AtlanteEdit
2002, två år efter pensioneringen, kom Herrera tillbaka för att coacha sin tidigare klubb Atlante. Han skulle förbli chef i två år, men avgick 2004 efter att ha misslyckats med att ta Atlante till en final.
MonterreyEdit
För Apertura 2004 utsågs Herrera till huvudtränare för Monterrey. Han mötte tillfälligt sin tidigare klubb Atlante i semifinalen, med Monterrey framåt med en sammanlagd poäng på 7-3. Han misslyckades slutligen med att göra Monterrey-mästare och förlorade mot UNAM i finalen med en sammanlagd poäng på 3-1. Han lyckades ta Monterrey till en annan final i Apertura 2005 turnering, men misslyckades en gång till, den här gången förlorade han mot Toluca med en sammanlagd poäng på 6-3. Herrera skulle fortsätta att vara chef för Monterrey fram till apertura 2007 turnering, där hans kontrakt avslutades i September 2007 på grund av kontinuerlig dålig form.
VeracruzEdit
före Clausura 2008 anställdes Herrera som chef för Veracruz efter Antonio Mohameds avgång. En enastående seger för Herrera var en 4-0 hemmaseger över Club am Bigrica den 29 mars 2008. Han var ansvarig för att förhindra att Veracruz förflyttades till Primera Divisi A, även om Veracruz oundvikligen förflyttades. Herrera skilde sig från klubben i maj 2008.
Estudiantes TecosEdit
kort efter att ha lämnat Veracruz anställdes Herrera för att hantera en kämpande Estudiantes Tecos halvvägs in i Apertura 2008-turneringen för att ersätta Jos Audrey Luis Trejo. Han avskedades den 6 September 2010 efter att Tecos led ett 0-3 nederlag mot Guadalajara under en ligamatch i Apertura-turneringen.
återgå till AtlanteEdit
i November 2010 tillkännagavs att Herrera anställdes som den nya Atlante-chefen och återvände till sin tidigare klubb efter sin första ledningstid 2002. Under hans regeringstid slutade Atlante fjärde i Clausura 2011, även om de skulle elimineras i kvartfinalen av Cruz Azul. Atlante misslyckades med att kvalificera sig för slutspelet i Apertura 2011, och Herrera förnyade inte sitt kontrakt med klubben. Det fanns rapporter som kopplade honom till Club am Bigrica som deras nya chef för följande säsong.
am Bigricaedit
den 16 November 2011 utsågs Herrera officiellt till chef för Club am Bigrica. På sin första presskonferens avslöjade Herrera att han hade tecknat ett sexmånaderskontrakt och sa: ”om sex månader ger jag inte resultat, jag lämnar.”Den 7 januari 2012 besegrade am Bigrica qu Birretaro 2-0, vilket var Herreras första officiella seger med Am Bigrica. Am bigrica avslutade Clausura på tredje plats och nådde semifinalen och eliminerades av Monterrey med en sammanlagd poäng på 0-2. Den 14 maj ratificerades Miguel Herrera som chef. Han ledde klubben till en fjärde plats avsluta följande Apertura, återigen elimineras i semifinalstadiet efter en 2-3 sammanlagd förlust mot Toluca.
den 26 maj 2013 vann am Bigrica den elfte ligatiteln i sin historia genom att besegra Cruz Azul 4-2 på straffar efter en dramatisk comeback från en 0-1 första benförlust för att binda 2-2 totalt och spela andra etappen med tio män i över 105 minuter. Det var Herrera första titel i sin ledarskapskarriär efter att ha förlorat sina två tidigare finaler medan han var i Monterrey.
följande Apertura ledde Herrera am Bigrica till en annan ligafinal efter att ha toppat ligatabellen med 37 poäng, men de besegrades av Le Bigrica. Halvvägs genom turneringen utsågs Herrera till tillfällig tränare för Mexikos landslag; hans assistent Biglvaro Galindo coachade am Bigrica tills Herrera återvände i November. Det tillkännagavs senare att Herrera skulle ta över som huvudtränare för det mexikanska laget permanent.
