Le premier sceau du Nouveau-Mexique a été conçu peu de temps après l’organisation du Gouvernement territorial en 1851. Le sceau original a disparu depuis longtemps, peut-être dans le cadre des artefacts placés dans la pierre angulaire du Monument des soldats sur la place de Santa Fe. Les empreintes du sceau original montraient un aigle américain serrant une branche d’olivier dans un talon et trois flèches dans l’autre. Le long du bord extérieur se trouvait l’inscription « Grand Sceau du territoire du Nouveau-Mexique. »
Au début des années 1860, un fonctionnaire inconnu adopta un nouveau sceau utilisant un dessin similaire au Grand Sceau d’aujourd’hui. Il présentait le Pygargue à tête blanche américain, ses ailes déployées protégeant un aigle mexicain plus petit, symbolisant le changement de souveraineté du Mexique aux États-Unis en 1846. Le petit Aigle brun mexicain, ou Aigle harpie, a saisi un serpent dans son bec et un cactus dans ses serres, dépeignant un ancien mythe aztèque. Le bord extérieur du sceau contenait les mots « Territoire du Nouveau-Mexique », avec la date 1850 le long du fond en chiffres romains (MDCCCL).
On ne sait pas quand la phrase latine « Crescit Eundo » a été ajoutée au sceau, mais en 1882, le secrétaire territorial W.G. Ritch a embelli le dessin antérieur avec la phrase, qui se traduit par « ça grandit au fur et à mesure. »C’est aussi devenu la devise de l’État. Cette version du sceau a été officiellement adoptée comme « sceau officiel et armoiries » du Nouveau-Mexique par la législature territoriale en 1887.
Lorsque le Nouveau-Mexique est devenu un État en 1912, la législature a nommé une commission dans le but de concevoir un sceau d’État. Entre-temps, la législature a autorisé l’utilisation provisoire du Sceau territorial avec les mots « Grand Sceau de l’État du Nouveau-Mexique” substitués. En juin 1913, la commission, composée du gouverneur William C. McDonald, du procureur général Frank W. Clancy, du juge en chef Clarence J. Roberts et du secrétaire d’État Antonio Lucero, dépose son rapport en adoptant la conception générale du Sceau territorial, en substituant uniquement la date 1912 aux chiffres romains. Ce sceau est toujours utilisé aujourd’hui comme sceau officiel du Nouveau-Mexique.