All’inizio della storia, Pentangeli si avvicina a Michael per chiedere il suo aiuto per eliminare i fratelli Rosato, rivali a New York, che affermavano di essere stati promessi territori da Clemenza prima della sua morte. Michael rifiuta, tuttavia, e ordina a Pentangeli di non fare nulla, poiché non vuole che una guerra interferisca con un imminente accordo con Hyman Roth (Lee Strasberg), che sostiene i Rosatos. Pentangeli lo prende come un insulto e se ne va infuriato. Più tardi quella notte, Michael sfugge di poco un tentativo di assassinio a casa sua.
Michael conclude da solo che Roth era dietro il tentativo di assassinio. Dopo aver visitato la Florida per sigillare l’accordo con Roth, Michael fa una visita non annunciata a Pentangeli a Long Island e gli chiede di aiutarlo a vendicarsi. Come parte del suo piano, insiste che Pentangeli capitolare ai fratelli Rosato in modo che Roth non sospettare che Michael è su di lui. Pentangeli preferisce la guerra aperta contro Roth e i Rosatos, ma obbedisce a malincuore all’ordine di Michael.
Pentangeli organizza un incontro con i fratelli Rosato. Arrivato al luogo dell’incontro, Pentangeli lascia fuori la sua guardia del corpo ed entra da solo nel bar. Una volta dentro, Tony Rosato (Danny Aiello) tende un’imboscata a Pentangeli con una garotte, dicendogli: “Michael Corleone dice ciao.”Un poliziotto entra e l’attacco degenera in una sparatoria in strada. Pentangeli scompare e si crede che sia morto.
Più tardi, in un’audizione al Senato che indaga sulla criminalità organizzata e sulle accuse di attività criminali di Michael, Michael scopre che il comitato intende chiamare Pentangeli come testimone a sorpresa per contraddire l’irremovibile negazione di Michael che è un boss del crimine. Sia Pentangeli che Cicci sono stati sotto la custodia protettiva dell’FBI dall’attentato alla sua vita. Credendo che Michael lo ha ordinato assassinato, Pentangeli fornisce una dichiarazione giurata agli investigatori che Michael è il capo della più potente famiglia mafiosa della nazione, controlla praticamente tutte le attività di gioco d’azzardo in Nord America, e ha ordinato innumerevoli omicidi.
Più dannatamente, Pentangeli dice agli investigatori che Michael ha ucciso personalmente il capitano McCluskey e Virgil Sollozzo (interpretato da Sterling Hayden e Al Lettieri ne Il padrino), e ha anche iniziato a pianificare un massacro di massa degli altri boss mafiosi di New York già nel 1950. Cicci ha anche rivelato questo all’FBI. Tuttavia, non è in grado di implicare direttamente Michael in alcuna attività criminale; a causa dei “buffer” nell’organizzazione di Corleone non ha mai ricevuto ordini direttamente da Michael. Al contrario, poiché Pentangeli era un capo, non c’è isolamento tra Michael e se stesso. La sottocommissione del Senato e l’FBI considerano quindi Pentangeli molto credibile, e sono certi che possa corroborare la testimonianza di Cicci e accusare Michael di falsa testimonianza.
Mentre il Comitato è in pausa, Michael e altri cercano un modo per evitare le accuse di spergiuro. Fredo, che aveva inconsapevolmente cospirato con i nemici di Michael, informa Michael che l’udienza è stata progettata da Roth come parte del suo piano per eliminarlo dalla scena; inoltre, l’avvocato del comitato è sul libro paga di Roth.
Michael sa che la custodia protettiva di Pentangeli è troppo sicura per tentare la sua vita prima di testimoniare. Invece, Michael vola il fratello di Pentangeli, Vincenzo, in dalla Sicilia, e Vincenzo accompagna Michael all’udienza in cui Frank è previsto a testimoniare. Vincenzo e Frank si scambiano uno sguardo silenzioso prima dell’udienza. Spaventato, Frank ritratta le sue dichiarazioni precedenti, dicendo che “ha detto ai ragazzi dell’FBI quello che volevano sentire”, e ora afferma che la famiglia Corleone è innocente di qualsiasi illecito, spergiurandosi così davanti alla commissione del Senato. Questa testimonianza coglie il comitato completamente alla sprovvista e fa deragliare efficacemente il caso del governo contro Michael.
Dopo l’udienza, il consigliere della famiglia Corleone Tom Hagen (Robert Duvall) visita Pentangeli in custodia. Hagen racconta Pentangeli, un appassionato di storia, una storia su come i traditori nell’antica Roma potrebbero risparmiare le loro famiglie se si suicidassero; l’implicazione è che Michael si prenderà cura della famiglia di Pentangeli se si ucciderà. Pentangeli ringrazia Hagen, torna nei suoi alloggi assegnati e si taglia i polsi mentre fa il bagno.
Il film finito lascia poco chiaro esattamente che cosa circa la presenza di suo fratello ha motivato Pentangeli a cambiare la sua storia. Il film finale afferma solo che Vincenzo è un potente e spietato capo della mafia in Sicilia.
Una prima bozza della sceneggiatura del film spiega che Vincenzo, scioccato dal fatto che suo fratello stia per tradire i Corleoni, assiste all’udienza per ricordare a Frank che non deve infrangere il codice del silenzio della Mafia, l’omertà. Questo è anche spiegato in una scena tagliata nel videogioco The Godfather II per Xbox 360. La presenza di suo fratello, così come lo sguardo che si scambiano, serve come una minaccia che se Frank continua con la sua testimonianza pianificata, verrà presa una punizione contro i suoi figli, che vivono in Sicilia sotto la tutela di Vincenzo.