de Mexicaanse wolf werd voor het eerst beschreven als een aparte ondersoort in 1929 door Edward Nelson en Edward Goldman vanwege zijn kleine omvang, smalle schedel en donkere vacht. Deze wolf wordt erkend als een ondersoort van Canis lupus in de taxonomische Autoriteit Mammal Species of the World (2005). In 2019 werd een literatuurstudie van eerdere studies uitgevoerd door de Nationale Academies van wetenschappen, techniek en geneeskunde. De positie van de Nationale Academies is dat de historische bevolking van de Mexicaanse wolf vertegenwoordigt een duidelijke evolutionaire lijn van grijze wolf, en dat de moderne Mexicaanse wolven zijn hun directe afstammelingen. Het is een geldige taxonomische ondersoort geclassificeerd als Canis lupus baileyi.
Lineagedit
Grijze Wolven (Canis lupus) migreerden 70.000–23.000 jaar geleden van Eurazië naar Noord-Amerika en gaven aanleiding tot ten minste twee morfologisch en genetisch verschillende groepen. De ene groep wordt vertegenwoordigd door de uitgestorven beringische wolf en de andere door de moderne populaties. Een auteur stelt voor dat de voorouders van de Mexicaanse wolf waarschijnlijk de eerste grijze wolven waren die de Bering landbrug overgingen naar Noord-Amerika tijdens het late Pleistoceen na het uitsterven van de Beringische wolf, die het grootste deel van het continent koloniseerden tot ze naar het zuiden werden geduwd door de nieuw aangekomen voorouders van C. l. nubilus.
een haplotype is een groep genen die in een organisme worden aangetroffen en die samen van een van hun ouders worden geërfd. Mitochondriaal DNA (mDNA) gaat langs de maternale lijn en kan dateren duizenden jaren. Een studie van 2005 vergeleek de mitochondriale DNA-sequenties van moderne wolven met die van vierendertig specimens gedateerd tussen 1856 en 1915. De historische bevolking bleek tweemaal de genetische diversiteit van de moderne wolven te bezitten, wat suggereert dat de MDNA diversiteit van de wolven uitgeroeid in het westen van de VS meer dan twee keer die van de moderne bevolking was. Sommige haplotypes van de Mexicaanse wolf, de uitgestorven Great Plains wolf en de uitgestorven Southern Rocky Mountain wolf bleken een unieke “southern clade”te vormen. Alle Noord-Amerikaanse wolven groep samen met die uit Eurazië, met uitzondering van de southern clade die een groep exclusief voor Noord-Amerika vormen. Het brede verspreidingsgebied van de Zuidelijke klade geeft aan dat de genstroom uitgebreid was over de erkende grenzen van zijn ondersoort.in 2016 genereerde een studie van mitochondriale DNA sequenties van zowel moderne als oude wolven een fylogenetische boom die erop wees dat de twee meest basale Noord-Amerikaanse haplotypes de Mexicaanse wolf en de Vancouver Island wolf waren.
in 2018 werd in een studie gekeken naar de morfologie van de ledematen van moderne en fossiele Noord-Amerikaanse wolven. De belangrijkste ledematen van de dire wolf, Beringische wolf, en de meeste moderne Noord-Amerikaanse grijze wolven kunnen duidelijk van elkaar worden onderscheiden. Laat Pleistoceen wolven aan beide zijden van de Laurentide ijskap — Cordilleran ijskap bezat kortere poten in vergelijking met de meeste moderne wolven. De late Pleistoceen wolven uit de Natural Trap Cave, Wyoming en Rancho La Brea, Zuid-Californië waren vergelijkbaar in limb morfologie aan de Beringische wolven van Alaska. Moderne wolven in het Midwesten van de VS en Noordwest-Amerika bezitten langere benen die tijdens het Holoceen geëvolueerd zijn, mogelijk gedreven door het verlies van langzamere prooien. Kortere poten overleefden echter tot ver in het Holoceen na het uitsterven van een groot deel van de Pleistoceen megafauna, waaronder de Beringische wolf. Holoceen wolven uit Middle Butte Cave (gedateerd minder dan 7.600 YBP) en Moonshiner Cave (gedateerd meer dan 3.000 YBP) in Bingham County, Idaho waren vergelijkbaar met de Beringiaanse wolven. De Mexicaanse wolf en pre-1900 monsters van de Great Plains wolf (Canis lupus nubilus) leken op de Late Pleistoceen en Holoceen fossiele grijze wolven vanwege hun kortere poten.
hybridisatie met coyotes en rode wolfsedit
In tegenstelling tot oosterse wolven en rode wolven kruipt de grijze wolf zelden met coyotes in het wild. Directe hybridisatie tussen coyotes en grijze wolven werd nooit expliciet waargenomen. Niettemin, in een studie die de moleculaire genetica van de coyotes evenals monsters van historische rode wolven en Mexicaanse wolven uit Texas analyseerde, zijn een paar Coyote genetische markers gevonden in de historische monsters van enkele geïsoleerde individuele Mexicaanse wolven. Ook grijze wolf Y-chromosomen zijn ook gevonden in een paar individuele mannelijke Texaanse coyotes. Deze studie suggereerde dat, hoewel de Mexicaanse grijze wolf over het algemeen minder gevoelig is voor hybridisatie met coyotes in vergelijking met de rode wolf, er uitzonderlijke genetische uitwisselingen kunnen zijn geweest met de Texaanse coyotes onder een paar individuele grijze wolven uit historische overblijfselen voordat de populatie volledig werd uitgeroeid in Texas. Echter, dezelfde studie weerlegde die theorie met een alternatieve mogelijkheid dat het de rode wolven kunnen zijn geweest, die op hun beurt ook eens overlapten met beide soorten in de centrale regio Texas, die betrokken waren bij het circuiten van de Gen-stromen tussen de coyotes en grijze wolven, net als hoe de oostelijke wolf wordt verdacht om gen-stromen tussen grijze wolven en coyotes in het gebied van de Grote Meren te hebben overbrugd omdat directe hybridisatie tussen coyotes en grijze wolven als zeldzaam wordt beschouwd.
in tests uitgevoerd op een monster van een taxidermied karkas van wat aanvankelijk als een chupacabra werd bestempeld, toonde mitochondriale DNA-analyse uitgevoerd door Professor Michael Forstner van de Texas State University aan dat het een coyote was. Echter, latere analyse door een veterinair genetica laboratorium team van de Universiteit van Californië, Davis geconcludeerd dat, gebaseerd op de geslacht chromosomen, het mannelijke dier was een coyote–wolf hybride verwekt door een mannelijke Mexicaanse wolf. Er is gesuggereerd dat het hybride dier werd getroffen met sarcoptische schurft, wat zijn haarloze en blauwachtige uiterlijk zou verklaren.
Een studie in 2018 die wolvenpopulaties analyseerde waarvan wordt vermoed dat ze in het verleden interacties hebben gehad met gedomesticeerde honden, vond geen bewijs van significante vermenging van honden met de Mexicaanse wolf. Een andere studie in hetzelfde jaar werd gepubliceerd in het PLOS Genetics Journal dat de populatiegenomica van grijze wolven en coyotes uit Heel Noord-Amerika analyseerde. Deze studie detecteerde de aanwezigheid van Coyote-toevoegingen in verschillende westerse grijze wolfpopulaties, allemaal eerder gedacht vrij te zijn van Coyote-introgressie, en vond dat de Mexicaanse wolven dragen 10% Coyote-mengsel. De auteur van de studie suggereert ook dat de vermenging van coyotes ook een rol kan hebben gespeeld in de basale fylogenetische plaatsing van deze ondersoort.