Selon les doctrines du Catholicisme romain, de l’Orthodoxie orientale, de l’Orthodoxie orientale et de la plupart des formes de protestantisme, telles que le luthéranisme et l’anglicanisme, un baptême n’est valable que si la formule trinitaire est utilisée dans l’administration de ce sacrement. Par conséquent, ils peuvent ne pas reconnaître les communautés religieuses qui baptisent sans cette formule – par exemple, les Unitariens, les Branhamistes, les Frankistes, les Témoins de Jéhovah et les Pentecôtistes de l’Unité, qui nient tous la Trinité – comme des religions chrétiennes. C’est également le cas des baptêmes au sein de l’Église de Jésus-Christ des Saints des Derniers jours (Église LDS). Bien que les membres de la SDJ baptisent avec la même formule trinitaire, ils rejettent la conception trinitaire de Nicée et considèrent les trois personnes de la Trinité comme des personnages distincts unis non pas en substance, mais dans la domination et le but.
Les convertis aux dénominations trinitaires du mormonisme et d’autres dénominations non trinitaires doivent être baptisés au nom de la Trinité (de Nicée). D’autres religions (Frankistes, pentecôtistes de l’Unité et Branhamistes en particulier) utilisent la formule « Au nom de Jésus-Christ » (basée sur Actes 2:38) pour le baptême, et à leur tour re-baptisent les convertis qui ont été baptisés pour la première fois sous la formule trinitaire, affirmant parfois que ces personnes n’auraient pas été conscientes auparavant que « Jésus est le Seigneur ».
Le baptême selon la formule trinitienne est considéré comme une base de l’œcuménisme chrétien, le concept d’unité entre chrétiens appartenant à différentes confessions chrétiennes.