Le loup mexicain a été décrit pour la première fois comme une sous-espèce distincte en 1929 par Edward Nelson et Edward Goldman en raison de sa petite taille, de son crâne étroit et de sa peau foncée. Ce loup est reconnu comme une sous-espèce de Canis lupus dans l’autorité taxonomique Mammal Species of the World (2005). En 2019, une revue de la littérature des études antérieures a été entreprise par les Académies nationales des Sciences, de l’Ingénierie et de la Médecine. La position des Académies nationales est que la population historique du loup mexicain représente une lignée évolutive distincte du loup gris, et que les loups mexicains modernes sont leurs descendants directs. C’est une sous-espèce taxonomique valide classée comme Canis lupus baileyi.
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Le loup gris (Canis lupus) a migré d’Eurasie vers l’Amérique du Nord il y a 70 000 à 23 000 ans et a donné naissance à au moins deux groupes morphologiquement et génétiquement distincts. Un groupe est représenté par le loup béringien éteint et l’autre par les populations modernes. Un auteur propose que les ancêtres du loup mexicain ont probablement été les premiers loups gris à traverser le pont terrestre de Béring en Amérique du Nord à la fin du Pléistocène après l’extinction du loup béringien, colonisant la majeure partie du continent jusqu’à ce qu’ils soient poussés vers le sud par les ancêtres nouvellement arrivés de C. l. nubilus.
Un haplotype est un groupe de gènes présents dans un organisme qui sont hérités ensemble de l’un de leurs parents. L’ADN mitochondrial (ADNMD) passe le long de la lignée maternelle et peut remonter à des milliers d’années. Une étude de 2005 a comparé les séquences d’ADN mitochondrial des loups modernes avec celles de trente-quatre spécimens datés entre 1856 et 1915. La population historique possède deux fois la diversité génétique des loups modernes, ce qui suggère que la diversité mDNA des loups éradiqués de l’ouest des États-Unis était plus de deux fois supérieure à celle de la population moderne. Certains haplotypes possédés par le loup mexicain, le loup des Grandes Plaines et le loup des Montagnes Rocheuses du Sud ont été trouvés pour former un « clade du sud » unique. Tous les loups d’Amérique du Nord se regroupent avec ceux d’Eurasie, à l’exception du clade du Sud qui forme un groupe exclusif à l’Amérique du Nord. La vaste aire de répartition du clade du sud indique que le flux génétique était étendu à travers les limites reconnues de sa sous-espèce.
En 2016, une étude des séquences d’ADN mitochondrial des loups modernes et anciens a généré un arbre phylogénétique qui a indiqué que les deux haplotypes nord-américains les plus basaux comprenaient le loup mexicain et le loup de l’île de Vancouver.
En 2018, une étude s’est penchée sur la morphologie des membres des loups nord-américains modernes et fossiles. Les principaux os des membres du loup terrible, du loup béringien et de la plupart des loups gris d’Amérique du Nord modernes peuvent être clairement distingués les uns des autres. Les loups du Pléistocène supérieur des deux côtés de la calotte glaciaire Laurentide—Cordillère possédaient des pattes plus courtes par rapport à la plupart des loups modernes. Les loups du Pléistocène supérieur de la grotte Natural Trap Cave, au Wyoming, et de Rancho La Brea, en Californie du Sud, présentaient une morphologie de membres similaire à celle des loups béringiens de l’Alaska. Les loups modernes du Midwest américain et du nord-ouest de l’Amérique du Nord possèdent des pattes plus longues qui ont évolué pendant l’Holocène, peut-être entraînées par la perte de proies plus lentes. Cependant, des pattes plus courtes ont survécu jusqu’à l’Holocène après l’extinction d’une grande partie de la mégafaune du Pléistocène, y compris le loup béringien. Les loups holocènes de Middle Butte Cave (datés de moins de 7 600 ans) et de Moonshiner Cave (datés de plus de 3 000 ans) dans le comté de Bingham, en Idaho, étaient similaires aux loups béringiens. Le loup mexicain et les échantillons antérieurs à 1900 du loup des Grandes Plaines (Canis lupus nubilus) ressemblaient aux loups gris fossiles du Pléistocène supérieur et de l’Holocène en raison de leurs pattes plus courtes.
Hybridation avec les coyotes et les loups rougesdit
Contrairement aux loups de l’Est et aux loups rouges, les espèces de loups gris se croisent rarement avec les coyotes à l’état sauvage. Les hybridations directes entre coyotes et loups gris n’ont jamais été explicitement observées. Néanmoins, dans une étude qui a analysé la génétique moléculaire des coyotes ainsi que des échantillons de loups rouges historiques et de loups mexicains du Texas, quelques marqueurs génétiques de coyotes ont été trouvés dans les échantillons historiques de certains loups mexicains isolés. De même, des chromosomes Y du loup gris ont également été trouvés chez quelques coyotes texans mâles individuels. Cette étude suggère que, bien que le loup gris mexicain soit généralement moins sujet aux hybridations avec les coyotes que le loup rouge, il peut y avoir eu des échanges génétiques exceptionnels avec les coyotes texans parmi quelques loups gris individuels provenant de vestiges historiques avant que la population ne disparaisse complètement au Texas. Cependant, la même étude a également contrecarré cette théorie avec une autre possibilité que ce soit les loups rouges, qui à leur tour chevauchaient également les deux espèces dans la région du centre du Texas, qui étaient impliqués dans le circuit des flux de gènes entre les coyotes et les loups gris, tout comme la façon dont le loup de l’Est est soupçonné d’avoir comblé les flux de gènes entre les loups gris et les coyotes dans la région des Grands Lacs, car les hybridations directes entre les coyotes et les loups gris sont considérées comme rares.
Dans des tests effectués sur un échantillon d’une carcasse taxidermiée de ce qui était initialement étiqueté comme un chupacabra, l’analyse de l’ADN mitochondrial menée par le professeur Michael Forstner de l’Université d’État du Texas a montré qu’il s’agissait d’un coyote. Cependant, une analyse ultérieure effectuée par une équipe du laboratoire de génétique vétérinaire de l’Université de Californie à Davis a conclu que, sur la base des chromosomes sexuels, l’animal mâle était un hybride coyote–loup engendré par un loup mexicain mâle. Il a été suggéré que l’animal hybride était atteint de gale sarcoptique, ce qui expliquerait son aspect glabre et bleuâtre.
Une étude de 2018 qui a analysé des populations de loups soupçonnées d’avoir eu des interactions passées avec des chiens domestiques n’a trouvé aucune preuve d’un mélange important de chiens dans le loup mexicain. Une autre étude de la même année a été publiée dans la revue PLOS Genetics, qui a analysé la génomique des populations de loups gris et de coyotes de toute l’Amérique du Nord. Cette étude a détecté la présence d’adjuvants coyotes dans diverses populations de loups gris de l’Ouest, toutes auparavant considérées comme exemptes d’introgression coyote, et a révélé que les loups mexicains contiennent 10% d’adjuvants coyotes. L’auteur de l’étude suggère également que le mélange de coyotes a peut-être également joué un rôle dans le placement phylogénétique basal de cette sous-espèce.