Atlanteditar
En 2002, dos años después de retirarse, Herrera volvió a entrenar a su antiguo club Atlante. Permaneció como entrenador durante dos años, pero renunció en 2004 después de no llevar al Atlante a una final.
Monterreyeditar
Para el Apertura 2004, Herrera fue nombrado entrenador jefe de Monterrey. Coincidentemente se enfrentó a su antiguo club Atlante en las semifinales, con Monterrey avanzando por un marcador global de 7-3. Finalmente no logró ser campeón de Monterrey, perdiendo ante la UNAM en la final por un marcador global de 3-1. Logró llevar a Monterrey a otra final en el torneo Apertura 2005, pero fracasó una vez más, esta vez perdiendo ante Toluca con un marcador global de 6-3. Herrera continuaría siendo entrenador del Monterrey hasta el torneo Apertura 2007, donde su contrato fue terminado en septiembre de 2007 debido a la mala forma continua.
Veracruzeditar
Antes de la Clausura 2008, Herrera fue contratado como gerente de Veracruz tras la renuncia de Antonio Mohamed. Una victoria destacada para Herrera fue una victoria por 4-0 en casa sobre el Club América el 29 de marzo de 2008. Estuvo a cargo de evitar que Veracruz fuera relegado a la Primera División A, aunque Veracruz fue inevitablemente relegado. Herrera se separó del club en mayo de 2008.
Estudiantes Tecoseditar
Poco después de dejar Veracruz, Herrera fue contratado para dirigir a Estudiantes Tecos a mitad del torneo Apertura 2008 para reemplazar a José Luis Trejo. Fue despedido el 6 de septiembre de 2010 después de que Tecos sufriera una derrota por 0-3 contra Guadalajara durante un partido de liga del torneo Apertura.
Regreso a Atlanteditar
En noviembre de 2010 se anunció que Herrera fue contratado como el nuevo entrenador del Atlante, regresando a su antiguo club después de su primera temporada como entrenador en 2002. Bajo su reinado, Atlante terminó cuarto en el Clausura 2011, aunque sería eliminado en cuartos de final por Cruz Azul. Atlante no se clasificó para los playoffs del Apertura 2011, y Herrera no renovó su contrato con el club. Hubo informes que lo vinculaban con el Club América como su nuevo entrenador para la temporada siguiente.
AméricaEditar
El 16 de noviembre de 2011, Herrera fue nombrado entrenador oficial del Club América. En su primera conferencia de prensa, Herrera reveló que había firmado un contrato de seis meses, diciendo: «si en seis meses no doy resultados, me iré. El 7 de enero de 2012, América derrotó a Quéretaro 2-0, que fue la primera victoria oficial de Herrera con América. América terminó el Clausura en tercer lugar y llegó a las semifinales, siendo eliminado por Monterrey por un marcador global de 0-2. El 14 de mayo, Miguel Herrera fue ratificado como gerente. Llevó al club a un cuarto lugar en el siguiente Apertura, una vez más siendo eliminado en la etapa de semifinales después de una derrota global de 2-3 ante Toluca.
El 26 de mayo de 2013, América ganó el undécimo título de liga en su historia al derrotar al Cruz Azul por 4-2 en los penales después de una remontada dramática de una derrota de ida 0-1 para empatar 2-2 en el global, y jugar el partido de ida con diez hombres durante más de 105 minutos. Fue el primer título de Herrera en su carrera directiva después de perder sus dos finales anteriores en Monterrey.
El siguiente Apertura, Herrera llevó al América a otra final de liga después de encabezar la tabla de la liga con 37 puntos, sin embargo, fueron derrotados por León. A mitad del torneo, Herrera fue nombrado entrenador interino de la selección nacional de México; su asistente Álvaro Galindo entrenó al América hasta el regreso de Herrera en noviembre. Más tarde se anunció que Herrera asumiría el cargo de entrenador del equipo mexicano de forma permanente.
