Installation des paquets R

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Une partie de la raison pour laquelle R est devenu si populaire est la vaste gamme de paquets disponibles dans les dépôts cran et bioconductor. Au cours des dernières années, le nombre de colis a augmenté de façon exponentielle!

Ceci est un court article donnant des étapes sur la façon d’installer réellement les paquets R. Supposons que vous souhaitiez installer le paquet ggplot2. Eh bien, rien ne pourrait être plus facile. Nous déclenchons simplement un shell R et tapons :

>install.packages(« ggplot2 »)

En théorie, le paquet devrait simplement s’installer, cependant :

si vous utilisez Linux et que vous n’avez pas d’accès root, cette commande ne fonctionnera pas.
il vous sera demandé de sélectionner votre miroir local, c’est-à-dire quel serveur devez-vous utiliser pour télécharger le package.

Installation de paquets sans accès root

Tout d’abord, vous devez désigner un répertoire dans lequel vous stockerez les paquets téléchargés. Sur ma machine, j’utilise le répertoire /data/Rpackages/Après avoir créé un répertoire de paquets, pour installer un paquet, nous utilisons la commande:

> install.les paquets (« ggplot2 » , lib="/data/Rpackages/")

>bibliothèque (ggplot2, lib.loc= »/data/Rpackages/ »)

C’est un peu pénible de devoir taper /data/Rpackages/ tout le temps. Pour éviter ce fardeau, nous créons un fichier .Renviron dans notre zone d’origine, et y ajoutons la ligne R_LIBS=/data/Rpackages/. Cela signifie que chaque fois que vous démarrez R, le répertoire /data/Rpackages/ est ajouté à la liste des endroits où rechercher les paquets R et ainsi :

> install.packages("ggplot2")

> div>bibliothèque (ggplot2)

fonctionne juste!

Définition du référentiel

Chaque fois que vous installez un paquet R, on vous demande quel référentiel R doit utiliser. Pour définir le référentiel et éviter d’avoir à le spécifier à chaque installation de package, il suffit de :