Es gibt verschiedene Theorien über die Herkunft des Gerichts. Am häufigsten wird seine Erfindung entweder Parma, Sizilien oder Neapel zugeschrieben. Der Fall für Parma ist, dass Parmigiana sich auf Parma bezieht und weil dort Parmigiano-Reggiano-Käse hergestellt wird. Sizilianische Essensautoren haben verschiedene Erklärungen für einen sizilianischen Ursprung. Laut Pino Correnti leitet sich das Wort Parmigiana vom sizilianischen Wort für Damigiana ab, einer Korbhülle, die sowohl für Weinflaschen als auch für den heißen Auflauf verwendet wird, in dem das Gericht zubereitet und serviert wird. Mary Taylor Simeti, Vincent Schiavelli und einige andere schreiben, dass der Name vom sizilianischen Wort für Jalousie, Palmigiana, abgeleitet ist. Die abgewinkelten horizontalen Lamellen einer Jalousie würden der Schichtung von Auberginenscheiben in der Schale ähneln. Franca Colonna Romano Apostolo schlägt vor, dass der Name parmiciana ist, was persisch auf Sizilianisch bedeutet.Clifford A. Wright argumentiert, dass der Fall für Parma nicht überzeugend ist, weil Parmigiano-Reggiano bereits seit dem 14. Parmigiano-Reggiano war auch keine wichtige Zutat im Originalgericht. Da Auberginen zuerst in Sizilien und den anderen südlichen Regionen eingeführt wurden, ist es wahrscheinlicher, dass dort ein Auberginengericht erfunden wurde. Schließlich ist das Gericht in Kampanien im Allgemeinen, Neapel im Besonderen, sowie Sizilien und Kalabrien beliebt, aber nicht in Parma. Er hält den Fall für einen sizilianischen Ursprung für spekulativ, weil es keine Beweise dafür gibt.
Wright führt den Ursprung von Parmigiana nach Neapel zurück. Der Vorfahr des modernen Gerichts erscheint in Vincenzo Corrados Kochbuch Il cuoco galante von 1786. Sein Rezept beschrieb Auberginen, gewürzt mit Butter, Kräutern, Zimt, anderen Gewürzen und geriebenem Parmigiano-Reggiano-Käse, der dann mit einer Sahnesauce aus Eigelb bedeckt wurde, bevor er in einem Ofen gebacken wurde. Die moderne Version mit Parmigiano-Reggiano und Tomatenragù als Hauptzutaten erscheint einige Jahre später in Ippolito Cavalcantis Kochbuch Cucina teorico-pratica, das 1837 in Neapel veröffentlicht wurde. Laut Wright deutet dies darauf hin, dass sich das Gericht in diesem Zeitraum in Neapel entwickelt hat, was mit der zunehmenden Beliebtheit der Tomate in der italienischen Küche zusammenfiel. Marlena Spieler stimmt aus den gleichen Gründen einem neapolitanischen Ursprung des Gerichts zu.