istnieje kilka teorii na temat pochodzenia potrawy. Najczęściej jego wynalazek przypisuje się Parmie, Sycylii lub Neapolu. W przypadku Parmy Parmigiana odnosi się do Parmy i dlatego, że ser Parmigiano-Reggiano jest tam produkowany. Pisarze kuchni sycylijskiej mają kilka różnych wyjaśnień na temat sycylijskiego pochodzenia. Według Pino Correntiego słowo parmigiana pochodzi od sycylijskiego słowa damigiana, wiklinowego rękawa używanego zarówno do butelek z winem, jak i gorącej zapiekanki, w której przygotowywane i podawane byłoby danie. Mary Taylor Simeti, Vincent Schiavelli i kilku innych piszą, że nazwa pochodzi od sycylijskiego słowa louver, palmigiana. Kątowe Poziome Listwy żaluzji przypominałyby warstwowanie plastrów bakłażana w naczyniu. Franca Colonna Romano Apostolo sugeruje, że nazwa jest parmiciana, co oznacza Perski w języku sycylijskim.
Clifford A. Wright twierdzi, że sprawa Parmy nie jest przekonująca, ponieważ Parmigiano-Reggiano było już szeroko sprzedawane od XIV wieku. Parmigiano-Reggiano również nie był ważnym składnikiem oryginalnego dania. Ponieważ bakłażan został po raz pierwszy wprowadzony na Sycylię i inne południowe regiony, jest bardziej prawdopodobne, że wynaleziono tam danie z bakłażana. Wreszcie danie jest popularne w kampanii w ogóle, w Neapolu w szczególności, a także na Sycylii i Kalabrii, ale nie w Parmie. Uważa on przypadek sycylijskiego pochodzenia ZA spekulacyjny, ponieważ nie ma dowodów na jego poparcie.
Wright śledzi pochodzenie parmigiany do Neapolu. Przodek współczesnej potrawy pojawia się w książce kucharskiej Vincenzo Corrado Il cuoco galante z 1786 roku. Jego przepis opisywał bakłażana przyprawionego masłem, ziołami, cynamonem, innymi przyprawami i startym serem Parmigiano-Reggiano, który następnie był pokryty sosem śmietanowym z żółtek jaj przed upieczeniem w piekarniku. Współczesna wersja z Parmigiano-Reggiano i pomidorowym ragù jako kluczowymi składnikami pojawia się kilka lat później w książce kucharskiej Ippolito Cavalcanti Cucina teorico-pratica, która została opublikowana w Neapolu w 1837 roku. Według Wrighta sugeruje to, że danie rozwinęło się w Neapolu w tym czasie, co zbiegło się z rosnącą popularnością pomidora w kuchni włoskiej. Marlena Spieler zgadza się z neapolitańskim pochodzeniem dania z tych samych powodów.