Hay varias teorías sobre el origen del plato. Con mayor frecuencia, su invención se atribuye a Parma, Sicilia o Nápoles. El caso de Parma es que la Parmesana se refiere a Parma y porque el queso Parmesano-Reggiano se produce allí. Los escritores de comida siciliana tienen varias explicaciones diferentes para un origen siciliano. De acuerdo con Pino Correnti, la palabra parmesana deriva de la palabra siciliana para damigiana, una manga de mimbre utilizada tanto para botellas de vino como para la cazuela caliente en la que se preparaba y servía el plato. Mary Taylor Simeti, Vincent Schiavelli y varios otros escriben que el nombre deriva de la palabra siciliana para rejilla, palmigiana. Los listones horizontales en ángulo de una rejilla se asemejarían a las capas de rodajas de berenjena en el plato. Franca Colonna Romano Apostolo sugiere que el nombre es parmiciana, que significa persa en siciliano.
Clifford A. Wright argumenta que el caso de Parma no es convincente porque el Parmigiano-Reggiano ya se comercializó ampliamente desde el siglo XIV. El parmesano-Reggiano tampoco era un ingrediente importante en el plato original. Debido a que la berenjena se introdujo por primera vez en Sicilia y en las otras regiones del sur, es más probable que se inventara un plato de berenjena allí. Finalmente, el plato es popular en Campania en general, Nápoles en particular, así como en Sicilia y Calabria, pero no en Parma. Considera que el caso de un origen siciliano es especulativo porque no hay pruebas que lo respalden.
Wright remonta el origen de la parmesana a Nápoles. El antepasado del plato moderno aparece en el libro de cocina de Vincenzo Corrado Il cuoco galante de 1786. Su receta describía berenjenas sazonadas con mantequilla, hierbas, canela, otras especias y queso Parmesano-Reggiano rallado, que luego se cubría con una salsa de crema de yemas de huevo antes de hornearlas en un horno. La versión moderna con Parmesano-Reggiano y ragú de tomate como ingredientes clave aparece varios años más tarde en el libro de cocina de Ippolito Cavalcanti, Cucina teórico-pratica, que se publicó en Nápoles en 1837. Según Wright, esto sugiere que el plato evolucionó en Nápoles durante este período de tiempo, lo que coincidió con la creciente popularidad del tomate en la cocina italiana. Marlena Spieler está de acuerdo con el origen napolitano del plato por las mismas razones.