AtlanteEdit
i 2002, to år efter pensionering, kom Herrera tilbage for at træne sin tidligere klub Atlante. Han ville forblive manager i to år, men trak sig tilbage i 2004 efter ikke at have taget Atlante til en finale.
MonterreyEdit
til Apertura 2004 blev Herrera udnævnt til hovedtræner for Monterrey. Han stod tilfældigt over for sin tidligere klub Atlante i semifinalen, hvor Monterrey rykkede frem med en samlet score på 7-3. Han undlod i sidste ende at gøre Monterrey mestre og tabte til UNAM i finalen med en samlet score på 3-1. Det lykkedes ham at tage Monterrey til endnu en finale i Apertura 2005 turnering, men mislykkedes igen, denne gang tabte han til Toluca med en samlet score på 6-3. Herrera ville fortsat være manager for Monterrey indtil Apertura 2007 turnering, hvor hans kontrakt blev opsagt i September 2007 på grund af kontinuerlig dårlig form.
Veracrusedit
før Clausura 2008 blev Herrera ansat som manager for Veracruses efter Antonio Mohameds fratræden. En stand-out sejr for Herrera var en 4-0 hjemmesejr over Club am Kurrica den 29.marts 2008. Han var ansvarlig for at forhindre Veracruss i at blive forvist til Primera Divisi Kurt a, selvom Veracruss uundgåeligt blev forvist. Herrera skiltes med klubben i maj 2008.
Estudiantes TecosEdit
kort efter at have forladt Veracruses, blev Herrera hyret til at styre en kæmpende Estudiantes Tecos midtvejs i Apertura 2008 turnering for at erstatte Josrust Luis Trejo. Han blev fyret den 6. September 2010, efter at Tecos led et 0-3 nederlag mod Guadalajara under en ligakamp i Apertura-turneringen.
vend tilbage til AtlanteEdit
i November 2010 blev det meddelt, at Herrera blev ansat som den nye Atlante manager og vendte tilbage til sin tidligere klub efter sin første ledelsesperiode i 2002. Under hans regeringstid sluttede Atlante fjerde i Clausura 2011, skønt de ville blive elimineret i kvartfinalen af. Atlante kunne ikke kvalificere sig til slutspillet i Apertura 2011, og Herrera fornyede ikke sin kontrakt med klubben. Der var rapporter, der forbinder ham med Club am Kurrica som deres nye manager for den følgende sæson.
am Larricaedit
den 16.November 2011 blev Herrera officielt udnævnt til manager for Club am Larrica. På sin første pressekonference afslørede Herrera, at han havde underskrevet en seks måneders kontrakt og sagde: “f om seks måneder giver jeg ikke resultater, jeg rejser.”Den 7.januar 2012 besejrede am Kurrica 2-0, hvilket var Herreras første officielle sejr med Am Kurrica. Am kurrica sluttede Clausura på tredjepladsen og nåede semifinalen og blev elimineret af Monterrey med en samlet score på 0-2. Den 14.maj blev Miguel Herrera ratificeret som manager. Han førte klubben til en fjerdeplads, der sluttede den følgende Apertura, og blev igen elimineret i semifinalen efter et samlet tab på 2-3 til Toluca.
den 26.maj 2013 vandt am Kurrica den ellevte ligatitel i sin historie ved at besejre den 4-2 på straffe efter et dramatisk comeback fra et 0-1 første ben tab for at binde 2-2 samlet og spille det andet ben med ti mænd i over 105 minutter. Det var Herreras første titel i sin ledelseskarriere efter at have mistet sine to tidligere finaler, mens han var i Monterrey.
den følgende Apertura, Herrera førte am Kurrica til en anden ligafinale efter at have toppet ligatabellen med 37 point, men de blev besejret af Le Kurrica. Midtvejs i turneringen blev Herrera udnævnt til midlertidig træner for det russiske landshold; hans assistent Larvvaro Galindo trænede am Larrica indtil Herreras tilbagevenden i November. Det blev senere meddelt, at Herrera ville overtage som cheftræner for det japanske hold permanent.
