AtlanteEdit
En 2002, deux ans après sa retraite, Herrera revient entraîner son ancien club Atlante. Il restera manager pendant deux ans, mais démissionne en 2004 après avoir échoué à emmener Atlante en finale.
MonterreyEdit
Pour l’Apertura 2004, Herrera est nommé entraîneur principal de Monterrey. Il a par hasard affronté son ancien club Atlante en demi-finale, Monterrey avançant sur un score cumulé de 7-3. Il ne parvient finalement pas à devenir champion de Monterrey, perdant contre l’UNAM en finale sur un score cumulé de 3-1. Il réussit à amener Monterrey à une autre finale du tournoi Apertura 2005, mais échoue une fois de plus, cette fois-ci perdant contre Toluca avec un score cumulé de 6-3. Herrera continuera d’être manager de Monterrey jusqu’au tournoi Apertura 2007, où son contrat est résilié en septembre 2007 en raison d’une mauvaise forme continue.
VeracruzEdit
Avant la Clausura 2008, Herrera a été embauché comme manager de Veracruz après la démission d’Antonio Mohamed. Le 29 mars 2008, Herrera s’impose 4-0 à domicile face au Club América. Il est chargé d’empêcher la relégation de Veracruz en Primera División A, bien que Veracruz soit inévitablement relégué. Herrera s’est séparé du club en mai 2008.
Estudiantes TecosEdit
Peu après avoir quitté Veracruz, Herrera a été engagé pour gérer une Estudiantes Tecos en difficulté à mi-parcours du tournoi Apertura 2008 pour remplacer José Luis Trejo. Il est licencié le 6 septembre 2010 après que Tecos a subi une défaite 0-3 contre Guadalajara lors d’un match de championnat du tournoi Apertura.
Retour à AtlanteEdit
En novembre 2010, il a été annoncé que Herrera était embauché comme nouveau manager d’Atlante, retournant dans son ancien club après son premier passage à la direction en 2002. Sous son règne, Atlante termine quatrième de la Clausura 2011, bien qu’ils soient éliminés en quarts de finale par Cruz Azul. Atlante n’a pas réussi à se qualifier pour les éliminatoires de l’Apertura 2011 et Herrera n’a pas renouvelé son contrat avec le club. Il y avait des rapports le liant avec Club América en tant que nouveau manager pour la saison suivante.
AméricaEdit
Le 16 novembre 2011, Herrera est officiellement nommé entraîneur du Club América. Lors de sa première conférence de presse, Herrera a révélé qu’il avait signé un contrat de six mois, en disant: « dans six mois, je ne donne pas de résultats, je partirai. »Le 7 janvier 2012, América a battu Quéretaro 2-0, ce qui était la première victoire officielle de Herrera avec América. América a terminé la Clausura à la troisième place et a atteint les demi-finales, étant éliminé par Monterrey sur un score cumulé de 0-2. Le 14 mai, Miguel Herrera a été ratifié en tant que manager. Il a mené le club à une quatrième place l’Apertura suivante, une fois de plus éliminé au stade des demi-finales après une défaite 2-3 contre Toluca.
Le 26 mai 2013, l’América a remporté le onzième titre de champion de son histoire en battant Cruz Azul 4-2 aux tirs au but après un retour spectaculaire après une défaite 0-1 à l’aller pour égaliser 2-2 au total, et en jouant la deuxième manche avec dix hommes pendant plus de 105 minutes. C’était le premier titre de Herrera dans sa carrière de manager après avoir perdu ses deux finales précédentes à Monterrey.
L’Apertura suivante, Herrera mène l’América à une nouvelle finale de championnat après avoir terminé en tête du classement avec 37 points, mais ils sont battus par León. Au milieu du tournoi, Herrera est nommé entraîneur par intérim de l’équipe nationale du Mexique ; son assistant Álvaro Galindo entraîne América jusqu’au retour de Herrera en novembre. Il a ensuite été annoncé que Herrera prendrait la relève en tant qu’entraîneur-chef de l’équipe mexicaine de manière permanente.
Équipe nationale mexicainedit
Le 18 octobre 2013, Herrera est nommé entraîneur-chef par intérim du Mexique, remplaçant Víctor Manuel Vucetich pour devenir le quatrième entraîneur de l’équipe nationale en l’espace d’un mois. Il a mené El Tri à une victoire 9-3 sur la Nouvelle-Zélande lors des éliminatoires entre les confédérations pour se qualifier pour la Coupe du Monde 2014 au Brésil. Le 2 décembre, il a été annoncé que Herrera resterait sélectionneur de l’équipe nationale au moins jusqu’à la Coupe du Monde.
À la Coupe du Monde, le Mexique a terminé deuxième de son groupe avec 7 points, obtenant des victoires contre le Cameroun et la Croatie et obtenant un match nul sans but contre le pays hôte.Ils ont affronté les Pays-Bas en ronde des 16, où le Mexique a été éliminé de manière controversée après avoir subi une défaite 2-1. Le 3 décembre, il déclare que son contrat avec l’équipe nationale est renouvelé.
Le Mexique n’a pas réussi à passer la phase de groupes de la Copa América 2015, n’obtenant que deux nuls et une défaite. Le 26 juillet 2015, le Mexique remporte la Gold Cup de la CONCACAF après avoir battu la Jamaïque 3-1 en finale. Deux jours plus tard, Herrera a été libéré en tant qu’entraîneur de l’équipe nationale du Mexique après une altercation physique présumée avec l’annonceur de TV Azteca Christian Martinoli – qui avait critiqué Herrera – alors que les deux attendaient dans la file d’attente de la TSA à l’aéroport international de Philadelphie.
TijuanaEdit
Le 2 novembre 2015, Herrera est nommé manager de Tijuana. Il a dirigé le club jusqu’en mai 2017, se qualifiant deux fois pour les play-offs.
Retour en AméricaEdit
Le 26 mai 2017, le nouveau président du sporting Santiago Baños a officiellement annoncé le retour de Herrera au Club América. Il perd son premier match officiel en tant que manager du club, une défaite 1-2 contre Querétaro en Supercopa MX. Six jours plus tard, l’América perd à nouveau contre Querétaro, cette fois sur le score de 0-1, lors de son match d’ouverture du tournoi Apertura. La semaine suivante, Herrera remporte son premier match de championnat lors de son deuxième passage avec l’América, battant Pachuca 2-0 à l’Estadio Hidalgo. Herrera a mené l’América à une troisième place lors de la phase régulière de l’Apertura, mais ils ont été éliminés en demi-finale par Tigres UANL. L’América s’est également inclinée en demi-finale de la Ligue des champions de la CONCACAF 2018 face au Toronto FC. Le club termine le tournoi Clausura suivant à la deuxième place, et est de nouveau éliminé en demi-finale, cette fois-ci perdant contre Santos Laguna sur un score cumulé de 6-3.
Herrera a mené l’América à une autre deuxième place lors de l’Apertura 2018, ne subissant que deux défaites pendant la phase régulière du tournoi, et est resté invaincu en éliminatoires. Le 16 décembre, Herrera remporte son deuxième titre de champion – tous deux avec Club América – après une victoire 2-0 contre Cruz Azul en finale. Il a également mené l’équipe sur une série de 17 matchs sans défaite en route vers la victoire du championnat, égalant le record établi par le club sous Mario Carrillo en 2005 lorsqu’il a remporté la Clausura de cette année.
Le 5 février 2019, Herrera a atteint les 100 victoires à la tête du Club América après une victoire 3-1 contre Necaxa en Copa MX, devenant le troisième manager de l’histoire du club après Jose Antonio Roca et Carlos Reinoso à atteindre cette étape. Le 11 avril, América bat le FC Juárez 1-0 en finale Clausura de la Copa MX. Il s’agit du premier titre de champion de Herrera de sa carrière, et de son troisième titre au total avec le Club América.
Le 21 décembre 2020, deux jours après avoir été éliminé par le Los Angeles FC de la Ligue des Champions de la CONCACAF où il a été impliqué dans une bagarre à la mi-temps, Herrera a été limogé par América.