AtlanteEdit
V roce 2002, dva roky po odchodu do důchodu, Herrera vrátil se trenér jeho bývalého klubu Atlante. Zůstal manažerem dva roky, ale rezignoval v roce 2004 poté, co nedokázal vzít Atlante do finále.
MonterreyEdit
pro aperturu 2004 byl Herrera jmenován hlavním trenérem Monterrey. On shodou okolností tváří v tvář svému bývalému klubu Atlante v semifinále Monterrey s postupujícím celkové skóre na 7-3. Na šampiona z Monterrey nakonec nedosáhl, ve finále prohrál s UNAMEM po celkovém skóre 3: 1. Podařilo se mu v užívání Monterrey do druhého finále v Apertura 2005 turnaj, ale nepodařilo ještě jednou, tentokrát ztrácí na Toluca s celkovým skóre 6-3. Herrera bude nadále manažerem Monterrey až do turnaje Apertura 2007, kde jeho smlouva byla ukončena v září 2007 kvůli neustálé špatné formě.
VeracruzEdit
před Clausurou 2008 byl Herrera najat jako manažer Veracruzu po rezignaci Antonia Mohameda. Stand-out vítězství pro Herrera byl 4-0 domácí vítězství nad Club América dne 29. Března 2008. Byl pověřen tím, aby Veracruz nebyl odsunut do Primera División A, ačkoli Veracruz byl nevyhnutelně odsunut. Herrera se s klubem rozešel v květnu 2008.
Estudiantes TecosEdit
Krátce poté, co opustil Veracruz, Herrera byl najat ke správě bojující Estudiantes Projekt midway do Apertura 2008 turnaj nahradit José Luis Trejo. Byl vyhozen 6. září 2010 poté, co Tecos utrpěl porážku 0: 3 proti Guadalajara během ligového zápasu turnaje Apertura.
Návrat do AtlanteEdit
V listopadu 2010 bylo oznámeno, že Herrera byl najat jako nový Atlante manager, návratu k jeho bývalému klubu po jeho první manažerskou štaci v roce 2002. Za jeho vlády, Atlante skončil čtvrtý v Clausura 2011, ačkoli oni by byli vyřazeni ve čtvrtfinále Cruz Azul. Atlante se nepodařilo kvalifikovat do play-off apertury 2011 a Herrera neobnovil smlouvu s klubem. Objevily se zprávy, které ho spojovaly s klubem América jako novým manažerem pro následující sezónu.
AméricaEdit
dne 16. listopadu 2011 byl Herrera oficiálně jmenován manažerem klubu América. Na své první tiskové konferenci, Herrera odhalil, že podepsal šestiměsíční smlouvu, rčení, “ f za šest měsíců nedávám výsledky.“, odejdu.“7.ledna 2012 América porazila Quéretaro 2-0, což bylo první oficiální vítězství Herrery s Américou. América dokončil Clausura na třetím místě a dosáhl semifinále, byla eliminována Monterrey celkové skóre na 0-2. Na 14 Smět, Miguel Herrera byl ratifikován jako manažer. Vedl klub na čtvrtém místě dokončit následující Apertura, opět byl vyřazen v semifinále fázi, po 2-3 souhrnné ztráty do Toluca.
Na 26 Května 2013, América vyhráli jedenáctý ligový titul ve své historii tím, že porazí Cruz Azul 4-2 na penalty po dramatickém návratu z 0-1 první etapě ztráta na kravatu 2-2 na agregát, a hrát druhou nohu s deseti muži za více než 105 minut. Byl to Herrerův první titul v jeho manažerské kariéře poté, co prohrál své dvě předchozí finále v Monterrey.
následující Apertura, Herrera led América do druhé ligy mistrů po doplnění ligové tabulky s 37 body, však byli poraženi León. V polovině turnaje, Herrera byl jmenován prozatímní trenér Mexika národního týmu, jeho asistent Álvaro Galindo trénoval América, dokud Herrera je vrátit v listopadu. Později bylo oznámeno, že Herrera převezme funkci hlavního trenéra Mexického týmu trvale.
