AtlanteEdit
w 2002 roku, dwa lata po przejściu na emeryturę, Herrera powrócił na stanowisko trenera swojego byłego klubu Atlante. Pozostał menedżerem przez dwa lata, ale zrezygnował w 2004 roku po nieudanym awansie Atlante do finału.
MonterreyEdit
na Apertura 2004 Herrera został mianowany trenerem Monterrey. W półfinale zmierzył się ze swoim byłym klubem Atlante, a Monterrey awansowało wynikiem 7-3. Ostatecznie nie udało mu się zdobyć tytułu mistrza Monterrey, przegrywając w finale z UNAM wynikiem 3-1. Udało mu się doprowadzić Monterrey do kolejnego finału turnieju Apertura 2005, ale po raz kolejny nie powiodło się, tym razem przegrywając z Tolucą wynikiem 6-3. Herrera nadal był menedżerem Monterrey do turnieju Apertura 2007, gdzie jego kontrakt został rozwiązany we wrześniu 2007 z powodu słabej formy.
VeracruzEdit
przed sezonem Clausura 2008 Herrera został zatrudniony jako menedżer Veracruz po rezygnacji Antonio Mohameda. 29 marca 2008 Herrera wygrał u siebie 4: 0 z Club América. Był odpowiedzialny za zapobieganie spadkowi Veracruz do Primera División a, chociaż Veracruz nieuchronnie został zdegradowany. Herrera rozstał się z klubem w maju 2008 roku.
Estudiantes TecosEdit
krótko po opuszczeniu Veracruz, Herrera został zatrudniony do zarządzania walczącym Estudiantes Tecos w połowie turnieju Apertura 2008, zastępując José Luisa Trejo. Został zwolniony 6 września 2010 po porażce Tecos z Guadalajarą 0: 3 w ligowym meczu turnieju Apertura.
powrót do AtlanteEdit
w listopadzie 2010 roku ogłoszono, że Herrera został zatrudniony na stanowisku nowego menedżera Atlante. Za jego rządów Atlante zajął czwarte miejsce w Clausura 2011, jednak w ćwierćfinale zostali wyeliminowani przez Cruz Azul. Atlante nie zakwalifikował się do play-offów Apertura 2011, A Herrera nie przedłużył kontraktu z klubem. Pojawiły się doniesienia, że został nowym menedżerem Club América na kolejny sezon.
AméricaEdit
16 listopada 2011 roku Herrera został oficjalnie mianowany menadżerem Club América. Na pierwszej konferencji prasowej Herrera ujawnił, że podpisał sześciomiesięczny kontrakt, mówiąc: „Jeśli za sześć miesięcy nie dam wyników, odejdę. 7 stycznia 2012 roku América pokonała Quéretaro 2-0, co było pierwszym oficjalnym zwycięstwem Herrery z Américą. América zakończyła rozgrywki Clausura na trzecim miejscu i dotarła do półfinału, gdzie została wyeliminowana przez Monterrey wynikiem 0-2. 14 maja-Miguel Herrera został mianowany menedżerem. Doprowadził klub do czwartego miejsca w kolejnym Apertura, po czym ponownie został wyeliminowany w fazie półfinałowej po łącznej porażce 2-3 z Tolucą.
26 maja 2013 roku América zdobyła jedenasty tytuł ligowy w swojej historii, pokonując Cruz Azul 4-2 w rzutach karnych po dramatycznym powrocie z pierwszej porażki 0-1 i remisie 2-2 w meczu grupowym oraz grając w drugiej rundzie z dziesięcioma mężczyznami przez ponad 105 minut. Był to pierwszy tytuł Herrery w karierze menadżerskiej po przegranej w dwóch poprzednich finałach w Monterrey.
w kolejnym Apertura Herrera poprowadził Américę do kolejnego finału Ligi po tym, jak w ligowej tabeli zdobył 37 punktów, jednak został pokonany przez León. W połowie turnieju Herrera został mianowany tymczasowym trenerem reprezentacji Meksyku; jego asystent Álvaro Galindo trenował Américę aż do powrotu Herrery w listopadzie. Później ogłoszono, że Herrera na stałe obejmie stanowisko głównego trenera meksykańskiej drużyny.
