Il existe plusieurs théories sur l’origine du plat. Le plus souvent, son invention est attribuée à Parme, en Sicile ou à Naples. Le cas de Parme est que Parmigiana fait référence à Parme et parce que le fromage Parmigiano-Reggiano y est produit. Les écrivains culinaires siciliens ont plusieurs explications différentes pour une origine sicilienne. Selon Pino Correnti, le mot parmigiana dérive du mot sicilien pour damigiana, un manchon en osier utilisé à la fois pour les bouteilles de vin et la cocotte chaude dans laquelle le plat serait préparé et servi. Mary Taylor Simeti, Vincent Schiavelli et plusieurs autres écrivent que le nom dérive du mot sicilien pour persienne, palmigiana. Les lattes horizontales inclinées d’une persienne ressembleraient à la superposition de tranches d’aubergines dans le plat. Franca Colonna Romano Apostolo suggère que le nom est parmiciana, qui signifie persan en sicilien.
Clifford A. Wright soutient que le cas de Parme n’est pas convaincant car le Parmigiano-Reggiano était déjà largement commercialisé depuis le 14ème siècle. Le parmigiano-Reggiano n’était pas non plus un ingrédient important dans le plat original. Parce que l’aubergine a été introduite pour la première fois en Sicile et dans les autres régions du sud, il est plus probable qu’un plat d’aubergines y ait été inventé. Enfin, le plat est populaire en Campanie en général, à Naples en particulier, ainsi qu’en Sicile et en Calabre, mais pas à Parme. Il considère la thèse d’une origine sicilienne comme spéculative car il n’y a aucune preuve à l’appui.
Wright fait remonter l’origine de la parmigiana à Naples. L’ancêtre du plat moderne apparaît dans le livre de cuisine Il cuoco galante de Vincenzo Corrado de 1786. Sa recette décrivait des aubergines assaisonnées de beurre, d’herbes, de cannelle, d’autres épices et de fromage Parmigiano-Reggiano râpé, qui était ensuite recouvert d’une sauce à la crème de jaunes d’œufs avant d’être cuit au four. La version moderne avec du Parmigiano-Reggiano et du ragù à la tomate comme ingrédients clés apparaît plusieurs années plus tard dans le livre de cuisine d’Ippolito Cavalcanti, Cucina teorico-pratica, publié à Naples en 1837. Selon Wright, cela suggère que le plat a évolué à Naples pendant cette période, ce qui a coïncidé avec la popularité croissante de la tomate dans la cuisine italienne. Marlena Spieler est d’accord avec une origine napolitaine du plat pour les mêmes raisons.