Au début de l’histoire, Pentangeli approche Michael pour lui demander son aide pour éliminer les frères Rosato, rivaux à New York, qui prétendaient s’être vu promettre des territoires par Clemenza avant sa mort. Michael refuse, cependant, et ordonne à Pentangeli de ne rien faire, car il ne veut pas qu’une guerre interfère avec un accord à venir avec Hyman Roth (Lee Strasberg), qui soutient les Rosatos. Pentangeli prend cela comme une insulte et part en colère. Plus tard dans la nuit, Michael échappe de peu à une tentative d’assassinat à son domicile.
Michael conclut seul que Roth était derrière la tentative d’assassinat. Après avoir visité la Floride pour sceller l’accord avec Roth, Michael rend une visite inopinée à Pentangeli sur Long Island et lui demande de l’aider à se venger. Dans le cadre de son plan, il insiste pour que Pentangeli capitule devant les frères Rosato afin que Roth ne soupçonne pas que Michael est sur lui. Pentangeli préfère la guerre ouverte contre Roth et les Rosatos, mais obéit à contrecœur à l’ordre de Michael.
Pentangeli organise une rencontre avec les frères Rosato. Arrivé au lieu de rendez-vous, Pentangeli laisse son garde du corps dehors et entre seul dans le bar. Une fois à l’intérieur, Tony Rosato (Danny Aiello) tend une embuscade à Pentangeli avec une garotte, lui disant: « Michael Corleone dit bonjour. »Un policier entre à l’intérieur et l’attaque dégénère en fusillade dans la rue. Pentangeli disparaît et on pense qu’il est mort.
Plus tard, lors d’une audience du Sénat enquêtant sur le crime organisé et les allégations d’activités criminelles de Michael, Michael apprend que le comité a l’intention d’appeler Pentangeli comme témoin surprise pour contredire le déni catégorique de Michael qu’il est un chef du crime. Pentangeli et Cicci sont sous la garde protectrice du FBI depuis la tentative de meurtre. Croyant que Michael a ordonné son assassinat, Pentangeli fournit une déclaration sous serment aux enquêteurs selon laquelle Michael est le chef de la famille mafieuse la plus puissante du pays, contrôle pratiquement toutes les activités de jeu en Amérique du Nord et a ordonné d’innombrables meurtres.
Plus accablant, Pentangeli raconte aux enquêteurs que Michael a personnellement tué le capitaine McCluskey et Virgil Sollozzo (interprétés par Sterling Hayden et Al Lettieri dans Le Parrain), et a également commencé à planifier un massacre de masse des autres chefs de la Mafia de New York dès 1950. La Cicci l’a également révélé au FBI. Cependant, il est incapable d’impliquer directement Michael dans des activités criminelles; en raison de « tampons » dans l’organisation Corleone, il n’a jamais reçu d’ordres directement de Michael. En revanche, puisque Pentangeli était un capo, il n’y a pas d’isolation entre Michael et lui-même. Le sous-comité du Sénat et le FBI considèrent donc Pentangeli comme très crédible, et sont certains qu’il peut corroborer le témoignage de Cicci et accuser Michael de parjure.
Pendant que le Comité est en pause, Michael et d’autres cherchent un moyen d’éviter les accusations de parjure. Fredo, qui avait conspiré sans le savoir avec les ennemis de Michael, informe Michael que l’audience a été conçue par Roth dans le cadre de son plan pour l’éliminer de la scène; de plus, l’avocat du comité est à la solde de Roth.
Michael sait que la garde de Pentangeli est trop sûre pour tenter de sauver sa vie avant de témoigner. Au lieu de cela, Michael vole le frère de Pentangeli, Vincenzo, depuis la Sicile, et Vincenzo accompagne Michael à l’audience à laquelle Frank doit témoigner. Vincenzo et Frank échangent un regard silencieux avant l’audience. Effrayé, Frank revient sur ses déclarations antérieures, disant qu’il « a dit aux gars du FBI ce qu’ils voulaient entendre », et affirme maintenant que la famille Corleone est innocente de tout acte répréhensible, se parjurant ainsi devant le comité du Sénat. Ce témoignage prend le comité complètement au dépourvu et fait dérailler la cause du gouvernement contre Michael.
Après l’audience, le consigliere de la famille Corleone Tom Hagen (Robert Duvall) rend visite à Pentangeli en détention. Hagen raconte à Pentangeli, un passionné d’histoire, une histoire sur la façon dont les traîtres de la Rome antique pourraient épargner leurs familles s’ils se suicidaient; l’implication étant que Michael prendra soin de la famille de Pentangeli s’il se tue. Pentangeli remercie Hagen, retourne dans ses quartiers assignés et se fend les poignets en prenant un bain.
Le film fini ne permet pas de savoir exactement ce qui a motivé Pentangeli à changer son histoire à propos de la présence de son frère. Le film final indique seulement que Vincenzo est un chef mafieux puissant et impitoyable en Sicile.
Une première ébauche du scénario du film explique que Vincenzo, choqué que son frère soit sur le point de trahir les Corleones, assiste à l’audience pour rappeler à Frank qu’il ne doit pas briser le code du silence de la Mafia, l’omertà. Cela est également précisé dans une scène coupée du jeu vidéo The Godfather II pour la Xbox 360. La présence de son frère, ainsi que le regard qu’ils échangent, menacent que si Frank donne suite à son témoignage prévu, des représailles seront prises contre ses enfants, qui vivent en Sicile sous la tutelle de Vincenzo.