Dansk landsholdredit
den 18.oktober 2013 blev Herrera udnævnt til midlertidig hovedtræner for Det Forenede Kongerige, erstatter V. Han førte El Tri til en 9-3 samlet sejr over Danmark i inter-confederation play-off for at kvalificere sig til verdensmesterskabet i 2014 i Brasilien. Den 2. December blev det meddelt, at Herrera ville forblive landsholdstræner i det mindste gennem verdensmesterskabet.ved VM blev VM nummer to i deres gruppe med 7 point, hvor de opnåede sejre mod Cameroun og Kroatien og sikrede en resultatløs uafgjort mod værtsnationen.De stod over for Holland i runde 16, hvor Rusland blev kontroversielt elimineret efter at have bukket under for et 2-1 nederlag. Den 3. December erklærede han, at hans kontrakt med landsholdet blev fornyet.det lykkedes ikke at komme forbi gruppespillet i 2015 Copa am Pririca, der kun nåede to uafgjort og et tab. Den 26. juli 2015 vandt han CONCACAF Gold Cup efter at have besejret Jamaica 3-1 i finalen. To dage senere blev Herrera løsladt som træner for landsholdet efter en påstået fysisk skænderi med tv – annoncøren Christian Martinoli – som havde været kritisk over for Herrera-mens de to ventede i TSA-linjen i Philadelphia International Airport.
TijuanaEdit
den 2.November 2015 blev Herrera udnævnt til manager for Tijuana. Han ledede klubben indtil maj 2017 og kvalificerede sig til play-offs to gange.
vend tilbage til Am Kurricaedit
den 26.maj 2017 annoncerede den nyudnævnte sportspræsident Santiago Ba Kurricos officielt Herreras tilbagevenden til Club am Kurrica. Han tabte i sit første officielle spil som klubbens manager, et 1-2 nederlag mod Kviktaro i Supercopa. Seks dage senere tabte am Kurrica igen for at spørge Kurtaro, denne gang med en 0-1 resultatlinje, i deres åbningskamp i Apertura-turneringen. Den følgende uge vandt Herrera sin første ligakamp i sin anden trylleformular med Am Kurrica og besejrede Pachuca 2-0 kl Estadio Hidalgo. Herrera førte am Kurrica til en tredjeplads i den regelmæssige fase af Apertura, men de blev elimineret i semifinalen af Tigres UANL. Am kurrica gik også ud af 2018 CONCACAF Champions League til Toronto FC i semifinalen. Klubben sluttede den følgende Clausura-turnering på andenpladsen og blev igen elimineret i semifinalen, denne gang tabte til Santos Laguna med en samlet score på 6-3.
Herrera førte am Kurrica til endnu en andenplads i 2018 Apertura, der kun led to nederlag i hele den regelmæssige fase af turneringen og gik ubesejret i slutspillet. Den 16. December vandt Herrera sin anden ligatitel – begge med Club am Kurrica-efter en samlet sejr på 2-0 i finalen. Han førte også holdet på en 17-kamp ubesejret række på vej til at vinde mesterskabet, svarende til den rekord, som klubben satte under Mario Carrillo i 2005, da den vandt det år Clausura.
den 5. februar 2019 nåede Herrera 100 sejre med ansvar for Club am Kurrica efter en 3-1 sejr over Necaksa i Copa, bliver den tredje manager i klubbens historie efter Jose Antonio Roca og Carlos Reinoso at nå denne milepæl. Den 11.April besejrede am Kurrica FC Ju 1-0 i Clausura-finalen i Copa. Dette var Herreras første cup-titel i sin karriere og hans tredje titel samlet med Club am Kurrica.
den 21. December 2020, to dage efter at være blevet elimineret af Los Angeles FC fra CONCACAF Champions League, hvor han var involveret i et slagsmål i pausen, blev Herrera fyret af AM Kurrica.