La Taggart Baking Company d’Indianapolis, dans l’Indiana, a commencé à produire du pain Wonder pour une première fois le 21 mai 1921, à la suite d’une promotion à l’aveugle avec des publicités qui ne faisaient que déclarer qu’une « Merveille » arrivait à cette date. La marque a été nommée par le vice-président du développement du merchandising, Elmer Cline, qui s’est inspiré de la course internationale de ballons sur l’Indianapolis Motor Speedway. Cline a été remplie de « merveille » par la scène de centaines de ballons créant un kaléidoscope de couleurs résultant des ballons emblématiques rouges, jaunes et bleus figurant sur le logo de Wonder Bread. Le logo a été conçu par l’artiste commercial Drew Miller alors qu’il faisait partie du personnel d’une agence de publicité de Chicago.
Continental Baking Company acheta Taggart en 1925. Cela a fait de Wonder Bread une marque nationale et a ajouté « It’s Slo Baked » au logo. Dans les années 1930, Continental Baking a commencé à commercialiser du pain Wonder en tranches à l’échelle nationale, l’une des premières entreprises à le faire; ce fut une étape importante pour l’industrie et pour les consommateurs américains, qui, au début, avaient besoin d’être rassurés sur le fait que le pain « à couper le souffle » ne sécherait pas. La W. E. Long Company de Chicago, qui avait formé une coopérative de boulangeries pour commercialiser le pain Holsum, avait été pionnière et promu l’emballage du pain tranché deux ans auparavant, en 1928. Le pain non coupé est revenu pendant une période pendant la Seconde Guerre mondiale en raison d’une pénurie d’acier qui a conduit à une suspension du tranchage à l’échelle de l’industrie en 1943. Les trancheuses à pain sont revenues deux ans plus tard.
Pendant les années 1940, Continental Baking a commencé à ajouter des vitamines et des minéraux au pain Wonder dans le cadre d’un programme d’enrichissement parrainé par le gouvernement le pain blanc, notoirement déficient en vitamines et en minéraux, pour lutter contre certaines maladies. Wonder a également été la première marque nationale de pain à présenter des rencontres ouvertes ainsi que des informations nutritionnelles sur son emballage. Dans les années 1950, Wonder Bread a encore élargi la publicité de ses enrichissements en nutriments. La société a sponsorisé Howdy Doody avec l’hôte Buffalo Bob Smith qui a déclaré au public: « Wonder Bread construit des corps forts de 8 manières. Recherchez les ballons rouges, jaunes et bleus imprimés sur l’emballage. »Dans les années 1960, Wonder Bread était annoncé avec le slogan « Aide à construire des corps solides de 12 façons », en référence au nombre de nutriments ajoutés. En 1986, Continental a introduit le pain Wonder Light à faible teneur en calories.
Interstate Bakeries Corporation, plus tard connue sous le nom de first Hostess Brands company (Old HB), a acheté Continental Baking en 1995. En 2004, Interstate Bakeries a déclaré faillite, mettant en doute l’avenir de Wonder Bread. En février 2009, Interstate Bakeries est sortie de la faillite, marquant un « nouveau départ » pour l’entreprise de boulangerie.
En 2006, Wonder a été l’une des premières marques de pain à introduire des pains blancs à grains entiers tels que « Wonder Made with Whole Grain White » comme un pain qui a séduit les consommateurs qui aimaient le goût du pain blanc, mais qui recherchaient plus de nutrition. Ces pains ont été fabriqués avec une variété de blé albinos qui n’a pas le goût plus prononcé de la farine de blé rouge entier.
Le 28 août 2007, Interstate Bakeries a annoncé qu’elle mettrait bientôt fin à la production de Wonder Bread sur le marché du sud de la Californie, entraînant la perte de 1 300 emplois. Cela était dû au jugement dans une poursuite pour discrimination raciale de 121 millions de dollars et à une baisse des ventes, les Californiens du Sud en particulier étant en faveur des pains à grains entiers et des pains « premium ». En septembre 2009, Wonder Bread et d’autres pains de marques hôtesses, tels que Home Pride, sont revenus dans les supermarchés du sud de la Californie en réponse à une demande importante des consommateurs. Dans le cadre de la réintroduction, l’entreprise a fait don de milliers de pains à la Banque alimentaire de San Diego et à la Banque alimentaire régionale de Los Angeles.
En août 2009, Wonder a reformulé ses variétés de pain sandwich Wonder Classic et Wonder Classic pour inclure plus de calcium et de vitamine D. Deux tranches de pain sandwich Wonder Classic et Wonder Classic ont ensuite fourni 30% de l’apport quotidien recommandé en calcium, soit la même quantité que 8 onces liquides de lait entier. Wonder 100% Blé entier (variété de 16 oz) qualifié pour le programme Femmes, Nourrissons et enfants (WIC) dans la plupart des États. En mars 2010, Wonder a étendu sa gamme de produits à base de pain pour les familles qui préféraient le goût du pain blanc, mais voulaient plus de nutrition, avec l’ajout de Wonder Smartwhite, un nouveau pain au goût et à la texture douce du pain blanc – mais avec la fibre du pain 100% de blé entier.
En 2011, Wonder bread a lancé sa première campagne publicitaire nationale depuis des années intitulée « Always Wonder ».
Le 16 novembre 2012, Hostess Brands (Old HB) a déposé une requête devant le Tribunal des faillites des États-Unis pour le district Sud de New York demandant l’autorisation de fermer son entreprise et de vendre ses actifs en vertu du chapitre 11. Le 16 novembre 2012, Hostess Brands (Old HB) a fermé ses usines aux États-Unis et a entamé une procédure de liquidation, mettant temporairement fin à la production de Wonder Bread aux États-Unis. Flowers Foods, propriétaire du Mrs. Les marques de pain Killer de Freshleys, Tastykake et Dave, ont annoncé avoir signé un accord pour acquérir les marques de pain d’Hôtesse, y compris Wonder Bread le 11 janvier 2013. Le 22 juillet 2013, Flowers Foods a finalisé son acquisition pour 355 millions de dollars de plusieurs pains, boulangeries et autres actifs de la société précédemment connue sous le nom de Hostess Brands (Old HB), y compris Wonder Bread. Flowers Foods a annoncé le 12 septembre 2013 que Wonder Bread reviendrait dans les rayons des magasins américains, la livraison de Wonder Bread aux magasins reprenant le 23 septembre.