Coffee County fu creata dalla legislatura dell’Alabama il 29 dicembre 1841, da quella che era stata parte della contea di Dale. È stato chiamato per il generale John Coffee, un eroe della guerra Creek del 1813-1814. La contea di Coffee si trova nella parte sud-orientale dello stato e confina a nord con la contea di Pike, a est con la contea di Dale, a sud con la contea di Geneva e ad ovest con le contee di Covington e Crenshaw. Esso comprende oltre 680 miglia quadrate. Il capoluogo di contea è Wellborn.
Il palazzo di giustizia della contea fu distrutto da un incendio nel 1851, e l’anno successivo il legislatore autorizzò un’elezione per selezionare un altro sito. Fu scelta la città dell’Elba, allora chiamata Bentonville. Oggi, Coffee County mantiene due tribunali (Elba e Enterprise). L’attuale palazzo di giustizia dell’Elba, costruito nel 1903, è sopravvissuto alle inondazioni del 1929 e degli anni ‘ 90. Anche se rimangono macchie di acqua alta sulle pareti, questo edificio continua a servire la divisione occidentale della contea. Nel 1843, William Peoples servì come primo sceriffo della contea di Coffee.