L’ADN ancien bouleverse l’arbre généalogique du cheval

Les chevaux de Przewalski ne sont pas aussi sauvages que les chercheurs le pensaient.

Merveilles sauvages d’Europe / Radisics / Image de Minden

Les chevaux ont radicalement changé l’histoire humaine, révolutionnant la façon dont les gens voyageaient, cultivaient et faisaient même la guerre. Pourtant, chaque fois que nous pensons avoir répondu à la question de savoir d’où viennent ces animaux, une autre étude nous ramène à la case départ. Tel est le cas d’une nouvelle étude approfondie de l’ADN du cheval ancien, qui réfute largement la théorie actuelle: les chevaux modernes sont apparus il y a plus de 5000 ans au Kazakhstan. Au lieu de cela, le nouveau travail suggère que les chevaux domestiques modernes proviennent d’un stock encore inconnu. La recherche montre également que les seuls chevaux sauvages restants au monde, appelés chevaux de Przewalski, ne sont pas vraiment sauvages.

« Cet article change radicalement notre façon de penser sur l’origine des chevaux modernes”, explique Molly McCue, vétérinaire et généticienne équine au Collège de médecine vétérinaire de l’Université du Minnesota à St. Paul, qui n’a pas participé aux travaux. « C’est une découverte passionnante et surprenante. »

Jusqu’à présent, de nombreux chercheurs pensaient que la culture Botai, un ancien groupe de chasseurs et d’éleveurs qui dépendait des chevaux pour se nourrir et peut-être se transporter dans ce qui est aujourd’hui le nord du Kazakhstan, avait d’abord attelé des chevaux il y a 5500 ans. Des chercheurs ont découvert de la graisse de viande de cheval et de la graisse de lait dans la poterie de Botai, suggérant que ces personnes mangeaient des chevaux et gardaient des juments en captivité pour la traite. Les marques sur les dents du cheval indiquent que le Botai a attaché les chevaux avec des morceaux et les a montés ou élevés en troupeau, suggérant un certain degré de domestication. Le site abrite également de nombreux ossements de chevaux, et des preuves génétiques modernes ont montré que la région était la source de chevaux domestiques.

Fort de cette histoire, le paléogénéticien Ludovic Orlando du CNRS, de l’Agence nationale de la recherche à Toulouse et de l’Université de Copenhague a décidé d’analyser l’ADN ancien de ces chevaux. ”Je m’attendais à attraper l’évolution en flagrant délit, lorsque la domestication a commencé », se souvient Orlando.

Il a fait équipe avec Alan Outram, zooarchéologue de longue date de Botai de l’Université d’Exeter au Royaume-Uni, et ensemble, ils ont découvert un ancien corral sur le site, un autre signe de domestication. Ils ont collecté et séquencé plus tard l’ADN de 20 restes de chevaux Botai; ils ont fait de même pour un nombre similaire de chevaux vivant dans diverses régions au cours des 5000 dernières années. Ils ont ensuite comparé ces séquences à des dizaines de séquences déjà existantes, y compris les chevaux de Przewalski, et ont construit un arbre généalogique montrant quelles races étaient les plus étroitement liées. L’arbre « a vraiment été un choc”, dit Orlando.

Le séquençage intensif de l’ADN du cheval sur ce site au Kazakhstan suggère que ce n’est pas là que les chevaux domestiques d’aujourd’hui sont originaires.

Alan Outram

Pour un, les chevaux de Przewalski se trouvaient dans la même partie de l’arbre que les chevaux de Botai. De leur relation, il était clair que ces chevaux « sauvages » étaient des chevaux Botai échappés, rapporte l’équipe aujourd’hui dans Science. ”Nous avons maintenant constaté qu’il ne reste plus de chevaux vraiment sauvages » nulle part dans le monde, explique Outram.

Une autre surprise a été que tous les autres chevaux étaient sur une branche séparée de l’arbre, suggérant qu’ils n’étaient pas des descendants de Botai comme beaucoup l’ont longtemps pensé. « Nous revenons maintenant à la question intrigante — qui étaient les ancêtres de nos chevaux modernes et qui étaient les peuples responsables de leur élevage précoce? » explique Emmeline Hill, une scientifique équine de l’University College Dublin qui n’a pas participé à l’étude. Ce nouveau travail, qui laisse entendre que d’autres chevaux pourraient être représentés dans ces génomes anciens, montre « que la domestication aurait pu être un processus avec de nombreuses phases, expériences, échecs et succès”, explique Ernest Bailey, généticien au Gluck Equine Research Center de l’Université du Kentucky à Lexington.

Orlando et ses collègues présentent deux scénarios possibles pour expliquer leur arbre généalogique. Dans l’un d’eux, alors que les cavaliers de Botai s’étendaient à d’autres parties de l’Europe et de l’Asie, ils élevaient leurs troupeaux avec tant d’espèces sauvages que presque aucun de l’ADN de Botai original ne restait. En conséquence, ces chevaux ne semblent pas liés au Botai, même s’ils le sont réellement.

Dans le deuxième scénario, les chevaux Botai n’ont pas survécu et ont été remplacés par des chevaux domestiqués ailleurs, créant au moins deux centres de domestication du cheval (comme il peut y en avoir eu pour les chiens, les chats et d’autres animaux). Outram soupçonne qu’en plus des chevaux Botaï à l’est des montagnes de l’Oural, il y a peut-être eu des chevaux domestiqués à l’ouest qui ont gagné grâce aux migrations, explique-t-il.

Un obstacle majeur reste à savoir quel scénario est le bon: une pénurie d’échantillons d’ADN d’il y a entre 4000 et 5000 ans. Orlando et ses collègues en collectent donc davantage. Mais un autre type d’ADN pourrait les aider dans leur travail: l’ADN humain ancien qui détaille les schémas de migration et de population de cette époque. En effet, ils ont déjà des preuves d’études non publiées. Mais Outram garde le silence sur ce travail.  » Ma bouche est zippée pour l’instant.”

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