Er zijn verschillende theorieën over de oorsprong van het gerecht. De uitvinding wordt meestal toegeschreven aan Parma, Sicilië of Napels. Het geval voor Parma is dat Parmigiana verwijst naar Parma en omdat Parmigiano-Reggiano kaas daar wordt geproduceerd. Siciliaanse voedselschrijvers hebben verschillende verklaringen voor een Siciliaanse afkomst. Volgens Pino Correnti is het woord parmigiana afgeleid van het Siciliaanse woord voor damigiana, een rieten mouw die zowel wordt gebruikt voor wijnflessen als de hete braadpan waarin het gerecht wordt bereid en geserveerd. Mary Taylor Simeti, Vincent Schiavelli en een aantal anderen schrijven dat de naam is afgeleid van het Siciliaanse woord voor louver, palmigiana. De schuine horizontale lamellen van een louver zou lijken op de gelaagdheid van aubergine plakjes in de schotel. Franca Colonna Romano Apostolo suggereert dat de naam parmiciana is, wat Perzisch betekent in het Siciliaans.Clifford A. Wright stelt dat de argumenten voor Parma niet overtuigend zijn omdat Parmigiano-Reggiano al sinds de 14e eeuw op grote schaal werd verhandeld. Parmigiano-Reggiano was ook geen belangrijk ingrediënt in het oorspronkelijke gerecht. Omdat aubergine voor het eerst werd geïntroduceerd op Sicilië en de andere zuidelijke regio ‘ s, is het waarschijnlijker dat daar een aubergineschotel werd uitgevonden. Tot slot is het gerecht populair in Campania in het algemeen, Napels in het bijzonder, evenals Sicilië en Calabrië, maar niet in Parma. Hij beschouwt de zaak voor een Siciliaanse oorsprong speculatief omdat er geen bewijs is om het te ondersteunen.
Wright volgt de oorsprong van parmigiana tot Napels. De voorouder van het moderne gerecht verschijnt in Vincenzo Corrado ‘ s kookboek Il cuoco galante uit 1786. Zijn recept beschreef aubergine gekruid met boter, kruiden, kaneel, andere specerijen en geraspte Parmigiano-Reggiano kaas, die vervolgens werd bedekt met een roomsaus van eidooiers alvorens te worden gebakken in een oven. De moderne versie met Parmigiano-Reggiano en tomatenragù als belangrijkste ingrediënten verschijnt enkele jaren later in Ippolito Cavalcanti ‘ s kookboek Cucina teorico-pratica dat in 1837 in Napels werd gepubliceerd. Volgens Wright suggereert dit dat het gerecht evolueerde in Napels tijdens dit tijdsbestek, dat samenviel met de toenemende populariteit van de tomaat in de Italiaanse keuken. Marlena Spieler is het eens met een Napolitaanse oorsprong van het gerecht om dezelfde redenen.