El sexólogo alemán Volkmar Sigusch utilizó el neologismo cissexual (zissexuell en alemán) en una publicación revisada por pares. En su ensayo de 1998 «La revolución Neosexual», cita su artículo de dos partes de 1991 «Die Transsexuellen und unser nosomorpher Blick» («Los transexuales y nuestra visión nosomórfica») como el origen del término.
Cisgénero tiene su origen en el prefijo derivado del latín cis -, que significa «en este lado de», que es lo opuesto de trans -, que significa» al otro lado de «o»al otro lado de». Este uso se puede ver en la distinción cis-trans en química, los lados cis y trans del aparato de Golgi en biología celular, el cis–trans o prueba de complementación en genética, en Ciscaucasia (desde la perspectiva rusa), en el antiguo término romano Galia Cisalpina (es decir, «Galia de este lado de los Alpes»), Ciskei y Transkei (separados por el río Kei), y más recientemente, Cisjordania, como se distingue de Transjordania. En el caso del género, cis – describe la alineación de la identidad de género con el sexo asignado.
Las sociólogas Kristen Schilt y Laurel Westbrook definen cisgénero como una etiqueta para «individuos que tienen una coincidencia entre el género que se les asignó al nacer, sus cuerpos y su identidad personal». Una serie de derivados de los términos cisgénero y cissexual incluyen cis masculino para «masculino asignado al nacimiento», cis femenino para» femenino asignado al nacimiento», análogamente hombre cis y mujer cis, y cissexismo y suposición cissexual. Además, un estudio publicado en el Journal of the International AIDS Society utilizó el término cisnormatividad, similar a la heteronormatividad de los estudios de diversidad sexual. Un adjetivo relacionado es normativo de género porque, como escribe Eli R. Green, «‘cisgénero’ se usa para referirse a personas que no se identifican con una experiencia de género diversa, sin imponer la existencia de una expresión de género normativa». De esta manera, cisgénero es preferible porque, a diferencia del término normativo de género, no implica que las identidades transgénero sean anormales.
Julia Serano ha definido cissexual como «personas que no son transexuales y que solo han experimentado que sus sexos mentales y físicos están alineados», mientras que cisgénero es un término ligeramente más estrecho para aquellos que no se identifican como transgénero (una categoría cultural más grande que el transexual más clínico). Para Jessica Cadwallader, cissexual es «una forma de llamar la atención sobre la norma sin marcar, contra la cual se identifica a la trans, en la que una persona siente que su identidad de género coincide con su cuerpo/sexo».
Los términos cisgénero y cissexual se usaron en un artículo de 2006 en el Journal of Lesbian Studies y en el libro de Serano de 2007 Whipping Girl, después de lo cual el término ganó cierta popularidad entre activistas y académicos de habla inglesa. Jillana Enteen escribió en 2009 que cissexual «está destinado a mostrar que hay supuestos incrustados codificados en esperar esta conformidad sin fisuras».
Serano también utiliza el término relacionado cissexismo ,» que es la creencia de que los géneros identificados de los transexuales son inferiores o menos auténticos que los de los cissexuales». En 2010, el término privilegio cisgénero apareció en la literatura académica, definido como el «conjunto de ventajas no ganadas que los individuos que se identifican como el género que se les asignó al nacer acumulan únicamente por tener una identidad cisgénero».
Mientras que algunos creen que el término cisgénero es meramente políticamente correcto, los académicos médicos usan el término y han reconocido su importancia en los estudios transgénero desde la década de 1990.
En febrero de 2014, Facebook comenzó a ofrecer opciones de género «personalizadas», lo que permite a los usuarios identificarse con uno o más términos relacionados con el género de una lista seleccionada, incluidos cis, cisgénero y otros. Cisgénero también se agregó al Diccionario de Inglés de Oxford en 2013, definido como «designar a una persona cuyo sentido de identidad personal corresponde al sexo y género asignado a él o ella al nacer (en contraste con el transgénero)». Perspectives on History ha afirmado que desde esta inclusión, el término cisgénero se ha vuelto cada vez más común.