muncă ulterioară și participare la Universul Cinematografic Marvel
după ce a lucrat pentru Marvel în calitate oficială timp de aproape 60 de ani, Lee a început să urmărească alte proiecte, iar în 1999 a format Stan Lee Media, o companie de divertisment pe Internet construită în jurul creațiilor sale. În cele din urmă, rolul său la Marvel a devenit cel de președinte emerit. Noua firmă a lui Lee s—a descurcat bine cu primul său proiect, un serial online animat numit 7th Portal, care a prezentat extratereștrii care intră pe Pământ printr-un „al 7-lea portal” – Internetul. Cu toate acestea, după acest succes inițial, compania a fost asaltată de o serie de procese și acuzații de corupție. A depus faliment în februarie 2001. În 2004 Pow Entertainment a fost înființat pentru diferitele personaje și francize noi ale lui Lee. El și partenerii săi au vândut compania în 2017.
Copyright 2005 Twentieth Century Fox Film Corporation și Marvel Entertainment
adaptările de Film bazate pe seria pe care Lee a creat-o au avut un mare succes. X-Men (2000) și Spider-Man (2002) au lansat francize blockbuster care au câștigat miliarde de dolari în venituri la box-office la nivel mondial. Alte creații ale lui Lee care au primit tratamentul de la Hollywood au fost Daredevil (2003), Hulk (2003) și Iron Man (2008). Lee a fost adesea prezentat în roluri cameo în acele filme, o tradiție care a continuat după ce Disney a cumpărat Marvel în 2009. O inundație de filme Marvel a urmat achiziției, inclusiv cele bazate pe creații Lee-Kirby precum Thor (2011), Răzbunătorii (2012) și Omul furnică (2015). Cameele lui Lee au devenit „ouăle de Paște” preferate de fani în Universul Cinematografic Marvel-pe măsură ce lumea comună a filmelor a devenit cunoscută—și în cele din urmă a apărut în zeci de filme Marvel, emisiuni de televiziune și jocuri video. Rolul său scurt în Gardienii Galaxiei Vol. 2 (2017) a clarificat faptul că Lee portretiza, de fapt, același personaj în fiecare dintre aceste apariții și că rolul său recurent a fost cel al unui cronicar al evenimentelor din universul Marvel. În noiembrie 2002, Lee a intentat un proces de 10 milioane de dolari împotriva Marvel după ce nu a obținut niciun profit din primul film Spider-Man, iar în 2005 instanța a decis în favoarea lui Lee.
În plus față de munca sa în alte mass-media, Lee a scris cărți despre benzi desenate și despre propria sa viață. Lucrările sale publicate includ originile Marvel Comics (1974), Excelsior!: Viața uimitoare a lui Stan Lee (2002) și Stan Lee și creșterea și căderea cărții de benzi desenate americane (2003). În 2008 a primit o medalie Națională de Arte.