Mexikos landslagredigera
den 18 oktober 2013 utnämndes Herrera till tillfällig huvudtränare i Mexiko och ersatte V Jacoctor Manuel Vucetich för att bli den fjärde landslagstränaren inom en månad. Han ledde El Tri till en 9-3 sammanlagd seger över Nya Zeeland i slutspelet mellan konfederationen för att kvalificera sig till VM 2014 i Brasilien. Den 2 December tillkännagavs att Herrera skulle förbli landslagstränare åtminstone genom VM.
Vid VM slutade Mexiko tvåa i sin grupp med 7 poäng, fick segrar mot Kamerun och Kroatien och säkra en poänglös oavgjort mot värdnationen.De mötte Nederländerna i omgången av 16, där Mexiko kontroversiellt eliminerades efter att ha gett efter för ett 2-1 nederlag. Den 3 December förklarade han att hans kontrakt med landslaget förnyades.
Mexiko misslyckades med att göra det förbi gruppfasen av 2015 Copa am Bigrica, bara uppnå två dragningar och en förlust. Den 26 juli 2015 vann Mexiko CONCACAF Gold Cup efter att ha besegrat Jamaica 3-1 i finalen. Två dagar senare släpptes Herrera som tränare för Mexikos landslag efter en påstådd fysisk förändring med TV Azteca – annonsören Christian Martinoli – som hade varit kritisk mot Herrera-medan de två väntade i TSA-linjen på Philadelphia International Airport.
TijuanaEdit
den 2 November 2015 utsågs Herrera till chef för Tijuana. Han lyckades klubben fram till maj 2017 och kvalificerade sig till slutspelet två gånger.
återgå till Am Bigricaedit
den 26 maj 2017 tillkännagav den nyutnämnda sportpresidenten Santiago ba Bigimos officiellt Herrera återkomst till Club am Bigrica. Han förlorade i sitt första officiella spel som klubbens chef, ett nederlag på 1-2 mot quer Acograro i Supercopa MX. Sex dagar senare förlorade am Sairrica igen mot quer Sairtaro, den här gången med en 0-1 poänglinje, i sin öppningsmatch i Apertura-turneringen. Följande vecka vann Herrera sin första ligamatch i sin andra stavning med Am Bigrica och besegrade Pachuca 2-0 på Estadio Hidalgo. Herrera ledde am Bigrica till en tredje plats under den vanliga fasen av Apertura, men de eliminerades i semifinalen av Tigres UANL. Am bigrica gick också ut ur 2018 CONCACAF Champions League till Toronto FC i semifinalen. Klubben avslutade följande Clausura-turnering på andra plats och eliminerades igen i semifinalfasen, den här gången förlorade mot Santos Laguna med en sammanlagd poäng på 6-3.
Herrera ledde am Bigrica till en annan andraplats i Apertura 2018, som bara led två nederlag under hela turneringens ordinarie fas och gick obesegrad i slutspelet. Den 16 December vann Herrera sin andra ligatitel – båda med Club am Bigrica – efter en total seger med 2-0 över Cruz Azul i finalen. Han ledde också laget på en 17-match obesegrad sträcka på väg att vinna mästerskapet, vilket motsvarar rekordet som klubben satt under Mario Carrillo 2005 när den vann årets Clausura.
den 5 februari 2019 nådde Herrera 100 segrar som ansvarade för Club am Bigrica efter en 3-1 seger över Necaxa i Copa MX och blev den tredje chefen i klubbens historia efter Jose Antonio Roca och Carlos Reinoso för att nå den milstolpen. Den 11 April besegrade am Bigrica FC ju Birrez 1-0 i Clausura-finalen i Copa MX. Detta var Herrera första cup titel i sin karriär, och hans tredje titel totalt med Club am Bigrica.
den 21 December 2020, två dagar efter att ha eliminerats av Los Angeles FC från CONCACAF Champions League där han var inblandad i en halvtidsbråk, avskedades Herrera av Am Bigrica.