Mexiko národní teamEdit
Dne 18. října 2013, Herrera byl jmenován prozatímním trenérem Mexika, nahradí Víctor Manuel Vucetich, aby se stal čtvrtým trenérem národního týmu v rámci rozpětí měsíc. Vedl El Tri na 9-3 agregátní vítězství nad Novým Zélandem v inter-konfederace play-off se kvalifikovat pro Mistrovství Světa 2014 v Brazílii. Na 2 prosinec, bylo oznámeno, že Herrera zůstane trenérem národního týmu alespoň přes Mistrovství světa.
Na Mistrovství Světa v Mexiku skončil na druhém místě ve své skupině se 7 body, získání výhry proti Kamerun a Chorvatsko a zajištění bezbrankovou remízu proti hostitelské zemi.V 16. kole se utkali s Nizozemskem, kde bylo Mexiko po porážce 2: 1 kontroverzně vyřazeno. Dne 3. Prosince prohlásil, že jeho smlouva s národním týmem byla obnovena.
Mexiko nedokázalo projít skupinovou fází Copa América 2015, pouze dosáhlo dvou remíz a jedné ztráty. 26. července 2015 vyhrálo Mexiko zlatý pohár CONCACAF poté, co ve finále porazilo Jamajku 3-1. O dva dny později, Herrera byl propuštěn jako trenér mexické národní tým po údajné fyzické hádky s TV Azteca hlasatel Christian Martinoli – kdo byl kritický vůči Herrera – zatímco dva čekali v TSA linka na Letiště Philadelphia International.
TijuanaEdit
dne 2. Listopadu 2015 byl Herrera jmenován manažerem Tijuany. Klub řídil do května 2017, dvakrát se kvalifikoval do play-off.
Návrat do AméricaEdit
Na 26. Května 2017, nově jmenovaný sportovní prezidenta Santiaga Baños oficiálně oznámila, Herrera je návrat do Klubu América. Prohrál ve své první oficiální hře jako manažer klubu, porážku 1: 2 s Querétarem v Supercopa MX. O šest dní později, América znovu prohrál do Querétaro, tentokrát 0-1 půlicí rýha, na jejich úvodní zápas Apertura turnaj. Následující týden, Herrera vyhrál svůj první ligový zápas v jeho druhé kouzlo s América, porážet Pachuca 2-0 na Estadio Hidalgo. Herrera dovedl Américu k třetímu místu během pravidelné fáze apertury, v semifinále je však vyřadil Tigres UANL. América také vypadla z Ligy mistrů CONCACAF 2018 do Toronta FC v semifinále. Klub skončil po Clausura turnaji na druhém místě, a byl znovu vyřazen v semifinále fázi, tentokrát ztratil Santos Laguna tím, 6-3 celkové skóre.
Herrera led América do další druhé místo skončit v roce 2018 Apertura, jen utrpení, dvě porážky po pravidelné fáze turnaje, a šel neporažený v play-off. Na 16 prosinec, Herrera vyhrál svůj druhý ligový titul-oba s Club América-po 2-0 souhrnné vítězství nad Cruz Azul ve finále. On také vedl tým na 17-game neporažený pruh na cestě k vítězství v šampionátu, vyrovnal rekord stanovený klub pod Mario Carrillo v 2005 když vyhrál ten rok Clausura.
Dne 5. února 2019, Herrera dosáhl 100 vítězství na starosti Club América následující 3-1 vítězství nad Necaxa v Copa MX, se stal třetí manažer v historii klubu poté, co Jose Antonio Roca a Carlos Reinoso k dosažení tohoto milníku. Na 11 duben, América porazila FC Juárez 1-0 ve finále Clausura Copa MX. Jednalo se o Herrerův první pohárový titul v kariéře a celkově třetí titul s klubem América.
Dne 21. prosince 2020, dva dny poté, co byl eliminován Los Angeles FC z CONCACAF Champions League, kde byl zapojen do poločasu rvačka, Herrera byl vyhozen América.