Come parte della tua ricerca, leggi un articolo che menziona i topi BALB/C. Rintracci quel mouse nel database dei topi JAX® e ti chiedi quale mouse BALB/c i ricercatori hanno usato – BALB/cJ (000651) o BALB/cByJ (001026). Qual è la differenza (se presente) e quale dovresti usare per la tua ricerca?
Substrains: cosa vuoi dire che non sono tutti uguali?
Iniziamo a rispondere a questa domanda rivedendo brevemente quali sono i substrain. Un sottotreno può sorgere in un paio di modi: 1) quando una mutazione spontanea viene fissata in una colonia e quella colonia viene mantenuta come una linea separata, 2) quando i topi della stessa colonia genitore vengono mantenuti separatamente per 20 generazioni o più. Concentriamoci sul secondo modo. Supponiamo che tu ed io abbiamo ottenuto topi BALB / c dalla stessa fonte. Se la mia colonia si è riprodotta per 11 generazioni, e la tua si è riprodotta per nove generazioni, le nostre due colonie sono tecnicamente inferiori l’una all’altra. Perché? Perché sono 20 generazioni (11 + 9) a parte, e, durante quel tempo, mutazioni spontanee con conseguente differenze fenotipiche uniche possono aver sviluppato.
Allo stesso modo, il ceppo originale BALB/c si separò in due substreni principali (BALB/cJ e BALB / cByJ) nel 1935. Maggiori dettagli sullo sviluppo storico di questi due substreni possono essere trovati in Potter et al. 1985 (Storia della famiglia BALB / c, Argomenti Curr Microbiol Immunol. 122: 1-5), il sito web di Mouse Genome Informatics, le origini dei topi Inbred e nel Manuale sui topi JAX geneticamente standardizzati. Anche se strettamente correlati, BALB / cJ e BALB/cByJ non sono identici.
Le differenze genetiche fanno la differenza
Le differenze genetiche note tra questi due substreni includono almeno tre mutazioni nel ceppo BALB / cByJ: 1) Acadsdel-J (acil-Coenzima A deidrogenasi, catena corta) e 2) Ahrb-2 (recettore aril-idrocarburo). Sebbene questi due ceppi siano considerati abbinati al Complesso maggiore di istocompatibilità (MHC) (hanno l’aplotipo H2d) e i tessuti possano essere trapiantati tra i ceppi, il locus di classe 1b in BALB/cByJ contiene una delezione inQa-2 sul cromosoma 17 (Mellor, A., et al., Proc. Natl. Acad. Sic., USA 82:5920, 1985). Per ulteriori variazioni tra i substrati BALB/c mantenuti in tutto il mondo, vedere Il mouse BALB/C. Genetica e Immunologia, M. Potter (ed.), Current Topics in a Microbiology and Immunology 122, Springer-Verlag, 1985.
Differenze fenotipiche: non sei il ceppo che conoscevo prima!
Come ci si potrebbe aspettare da due ceppi che si riproducono separatamente dal 1935, BALB/cJ e BALB/cByJ hanno numerose differenze fenotipiche. BALB / cByJ ha una maggiore performance riproduttiva ed è meno aggressivo di BALB / cJ. Le femmine BALB/cByJ sono buone madri e sono comunemente usate come madri adottive. I topi BALB / cByJ hanno calcinosi cardiaca distrofica spontanea, elevati acidi grassi liberi, alti livelli di trigliceridi e una serie di anomalie ematologiche. Altri fenotipi tra questi ceppi sono confrontati nel database dei fenomi del topo.
Selezione dei substreni: e il vincitore è…
Ora che sai che esistono substreni di BALB/c, è il momento della decisione. In definitiva, scegliere quale sottostrain BALB/c è più adatto alla tua ricerca dipende da una serie di fattori. Se stai cercando di ripetere o costruire su esperimenti precedenti, fai ogni sforzo per identificare e utilizzare lo stesso ceppo. In questo modo, eviterai di introdurre differenze nel background genetico e nel fenotipo. L’aggiunta di una nuova variabile al tuo progetto sperimentale è l’ultima cosa che vuoi fare. È già abbastanza difficile ottenere risultati statisticamente significativi! Se stai iniziando una nuova linea di ricerca, considera il comportamento, le prestazioni di allevamento e le caratteristiche genetiche e fenotipiche documentate dei due substreni.