det finns flera teorier om skålens ursprung. Oftast tillskrivs dess uppfinning antingen Parma, Sicilien eller Neapel. Fallet för Parma är att Parmigiana hänvisar till Parma och eftersom Parmigiano-Reggiano-ost produceras där. Sicilianska matförfattare har flera olika förklaringar till ett sicilianskt ursprung. Enligt Pino Correnti ordet parmigiana härstammar från det sicilianska ordet för damigiana, en korghylsa som används både för vinflaskor och den heta grytan där skålen skulle förberedas och serveras. Mary Taylor Simeti, Vincent Schiavelli och flera andra skriver att namnet härstammar från det sicilianska ordet för louver, palmigiana. De vinklade horisontella lamellerna på en lamell skulle likna skiktningen av aubergineskivor i skålen. Franca Colonna Romano Apostolo föreslår att namnet är parmiciana, vilket betyder persiska på sicilianska.
Clifford A. Wright hävdar att fallet för Parma inte är övertygande eftersom Parmigiano-Reggiano redan handlades i stor utsträckning sedan 14-talet. Parmigiano-Reggiano var inte heller en viktig ingrediens i originalrätten. Eftersom aubergine först introducerades till Sicilien och de andra södra regionerna är det mer troligt att en auberginerätt uppfanns där. Slutligen är skålen populär i Kampanien i allmänhet, Neapel i synnerhet, liksom Sicilien och Kalabrien, men inte i Parma. Han anser att fallet för ett sicilianskt ursprung är spekulativt eftersom det inte finns några bevis för att stödja det.
Wright spårar ursprunget till parmigiana till Neapel. Förfader till den moderna maträtten visas i Vincenzo Corrados kokbok Il cuoco galante från 1786. Hans recept beskrev aubergine kryddat med smör, örter, kanel, andra kryddor och riven Parmigiano-Reggiano-ost, som sedan täcktes med en gräddsås äggulor innan de bakades i en ugn. Den moderna versionen med Parmigiano-Reggiano och tomat Rag Kubi som viktiga ingredienser visas flera år senare i Ippolito Cavalcantis kokbok Cucina teorico-pratica som publicerades i Neapel 1837. Enligt Wright antyder detta att skålen utvecklades i Neapel under denna tidsram, vilket sammanföll med tomatens ökande popularitet i italiensk mat. Marlena Spieler håller med om ett Napolitanskt ursprung av skålen av samma skäl.