serie von 17 Spielen auf dem Weg zum Gewinn der Meisterschaft an und entsprach damit dem Rekord, den der Verein unter Mario Carrillo im Jahr 2005 aufgestellt hatte, als er die diesjährige Clausura gewann.
Am 5. Februar 2019 erzielte Herrera nach einem 3: 1-Sieg über Necaxa in der Copa MX 100 Siege für Club América und war damit nach Jose Antonio Roca und Carlos Reinoso der dritte Manager in der Vereinsgeschichte, der diesen Meilenstein erreichte. Am 11. April besiegte América den FC Juárez im Clausura-Finale der Copa MX mit 1:0. Dies war Herreras erster Pokaltitel in seiner Karriere und sein dritter Titel insgesamt mit Club América.
Am 21. Dezember 2020, zwei Tage nach dem Ausscheiden von Los Angeles FC aus der CONCACAF Champions League, wo er in eine Halbzeitschlägerei verwickelt war, wurde Herrera von América entlassen.