Reprezentacja Meksyku
18 października 2013 roku Herrera został mianowany tymczasowym trenerem reprezentacji Meksyku, zastępując Víctora Manuela Vuceticha. Poprowadził El Tri do zwycięstwa 9-3 nad Nową Zelandią w fazie Play-off między Konfederacją, aby zakwalifikować się do Mistrzostw Świata 2014 w Brazylii. 2 grudnia ogłoszono, że Herrera pozostanie trenerem kadry narodowej przynajmniej do Mistrzostw Świata.
na Mistrzostwach Świata Meksyk zajął drugie miejsce w swojej grupie z 7 punktami, odnosząc zwycięstwa z Kamerunem i Chorwacją oraz zapewniając bezbramkowy remis z gospodarzami.W 16 rundzie zmierzyli się z Holandią, gdzie Meksyk został wyeliminowany po porażce 2: 1. 3 grudnia ogłosił przedłużenie kontraktu z drużyną narodową.
Meksyk nie zdołał awansować do fazy grupowej Copa América 2015, odnosząc tylko dwa remisy i jedną porażkę. 26 lipca 2015 roku Meksyk wygrał Złoty Puchar CONCACAF po pokonaniu w finale Jamajki 3-1. Dwa dni później Herrera został zwolniony z funkcji trenera reprezentacji Meksyku po rzekomej fizycznej sprzeczce ze spikerem TV Azteca Christianem Martinolim-który krytykował Herrerę – podczas gdy obaj czekali na linii TSA na lotnisku w Filadelfii.
TijuanaEdit
Prowadził klub do maja 2017, kwalifikując się dwukrotnie do play-off.
powrót do Amérikiedytuj
26 maja 2017 roku nowo mianowany prezes Sportingu Santiago Baños oficjalnie ogłosił powrót Herrery do Club América. W pierwszym oficjalnym meczu jako menadżer klubu przegrał 1: 2 z Querétaro w Supercopa MX. Sześć dni później América ponownie przegrała z Querétaro, tym razem wynikiem 0: 1, w meczu otwarcia turnieju Apertura. W następnym tygodniu Herrera wygrał swój pierwszy ligowy mecz w swoim drugim spotkaniu z Américą, pokonując Pachucę 2-0 Na Estadio Hidalgo. Herrera poprowadził Américę do trzeciego miejsca w regularnej fazie Apertura, jednak zostali wyeliminowani w półfinale przez Tigres UANL. América odpadła również z Ligi Mistrzów CONCACAF 2018 w półfinale z Toronto FC. Klub zakończył kolejny turniej Clausura na drugim miejscu i ponownie został wyeliminowany w fazie półfinałowej, tym razem przegrywając z Santosem Laguna wynikiem 6-3.
Herrera poprowadził Américę do kolejnego drugiego miejsca w Apertura 2018, ponosząc tylko dwie porażki w regularnej fazie turnieju i będąc niepokonanym w play-offach. 16 grudnia Herrera zdobył swój drugi ligowy tytuł-oba z Club América – po wygranym 2-0 meczu z Cruz Azul w finale. Poprowadził również drużynę w 17 meczach, w trakcie których zdobył mistrzostwo, wyrównując rekord ustanowiony przez klub pod wodzą Mario Carrillo w 2005 roku, kiedy to wygrał tegoroczny Clausura.
5 lutego 2019 roku Herrera osiągnął 100 zwycięstw pod wodzą Club América po zwycięstwie 3-1 nad Necaxą w Copa MX, stając się trzecim menedżerem w historii klubu PO Jose Antonio Roca i Carlosie Reinoso, który osiągnął ten kamień milowy. 11 kwietnia América pokonała FC Juárez 1-0 w finale Clausura Copa MX. Był to pierwszy tytuł pucharowy Herrery w karierze, a zarazem trzeci w klasyfikacji generalnej z Club América.
21 grudnia 2020 roku, dwa dni po wyeliminowaniu przez Los Angeles FC z Ligi Mistrzów CONCACAF, gdzie uczestniczył w dwumeczu, Herrera został zwolniony przez Américę.