AtlanteEdit
in 2002, twee jaar na zijn pensionering, kwam Herrera Terug om zijn voormalige club Atlante te coachen. Hij zou twee jaar manager blijven, maar nam ontslag in 2004 nadat hij Atlante niet naar de finale had gebracht.voor de Apertura 2004 werd Herrera benoemd tot hoofd coach van Monterrey. Hij kwam toevallig zijn voormalige club Atlante tegen in de halve finale, met Monterrey vorderde met een totale score van 7-3. Hij slaagde er uiteindelijk niet in om Monterrey kampioen te maken en verloor van UNAM in de finale met een totale score van 3-1. Hij slaagde erin om Monterrey naar een andere finale in de apertura 2005 toernooi, maar faalde opnieuw, dit keer te verliezen van Toluca met een totale score van 6-3. Herrera zou blijven manager van Monterrey tot de apertura 2007 toernooi, waar zijn contract werd beëindigd in September 2007 als gevolg van voortdurende slechte vorm.voor de Clausura 2008 werd Herrera aangesteld als manager van Veracruz na het ontslag van Antonio Mohamed. Een opvallende overwinning voor Herrera was een 4-0 thuisoverwinning op Club América op 29 maart 2008. Hij moest voorkomen dat Veracruz degradeerde naar de Primera División A, hoewel Veracruz onvermijdelijk degradeerde. Herrera verliet de club in mei 2008.kort nadat hij Veracruz verliet, werd Herrera ingehuurd om een worstelende Estudiantes Tecos te managen halverwege het Apertura 2008 toernooi ter vervanging van José Luis Trejo. Hij werd ontslagen op 6 September 2010 nadat Tecos een 0-3 nederlaag leed tegen Guadalajara tijdens een competitiewedstrijd van het Apertura tournament.In November 2010 werd bekend dat Herrera werd aangenomen als de nieuwe manager van Atlante, waarna hij terugkeerde naar zijn voormalige club na zijn eerste managementstint in 2002. Onder zijn bewind, Atlante eindigde vierde in de Clausura 2011, hoewel ze zouden worden uitgeschakeld in de kwartfinale door Cruz Azul. Atlante wist zich niet te kwalificeren voor de Play-offs van de Apertura 2011, en Herrera heeft zijn contract bij de club niet verlengd. Er waren berichten die hem linken aan Club América als hun nieuwe manager voor het volgende seizoen.op 16 November 2011 werd Herrera officieel trainer van Club América. In zijn eerste persconferentie onthulde Herrera dat hij een contract voor zes maanden had getekend en zei: “f in zes maanden geef ik geen resultaten, Ik zal vertrekken. Op 7 januari 2012 versloeg América Quéretaro met 2-0, wat Herrera ‘ s eerste officiële overwinning op América was. América eindigde de Clausura op de derde plaats en bereikte de halve finale, werd uitgeschakeld door Monterrey met een score van 0-2. Op 14 mei werd Miguel Herrera benoemd tot manager. Hij leidde de club naar een vierde plaats in de volgende Apertura, opnieuw wordt uitgeschakeld in de halve finale na een 2-3 totale verlies van Toluca.op 26 mei 2013 won América de elfde titel in zijn geschiedenis door Cruz Azul met 4-2 te verslaan na een dramatische comeback van een 0-1 verlies van de eerste leg naar 2-2 op totaal, en het spelen van de tweede leg met tien mannen voor meer dan 105 minuten. Het was Herrera ‘ s eerste titel in zijn leidinggevende carrière na het verliezen van zijn twee vorige finales tijdens Monterrey.de volgende Apertura, Herrera leidde América naar een nieuwe competitie finale na het overtreffen van de competitie tafel met 37 punten, maar ze werden verslagen door León. Halverwege het toernooi werd Herrera benoemd tot interim coach van het nationale team van Mexico; zijn assistent Álvaro Galindo coachte América tot Herrera ‘ s terugkeer in November. Later werd aangekondigd dat Herrera zou overnemen als hoofd coach van het Mexicaanse team op een permanente basis.