AtlanteEdit
em 2002, dois anos depois de se aposentar, Herrera voltou a treinar seu ex-clube Atlante. Ele permaneceria como Gerente por dois anos, mas renunciou em 2004 depois de não conseguir levar Atlante para uma final.
MonterreyEdit
para o Apertura 2004, Herrera foi nomeado treinador principal de Monterrey. Ele coincidentemente enfrentou seu ex-clube Atlante nas semifinais, com Monterrey avançando por um placar agregado de 7-3. Ele finalmente não conseguiu fazer o Monterrey champions, perdendo para o UNAM na final por um placar agregado de 3-1. Ele conseguiu levar Monterrey para outra final no Torneio Apertura 2005, mas falhou mais uma vez, desta vez perdendo para Toluca com uma pontuação agregada de 6-3. Herrera continuaria a ser gerente de Monterrey até o torneio Apertura 2007, onde seu contrato foi rescindido em setembro de 2007, devido à forma fraca contínua.
VeracruzEdit
antes da Clausura 2008, Herrera foi contratado como gerente de Veracruz após a renúncia de Antonio Mohamed. A vitória de Herrera foi uma vitória por 4-0 sobre o América em 29 de Março de 2008. Ele estava encarregado de evitar que Veracruz fosse rebaixado para a Primera División A, embora o Veracruz fosse inevitavelmente rebaixado. Herrera se separou do clube em maio de 2008.
Estudiantes TecosEdit
pouco depois de deixar Veracruz, Herrera foi contratado para gerenciar um Estudiantes Tecos midway no Torneio Apertura 2008 para substituir José Luis Trejo. Ele foi demitido em 6 de setembro de 2010 após Tecos sofreu uma derrota por 0-3 contra Guadalajara durante uma partida da liga do torneio Apertura.em novembro de 2010 foi anunciado que Herrera foi contratado como o novo treinador do Atlante, retornando ao seu antigo clube após sua primeira temporada de gestão em 2002. Durante seu reinado, Atlante terminou em quarto lugar na Clausura 2011, embora eles seriam eliminados nas quartas de final por Cruz Azul. O Atlante não se classificou para os playoffs do Apertura 2011, e Herrera não renovou seu contrato com o clube. Houve relatos ligando-o ao Club América como seu novo treinador na temporada seguinte.em 16 de novembro de 2011, Herrera foi oficialmente nomeado gerente do Club América. Em sua primeira Conferência De Imprensa, Herrera revelou que havia assinado um contrato de seis meses, dizendo: “f em seis meses eu não dou resultados, eu vou embora.”Em 7 de janeiro de 2012, a América derrotou Quéretaro por 2-0, que foi a primeira vitória oficial de Herrera com a América. O América terminou o Clausura em terceiro lugar e chegou às semifinais, sendo eliminado por Monterrey por um placar agregado de 0-2. Em 14 de Maio, Miguel Herrera foi ratificado como gerente. Ele levou o clube a um quarto lugar no Apertura seguinte, mais uma vez sendo eliminado na fase semifinal após uma derrota agregada de 2-3 para o Toluca.em 26 de Maio de 2013, o América venceu o décimo primeiro título da liga ao derrotar Cruz Azul por 4-2 nos pênaltis após um retorno dramático de uma derrota de 0-1 na primeira etapa para empatar por 2-2 no agregado, e jogar a segunda partida com dez homens por mais de 105 minutos. Foi o primeiro título de Herrera em sua carreira gerencial depois de perder suas duas finais anteriores, enquanto em Monterrey.no Apertura seguinte, Herrera levou o América para outra final da liga depois de superar a tabela da liga com 37 pontos, no entanto, foram derrotados por León. No meio do torneio, Herrera foi nomeado treinador interino da Seleção Mexicana; seu assistente Álvaro Galindo treinou a América até o retorno de Herrera em novembro. Mais tarde foi anunciado que Herrera iria assumir como treinador principal da equipe mexicana em uma base permanente.
