AtlanteEdit
vuonna 2002, kaksi vuotta lopettamisensa jälkeen, Herrera palasi valmentamaan entistä seuraansa Atlantea. Hän jatkoi managerina kaksi vuotta, mutta erosi vuonna 2004 epäonnistuttuaan viemään Atlantea loppuotteluun.
MonterreyEdit
Aperturaksi 2004 Herrera nimettiin Monterreyn päävalmentajaksi. Hän kohtasi sattumalta välierissä entisen club Atlanten, jossa Monterrey eteni jatkoon yhteismaalein 7-3. Hän ei lopulta onnistunut pääsemään Monterreyn mestariksi, vaan hävisi loppuottelussa UNAMILLE yhteismaalein 3-1. Hän onnistui viemään Monterreyn toiseen loppuotteluun Apertura 2005-turnauksessa, mutta epäonnistui jälleen kerran, tällä kertaa häviten Tolucalle yhteismaalein 6-3. Herrera jatkoi Monterreyn päävalmentajana Apertura 2007-turnaukseen asti, jossa hänen sopimuksensa purettiin syyskuussa 2007 jatkuvan kehnon muodon vuoksi.
VeracruzEdit
ennen Clausuraa 2008 Herrera palkattiin Veracruzin manageriksi Antonio Mohamedin erottua tehtävästään. Ylivoimainen voitto Herreralle Oli 4-0-kotivoitto Club Américasta 29. maaliskuuta 2008. Hänen tehtävänään oli estää Veracruzin putoaminen Primera División A: han, vaikka Veracruz vääjäämättä putosi. Herrera erosi seurasta toukokuussa 2008.
Estudiantes TecosEdit
pian Veracruzista lähtönsä jälkeen Herrera palkattiin manageroimaan vaikeuksissa olevaa Estudiantes Tecosia Apertura 2008-turnauksen puolivälissä José Luis Trejon tilalle. Hän sai potkut 6.syyskuuta 2010, kun Tecos kärsi 0-3-tappion Guadalajaraa vastaan apertura-turnauksen liigaottelussa.
paluu Atlanteeditiin
marraskuussa 2010 ilmoitettiin, että Herrera palkattiin Atlanten uudeksi manageriksi, palaten entiseen seuraansa ensimmäisen manageripestinsä jälkeen vuonna 2002. Hänen valtakaudellaan Atlante sijoittui Clausurassa 2011 neljänneksi, vaikka Cruz Azul karsiutui puolivälierissä. Atlante ei selviytynyt pudotuspeleihin Apertura 2011-turnauksessa, eikä Herrera uusinut sopimustaan seuran kanssa. Huhujen mukaan hänet yhdistettiin Club Américaan heidän uudeksi managerikseen seuraavalle kaudelle.
AméricaEdit
16.marraskuuta 2011 Herrera nimettiin virallisesti Club Américan manageriksi. Ensimmäisessä lehdistötilaisuudessaan Herrera paljasti tehneensä kuuden kuukauden sopimuksen sanoen: ”F puolen vuoden päästä En anna tuloksia, lähden.”7. tammikuuta 2012 América voitti Quéretaron 2-0, mikä oli Herreran ensimmäinen virallinen voitto Américaa vastaan. América sijoittui Clausurassa kolmanneksi ja eteni välieriin, joissa Monterrey karsiutui yhteismaalein 0-2. Toukokuuta Miguel Herrera vahvistettiin päävalmentajaksi. Hän johti seuran neljänneksi loppuun seuraavan Apertura, jälleen karsiutui semifinaalivaiheessa jälkeen 2-3 yhteenlaskettu tappio Toluca.
26.toukokuuta 2013 América voitti historiansa yhdennentoista liigamestaruuden kukistamalla Cruz Azulin 4-2 rangaistuspotkuilla dramaattisella paluuottelulla 0-1 ensimmäisen osaottelun tappiosta tasapeliin 2-2 yhteismaalein 2-2 ja pelasi toisen osaottelun kymmenellä miehellä yli 105 minuuttia. Se oli Herreran ensimmäinen mestaruus hänen manageriurallaan hävittyään kaksi edellistä finaaliaan Monterreyssa.
seuraavalla Aperturalla Herrera johdatti Américan toiseen liigafinaaliin noustuaan sarjataulukon kärkeen 37 pisteellä, mutta León hävisi kuitenkin. Turnauksen puolivälissä Herrera nimettiin Meksikon maajoukkueen väliaikaiseksi valmentajaksi; hänen apulaisensa Álvaro Galindo valmensi Américaa Herreran paluuseen asti marraskuussa. Myöhemmin ilmoitettiin, että Herrera siirtyy Meksikolaisjoukkueen päävalmentajaksi pysyvästi.
