Molecular conjuntos de dados e o uso crescente de integração sistemática está revelando enigmática diversidade em uma variedade de taxa – particularmente em áreas remotas e pouco coletadas paisagens como a ilha de Nova Guiné. Pitões verdes (complexo Morelia viridis) são um dos elementos mais conspícuos da fauna desta ilha, com um grande número de animais retirados da natureza para suprir a demanda internacional por animais exóticos. Testamos hipóteses sobre limites de espécies em pitões verdes de toda a Nova Guiné e Austrália com genomas mitocondriais, 389 exões nucleares, e avaliação abrangente da variação morfológica. A forte estruturação genética de populações de pitões verdes e métodos de delimitação de espécies confirmam a presença de duas espécies, ocorrendo amplamente ao norte e ao sul das montanhas centrais da Nova Guiné. Nossos dados também suportam três subespécies dentro das espécies do Norte. Divergência morfológica sutil mas consistente entre os taxa putativos é concordante com padrões de divergência molecular. A nossa extensa amostragem identifica várias zonas de importância biogeográfica até agora desconhecida na ilha da Nova Guiné. Revisamos a taxonomia do grupo, discutimos a relevância de nossos achados no contexto da biogeografia Papuana e as implicações de nossas mudanças sistemáticas para a gestão da conservação desses taxa.