México nacionais teamEdit
em 18 de outubro de 2013, Herrera foi nomeado treinador interino do México, substituindo Víctor Manuel Vucetich para se tornar o quarto treinador da seleção dentro de um mês. Ele liderou o El Tri a uma vitória agregada por 9-3 sobre a Nova Zelândia no play-off inter-Confederação para se qualificar para a Copa do mundo de 2014 no Brasil. Em 2 de dezembro, foi anunciado que Herrera permaneceria como treinador da seleção pelo menos durante a Copa do mundo.
na Copa do mundo, o México terminou em segundo lugar em seu grupo com 7 pontos, obtendo vitórias contra Camarões e Croácia e garantindo um empate sem pontuação contra a nação anfitriã.Eles enfrentaram os Países Baixos na rodada de 16, onde o México foi controversamente eliminado após sucumbir a uma derrota por 2-1. Em 3 de dezembro, ele declarou que seu contrato com a seleção foi renovado.o México não conseguiu passar a fase de grupos da Copa América de 2015, alcançando apenas dois empates e uma derrota. Em 26 de julho de 2015, o México venceu a Copa Ouro da CONCACAF depois de derrotar a Jamaica por 3-1 na final. Dois dias depois, Herrera foi lançado como treinador da equipe nacional do México após uma alegada briga física com o locutor de TV Azteca Christian Martinoli – que tinha sido crítico de Herrera – enquanto os dois esperaram na linha TSA no Aeroporto Internacional de Filadélfia.
TijuanaEdit
em 2 de novembro de 2015, Herrera foi nomeado gerente de Tijuana. Ele geriu o clube até maio de 2017, qualificando-se para os play-offs duas vezes.em 26 de Maio de 2017, o recém-nomeado presidente do sporting Santiago Baños anunciou oficialmente o retorno de Herrera ao Clube América. Ele perdeu em seu primeiro jogo oficial como gerente do clube, uma derrota por 1-2 para Querétaro no Supercopa MX. Seis dias depois, o América novamente perdeu para o Querétaro, desta vez por uma pontuação de 0-1, em sua partida de abertura do torneio Apertura. Na semana seguinte, Herrera venceu sua primeira partida da liga em seu segundo tempo com o América, derrotando Pachuca por 2-0 no Estádio Hidalgo. Herrera levou a América a um terceiro lugar durante a fase regular do Apertura, no entanto, foram eliminados nas semifinais por Tigres UANL. O América também saiu da Liga Dos Campeões da CONCACAF de 2018 para o Toronto FC nas semifinais. O clube terminou o torneio Clausura seguinte em segundo lugar, e foi novamente eliminado na fase semifinal, desta vez perdendo para o Santos Laguna por um placar agregado de 6-3.Herrera levou o América a outro segundo lugar no Apertura 2018, apenas sofrendo duas derrotas durante a fase regular do torneio, e ficou invicto nos playoffs. Em 16 de dezembro, Herrera ganhou seu segundo título da liga – ambos com o América-após uma vitória por 2-0 sobre o Cruz Azul na final. Ele também liderou a equipe em uma série de 17 jogos invictos no caminho para ganhar o Campeonato, igualando o recorde estabelecido pelo clube sob Mario Carrillo em 2005, quando ganhou Clausura daquele ano.em 5 de fevereiro de 2019, Herrera chegou a 100 vitórias no comando do clube América após uma vitória por 3-1 sobre o Necaxa na Copa MX, tornando-se o terceiro treinador na história do clube depois de José Antonio Roca e Carlos Reinoso para alcançar esse marco. Em 11 de abril, o América derrotou o FC Juárez por 1-0 na Clausura final da Copa MX. Este foi o primeiro título da Copa Herrera em sua carreira, e seu terceiro título geral com o Club América.em 21 de dezembro de 2020, dois dias depois de ser eliminado pelo Los Angeles FC da Liga Dos Campeões da CONCACAF, onde ele estava envolvido em uma briga no intervalo, Herrera foi demitido pelo América.