De Duitse seksuoloog Volkmar Sigusch gebruikte het neologisme cissexual (zissexuell in het Duits) in een peer-reviewed publicatie. In zijn essay “The Neosexual Revolution” uit 1998 citeert hij zijn tweedelige artikel uit 1991 “Die Transsexuellen und unser nosomorpher Blick” (“Transseksuelen en onze nosomorfe visie”) als de oorsprong van de term.
Cisgender heeft zijn oorsprong in het Latijnse voorvoegsel cis -, wat “aan deze kant van” betekent, wat het tegenovergestelde is van trans -, wat “aan de andere kant van” of “aan de andere kant van”betekent. Dit gebruik kan worden gezien in de cis–trans onderscheid in de chemie, de cis-en trans-zijden van het Golgi-apparaat in de cellulaire biologie, de cis–of trans invulling test in de genetica, in Ciscaucasia (vanuit russisch perspectief), in de antieke Romeinse term Cisalpijnse Gallië (i.e., “Gallië aan deze zijde van de Alpen”), Ciskei en Transkei (gescheiden door de Kei-Rivier), en meer recent, Cisjordan, als onderscheiden van Transjordanië. In het geval van geslacht, cis – beschrijft de afstemming van genderidentiteit met toegewezen geslacht.sociologen Kristen Schilt en Laurel Westbrook definiëren cisgender als een label voor “individuen die een match hebben tussen het geslacht dat ze bij hun geboorte kregen toegewezen, hun lichaam en hun persoonlijke identiteit”. Een aantal derivaten van de termen cisgender en cisseksueel omvatten cis man voor “man toegewezen man bij de geboorte”, CIS vrouw voor “vrouw toegewezen vrouw bij de geboorte”, analoog cis man en CIS vrouw, en cissexisme en cisseksuele veronderstelling. Daarnaast gebruikte een studie gepubliceerd in het Journal of the International AIDS Society de term cisnormativity, verwant aan seksuele diversiteit studies’ heteronormativity. Een verwant bijvoeglijk naamwoord is gender-normatief omdat, zoals Eli R. Green schrijft,”‘ cisgendered ‘wordt gebruikt om te verwijzen naar mensen die zich niet identificeren met een gender diverse ervaring, zonder de handhaving van het bestaan van een normatieve gender expressie”. Op deze manier heeft cisgender de voorkeur omdat het, in tegenstelling tot de term gender-normatief, niet impliceert dat transgender identiteiten abnormaal zijn.Julia Serano heeft cisseksueel gedefinieerd als “mensen die geen transseksueel zijn en die alleen hun mentale en fysieke seksen hebben ervaren als uitgelijnd”, terwijl cisgender een iets smallere term is voor degenen die zich niet als transgender identificeren (een grotere culturele categorie dan de meer klinische transseksueel). Voor Jessica Cadwallader, cissexual is “een manier om de aandacht te vestigen op de ongemarkeerde norm, waartegen trans wordt geïdentificeerd, waarin een persoon voelt dat hun genderidentiteit overeenkomt met hun lichaam/geslacht”.de termen cisgender en cissexual werden gebruikt in een artikel uit 2006 in the Journal of Lesbian Studies en in Serano ‘ s boek Whipping Girl uit 2007, waarna de term populair werd onder Engelssprekende activisten en geleerden. Jillana Enteen schreef in 2009 dat cissexual is “bedoeld om aan te tonen dat er ingebed veronderstellingen gecodeerd in het verwachten van deze naadloze conformiteit”.
Serano gebruikt ook de verwante term cissexisme, “dat is de overtuiging dat de geïdentificeerde geslachten van Transseksuelen inferieur zijn aan, of minder authentiek dan, die van cisseksuelen”. In 2010, de term cisgender privilege verscheen in de academische literatuur, gedefinieerd als de”set van onverdiende voordelen die individuen die zich identificeren als het geslacht ze werden toegewezen bij de geboorte opbouwen uitsluitend te wijten aan het hebben van een cisgender identiteit”.hoewel sommigen van mening zijn dat de term cisgender louter politiek correct is, gebruiken medische academici de term en erkennen zij het belang ervan in transgenderstudies sinds de jaren negentig.
In februari 2014 begon Facebook met het aanbieden van “aangepaste” gender-opties, waardoor gebruikers zich konden identificeren met een of meer gender-gerelateerde termen uit een geselecteerde lijst, waaronder cis, cisgender en anderen. Cisgender werd ook toegevoegd aan het Oxford English Dictionary in 2013, gedefinieerd als “het aanwijzen van een persoon wiens gevoel van persoonlijke identiteit overeenkomt met het geslacht en geslacht toegewezen aan hem of haar bij de geboorte (in tegenstelling tot transgender)”. Perspectives on History heeft verklaard dat sinds deze opname de term cisgender in toenemende mate algemeen wordt gebruikt.