Meksikon maajoukkuedit
18.lokakuuta 2013 Herrera nimitettiin Meksikon väliaikaiseksi päävalmentajaksi, kun Víctor Manuel Vucetich korvasi hänet neljäntenä maajoukkuevalmentajana kuukauden sisällä. Hän johdatti El Tri: N 9-3-yhteismaalivoittoon Uudesta-Seelannista Maanosaliittojen välisessä play-off-turnauksessa, joka oikeutti vuoden 2014 MM-kisoihin Brasiliaan. 2. joulukuuta ilmoitettiin Herreran jatkavan maajoukkuevalmentajana ainakin läpi MM-kisojen.
MM-kisoissa Meksiko sijoittui lohkossaan toiseksi 7 pisteellä, keräten voitot Kamerunia ja Kroatiaa vastaan ja varmistaen pisteettömän tasapelin isäntämaata vastaan.He kohtasivat 16. kierroksella Alankomaat, jossa Meksiko karsiutui jatkosta kärsittyään 2-1-tappion. 3. joulukuuta hän ilmoitti, että hänen sopimuksensa maajoukkueen kanssa uusitaan.
Meksiko ei selviytynyt vuoden 2015 Copa Américan lohkovaiheeseen, vaan saavutti vain kaksi tasapeliä ja yhden tappion. 26. heinäkuuta 2015 Meksiko voitti CONCACAF Gold Cupin kukistettuaan loppuottelussa Jamaikan 3-1. Kaksi päivää myöhemmin Herrera vapautettiin Meksikon maajoukkueen valmentajana väitetyn fyysisen riidan jälkeen TV Azteca-kuuluttaja Christian Martinolin kanssa – joka oli kritisoinut Herreraa-kaksikon odottaessa TSA: n jonossa Philadelphian kansainvälisellä lentokentällä.
Tijuanaedit
2.marraskuuta 2015 Herrera nimettiin Tijuanan manageriksi. Hän luotsasi seuraa toukokuuhun 2017 asti karsiutuen kahdesti pudotuspeleihin.
paluu Américaeditiin
26.toukokuuta 2017 tuore Sportingin puheenjohtaja Santiago Baños ilmoitti virallisesti Herreran paluusta Club Américaan. Hän hävisi ensimmäisessä virallisessa ottelussaan seuran päävalmentajana 1-2-tappion Querétarolle Supercopa MX: ssä. Kuusi päivää myöhemmin América hävisi jälleen Querétarolle, tällä kertaa pistein 0-1, Apertura-turnauksen avausottelussaan. Seuraavalla viikolla Herrera voitti ensimmäisen liigaottelunsa toisella jaksollaan Américaa vastaan kukistamalla Estadio Hidalgon Pachucan 2-0. Herrera johdatti Américan Aperturan runkosarjan kolmannelle sijalle, mutta he karsiutuivat välierissä Tigres UANLILTA. América putosi myös vuoden 2018 CONCACAF Champions Leaguessa Toronto FC: lle välierissä. Seura sijoittui seuraavassa Clausura-turnauksessa toiseksi ja karsiutui jälleen välierävaiheessa, tällä kertaa häviten Santos Lagunalle yhteismaalein 6-3.
Herrera johdatti Américan vuoden 2018 Aperturassa toiselle sijalle kärsien vain kaksi tappiota koko turnauksen runkosarjan ajan ja eteni voittamattomana pudotuspeleihin. 16. joulukuuta Herrera voitti toisen liigamestaruutensa – molemmat Club Américan kanssa – voitettuaan finaalissa Cruz Azulin yhteismaalein 2-0. Hän myös johti joukkueen 17-pelin lyömätön putki matkalla voittaa mestaruuden, joka vastaa ennätys asettaa seuran alle Mario Carrillo vuonna 2005, kun se voitti kyseisen vuoden Clausura.
5.helmikuuta 2019 Herrera johti Club Américaa 3-1-voitolla Necaxasta Copa MX: ssä, ja hänestä tuli seuran historian kolmas manageri Jose Antonio Rocan ja Carlos Reinoson jälkeen. 11. huhtikuuta América voitti Copa MX: n Clausuran finaalissa FC Juárezin 1-0. Tämä oli Herreran uran ensimmäinen cup-titteli ja kaikkiaan kolmas mestaruus Club Américassa.
21.joulukuuta 2020, kaksi päivää sen jälkeen, kun Los Angeles FC oli pudottanut Herreran CONCACAF Champions Leaguesta, jossa hän oli osallisena puoliaikatappelussa, América erotti Herreran.