México nacional teamEdit
El 18 de octubre de 2013, Herrera fue nombrado entrenador interino de México, reemplazando a Víctor Manuel Vucetich para convertirse en el cuarto entrenador de la selección nacional en el lapso de un mes. Llevó a El Tri a una victoria global de 9-3 sobre Nueva Zelanda en el play-off entre confederaciones para clasificarse para la Copa del Mundo 2014 en Brasil. El 2 de diciembre, se anunció que Herrera seguiría siendo el entrenador de la selección nacional al menos hasta la Copa del Mundo.
En la Copa del Mundo, México terminó segundo en su grupo con 7 puntos, obteniendo victorias contra Camerún y Croacia y asegurando un empate sin goles contra la nación anfitriona.Se enfrentaron a Holanda en la ronda de 16, donde México fue eliminado controversialmente después de sucumbir a una derrota por 2-1. El 3 de diciembre, declaró que su contrato con la selección nacional fue renovado.
México no logró superar la fase de grupos de la Copa América 2015, solo logró dos empates y una derrota. El 26 de julio de 2015, México ganó la Copa de Oro de la CONCACAF después de derrotar a Jamaica por 3-1 en la final. Dos días después, Herrera fue liberado como entrenador de la selección nacional de México después de un supuesto altercado físico con el locutor de TV Azteca Christian Martinoli, quien había sido crítico con Herrera, mientras los dos esperaban en la fila de la TSA en el Aeropuerto Internacional de Filadelfia.
Tijuanaeditar
El 2 de noviembre de 2015, Herrera fue nombrado gerente de Tijuana. Dirigió el club hasta mayo de 2017, clasificándose para los play-offs dos veces.
Regreso a AméricaEditar
El 26 de mayo de 2017, el recién nombrado presidente del sporting, Santiago Baños, anunció oficialmente el regreso de Herrera al Club América. Perdió en su primer partido oficial como entrenador del club, una derrota por 1-2 ante Querétaro en la Supercopa MX. Seis días después, el América perdió de nuevo ante Querétaro, esta vez por un marcador de 0-1, en su primer partido del torneo Apertura. A la semana siguiente, Herrera ganó su primer partido de liga en su segunda temporada con el América, derrotando al Pachuca por 2-0 en el Estadio Hidalgo. Herrera llevó a América a un tercer lugar durante la fase regular del Apertura, sin embargo, fueron eliminados en las semifinales por Tigres UANL. América también salió de la Liga de Campeones de la CONCACAF 2018 al Toronto FC en las semifinales. El club terminó el siguiente torneo Clausura en segundo lugar, y fue eliminado de nuevo en la etapa de semifinales, esta vez perdiendo ante Santos Laguna por un marcador global de 6-3.
Herrera llevó a América a otro segundo lugar en el Apertura 2018, solo sufrió dos derrotas en la fase regular del torneo, y se fue invicto en los playoffs. El 16 de diciembre, Herrera ganó su segundo título de liga, ambos con el Club América, después de una victoria global por 2-0 sobre el Cruz Azul en la final. También lideró al equipo en una racha invicta de 17 partidos en el camino a ganar el campeonato, igualando el récord establecido por el club bajo Mario Carrillo en 2005 cuando ganó el Clausura de ese año.
El 5 de febrero de 2019, Herrera alcanzó 100 victorias a cargo del Club América tras una victoria por 3-1 sobre Necaxa en la Copa MX, convirtiéndose en el tercer entrenador en la historia del club después de José Antonio Roca y Carlos Reinoso en alcanzar ese hito. El 11 de abril, el América derrotó al FC Juárez 1-0 en la final de Clausura de la Copa MX. Este fue el primer título de copa de Herrera en su carrera, y su tercer título general con el Club América.
El 21 de diciembre de 2020, dos días después de ser eliminado por Los Angeles FC de la Liga de Campeones de la CONCACAF, donde participó en una pelea de medio tiempo, Herrera fue despedido por América.