Fondatore Andrew Wilson è stato ispirato dal famoso duck tours del Wisconsin Dells, Wisconsin. La compagnia ha iniziato a fare tour a Boston con quattro anatre e ora gestisce una flotta di 28. La prima posizione di partenza era su Long Wharf di fronte al New England Aquarium. Nel 1997 l’operazione Boston Duck Tours è stata spostata nel quartiere Back Bay di Boston presso il Prudential Center. Nel 2002, Boston Duck Tours ha aperto una seconda sede di partenza e biglietteria presso il Museo della Scienza. Nel 2009, Boston Duck Tours ha aperto un terzo punto di partenza e biglietteria al New England Aquarium. Boston Duck Tours trasporta circa 600.000 passeggeri all’anno.
Un Boston Duck Tour DUKW nel fiume Charles
Nel 2002, i Boston Duck Tour Ducks furono usati per la prima volta come veicoli da parata per i New England Patriots dopo che i Patriots vinsero il Super Bowl XXXVI sui St. Louis Rams. Da quel momento, le anatre del Boston Duck Tour hanno partecipato a 12 sfilate di campionato sportivo professionistico a Boston. Ci sono stati sei per New England Patriots (2002, 2004, 2005, 2015, 2017, 2019), quattro per i Boston Red Sox (2004, 2007, 2013, 2018), uno per i Boston Celtics (2008), e uno per i Boston Bruins (2011). Con queste parate essendo diventato un evento frequente dal 2002,” Cue the Duck Boats ” è diventato uno slogan popolare a Boston tra gli appassionati di sport della città. Le Duck Boats furono progettate per essere utilizzate per i New England Patriots nel 1997, ma non vinsero il Super Bowl XXXI. Mentre gran parte delle vie di parata nel corso degli anni consisteva dei DUKWs che soggiornavano sulla terra, alcuni presentavano i DUKWS che attraversavano sia la terra che attraverso il fiume Charles.
Nel 2010, Boston Duck Tours è stato chiesto di aiutare le vittime delle inondazioni di trasporto a Wayland, MA. Piogge torrenziali avevano lasciato la zona Pelham Island di Wayland isolato e le anatre sono stati portati a traghettare le persone dentro e fuori del loro quartiere fino a quando le acque si ritirarono.
Il 7 agosto 2014, Boston Duck Tours ha ritirato il suo ultimo DUKW originale della Seconda guerra mondiale dai tour regolarmente programmati. A partire dal 2015 tutti i tour regolari sono condotti su DUKWs replica che sono più grandi e più facili da riparare rispetto ai veicoli originali, ed eseguire su bio diesel.