La famille Barrett — mère Lacy, père Daniel, fils aîné Jesse et fils cadet Sammy – réside dans une rue tranquille de banlieue d’une ville américaine sans nom. Daniel est actuellement au chômage, ce qui charge Lacy, qui travaille comme agent immobilier, de soutenir la famille. Leurs deux fils entretiennent une relation heureuse et communiquent entre eux depuis leur lit via un talkie-walkie.
Un certain nombre d’événements étranges arrivent à la famille. Pendant la nuit, le contenu de la cuisine est réarrangé dans des configurations bizarres. L’alarme de la maison est déclenchée lorsqu’elle détecte que tous les points d’entrée ont été violés simultanément. Sammy souffre d’une crise alors qu’il est à la piscine et Lacy est choquée lorsque des centaines d’oiseaux s’écrasent soudainement dans la maison. Une nuit, Lacy est réveillée par un bruit provenant de la chambre de Sammy. Quand elle va le voir, à travers l’obscurité, elle voit une figure se tenir au-dessus de son lit. Elle allume la lumière pour trouver une pièce vide. Sammy est retrouvé en train de s’éloigner de la maison mais ne se souvient pas de l’avoir quittée. Lacy, Daniel et Jesse souffrent chacun d’épisodes catatoniques et reprennent conscience sans aucun souvenir de leurs expériences. Des symboles étranges se trouvent sur les corps de Jesse et Sammy.
Fortement perturbé par les divers phénomènes qui affligent la famille et la maison, Lacy commence à chercher des réponses en ligne et trouve des articles attribuant une partie de ce qu’ils ont vécu à des OVNIS et des rapports d’enlèvement extraterrestre. Daniel installe des caméras de sécurité dans toute la maison. Daniel et Lacy vivent tous les deux des épisodes de blackout séparément. On découvre que Sammy a des marques sur son corps lors d’une fête à la piscine. Jesse vit un épisode dans les bois avec Ratner et est admis à l’hôpital où les médecins découvrent des formes géométriques sur son corps. Les médecins signalent les marques aux Services de protection de l’enfance. Dans un autre épisode de fin de soirée, Daniel passe en revue les images de la nuit et l’analyse image par image révèle trois personnages sombres debout sur leur lit pendant qu’ils dormaient. Croyant maintenant qu’il y a une force extraterrestre à l’œuvre, Lacy et Daniel demandent l’aide d’un spécialiste, Edwin Pollard, qui appelle les êtres « les Gris. »Pollard les informe que beaucoup d’autres ont subi le même sort que les Barrett, la plupart des cas se terminant par un enlèvement d’enfants. Edwin avertit les Barrett que la personne à qui les Gris s’intéressent pour la première fois est généralement celle qui est enlevée et qu’ils devraient être très protecteurs envers Sammy, qu’il croit avoir été « choisi. »
Daniel achète un fusil de chasse tandis que Lacy achète un chien de garde agressif. La famille passe le 4 juillet à monter aux fenêtres de la maison, puis à dîner et à se remémorer des moments plus heureux. Soudain, les lumières de la maison commencent à clignoter et le chien se met à aboyer férocement. Lacy envoie les garçons à l’étage et monte la garde devant la porte. Lacy entend la télévision dans sa chambre s’allumer. Elle marche vers elle, ignorant qu’un être se tient directement derrière elle, et se retrouve piégée dans sa chambre. Daniel fait entrer Jesse et Sammy dans sa chambre et celle de Lacy où ils se barricadent et se blottissent ensemble sur le lit. La télévision recommence à clignoter et les êtres – maintenant révélés être des Gris – se matérialisent dans la pièce. Jesse noircit et subit une hallucination dans laquelle son père se suicide aux côtés du corps ensanglanté de sa mère. Voyant son frère, Jesse poursuit Sammy avant de se réveiller dans le couloir à l’étage de sa maison. Les Gris apparaissent devant lui et il disparaît avec eux dans un éclair de lumière, le reste de la famille impuissant à aider.
Trois mois plus tard, Lacy et Daniel sont suspects dans l’affaire de disparition de Jesse et ont emménagé dans un appartement. Pollard découpe un article de journal sur la disparition de Jesse et l’accroche à son mur avec d’autres photos d’enfants disparus. Alors que Lacy traverse de vieilles choses, elle trouve des images que Jesse a dessinées enfant qui montrent les Gris qui l’entourent. Elle se rend compte tardivement que c’est Jesse, et non Sammy, pour qui les Gris se sont d’abord montrés intéressés, et que c’est lui qui avait été choisi. Les commentaires émanent alors d’un talkie-walkie à proximité alors que Lacy et Sammy entendent tous deux la voix faible de Jesse appelant le nom de Sammy dans la terreur et la douleur.