Travail et participation ultérieurs à l’Univers cinématographique Marvel
Après avoir travaillé pour Marvel à titre officiel pendant près de 60 ans, Lee a commencé à poursuivre d’autres projets, et en 1999, il a formé Stan Lee Media, une société de divertissement sur Internet construite autour de ses créations. Finalement, son rôle chez Marvel est devenu celui de président émérite. La nouvelle entreprise de Lee a bien réussi son premier projet, une série animée en ligne appelée 7th Portal, qui présentait des extraterrestres qui entraient sur Terre via un ”7th portal » — Internet. Après ce succès initial, cependant, l’entreprise a été en proie à un certain nombre de poursuites et d’accusations de corruption. Elle a fait faillite en février 2001. En 2004, Pow Entertainment a été créé pour les différents nouveaux personnages et franchises de Lee. Lui et ses associés ont vendu l’entreprise en 2017.
Les adaptations cinématographiques basées sur la série que Lee a créée ont connu un grand succès. X-Men (2000) et Spider-Man (2002) ont lancé des franchises à succès qui ont rapporté des milliards de dollars de recettes au box-office dans le monde entier. D’autres créations de Lee à recevoir le traitement hollywoodien étaient Daredevil (2003), Hulk (2003) et Iron Man (2008). Lee a souvent été présenté dans des rôles de camée dans ces films, une tradition qui s’est poursuivie après le rachat de Marvel par Disney en 2009. Un flot de films Marvel a suivi l’acquisition, y compris ceux basés sur des créations de Lee-Kirby telles que Thor (2011), les Avengers (2012) et Ant-Man (2015). Les caméos de Lee sont devenus les « œufs de Pâques” préférés des fans au sein de l’Univers cinématographique Marvel – comme le monde partagé des films est devenu connu — et il est finalement apparu dans des dizaines de films Marvel, d’émissions de télévision et de jeux vidéo. Son bref rôle dans Les Gardiens de la Galaxie Vol. 2 (2017) a précisé que Lee incarnait en fait le même personnage dans chacune de ces apparitions et que son rôle récurrent était celui d’un chroniqueur des événements de l’univers Marvel. En novembre 2002, Lee a intenté une poursuite de 10 millions de dollars contre Marvel après avoir omis de percevoir les bénéfices du premier film de Spider-Man, et en 2005, le tribunal a statué en faveur de Lee.
En plus de son travail dans d’autres médias, Lee a écrit des livres sur la bande dessinée et sur sa propre vie. Ses œuvres publiées incluent Origins of Marvel Comics (1974), Excelsior!: La Vie incroyable de Stan Lee (2002), et Stan Lee et l’Ascension et la chute de la Bande dessinée américaine (2003). En 2008, il a reçu une Médaille nationale des Arts.