Installazione dei pacchetti R

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Parte del motivo per cui R è diventato così popolare è la vasta gamma di pacchetti disponibili nei repository cran e bioconductor. Negli ultimi anni, il numero di pacchetti è cresciuto in modo esponenziale!

Questo è un breve post che fornisce passaggi su come installare effettivamente i pacchetti R. Supponiamo che tu voglia installare il pacchetto ggplot2. Beh, niente potrebbe essere più facile. Basta attivare una shell R e digitare:

> installa.packages (“ggplot2”)

In teoria il pacchetto dovrebbe semplicemente installarsi, tuttavia:

se stai usando Linux e non hai accesso root, questo comando non funzionerà.
ti verrà chiesto di selezionare il tuo mirror locale, cioè quale server dovresti usare per scaricare il pacchetto.

Installazione di pacchetti senza accesso root

Innanzitutto, è necessario designare una directory in cui archiviare i pacchetti scaricati. Sulla mia macchina, uso la directory/data/Rpackages/ Dopo aver creato una directory di pacchetti, per installare un pacchetto usiamo il comando:

> installa.i pacchetti (“ggplot2”, lib="/data/Rpackages/")

> libreria(ggplot2, lib.loc=”/data/Rpackages/”)

È un po ‘ doloroso dover digitare /data/Rpackages/ tutto il tempo. Per evitare questo onere, creiamo un file .Renvironnella nostra area home e aggiungiamo la riga R_LIBS=/data/Rpackages/. Questo significa che ogni volta che si avvia R, la directory /data/Rpackages/ viene aggiunto all’elenco di posti dove cercare i pacchetti R e quindi:

> install.packages("ggplot2")

> library(ggplot2)

funziona!

Impostazione del repository

Ogni volta che si installa un pacchetto R, viene chiesto quale repository R dovrebbe usare. Per impostare il repository ed evitare di doverlo specificare ad ogni installazione del pacchetto, semplicemente: