Trabajo posterior y participación en el Universo Cinematográfico de Marvel
Después de trabajar para Marvel en una capacidad oficial durante casi 60 años, Lee comenzó a perseguir otros proyectos, y en 1999 formó Stan Lee Media, una compañía de entretenimiento por Internet construida alrededor de sus creaciones. Finalmente, su papel en Marvel se convirtió en el de presidente emérito. La nueva firma de Lee lo hizo bien con su primer proyecto, una serie animada en línea llamada 7th Portal, que presentaba alienígenas que ingresaban a la Tierra a través de un»7th portal»: Internet. Después de este éxito inicial, sin embargo, la compañía se vio acosada por una serie de demandas y cargos de corrupción. Se declaró en quiebra en febrero de 2001. En 2004 se estableció Pow Entertainment para varios nuevos personajes y franquicias de Lee. Él y sus socios vendieron la compañía en 2017.
Copyright © 2005 Twentieth Century Fox Film Corporation y Marvel Entertainment
Las adaptaciones cinematográficas basadas en la serie que Lee cocreó tuvieron un gran éxito. X-Men (2000) y Spider-Man (2002) lanzaron franquicias exitosas que ganaron miles de millones de dólares en ingresos de taquilla en todo el mundo. Otras creaciones de Lee que recibieron el tratamiento de Hollywood fueron Daredevil (2003), Hulk (2003) y Iron Man (2008). Lee apareció a menudo en cameos en esas películas, una tradición que continuó después de que Disney comprara Marvel en 2009. Una avalancha de películas de Marvel siguió a la adquisición, incluidas las basadas en creaciones de Lee-Kirby como Thor (2011), los Vengadores (2012) y Ant-Man (2015). Los cameos de Lee se convirtieron en los «Huevos de Pascua» favoritos de los fanáticos dentro del Universo Cinematográfico de Marvel, ya que el mundo compartido de las películas llegó a ser conocido, y finalmente apareció en docenas de películas de Marvel, programas de televisión y videojuegos. Su breve papel en Guardianes de la Galaxia Vol. 2 (2017) aclaró que Lee estaba, de hecho, retratando al mismo personaje en cada una de estas apariciones y que su papel recurrente ha sido el de un cronista de los eventos del Universo Marvel. En noviembre de 2002, Lee presentó una demanda de 10 millones de dólares contra Marvel después de no recibir ningún beneficio de la primera película de Spider-Man, y en 2005 el tribunal falló a favor de Lee.
Además de su trabajo en otros medios, Lee escribió libros sobre cómics y sobre su propia vida. Sus trabajos publicados incluyen Orígenes de Marvel Comics (1974), Excelsior!: The Amazing Life of Stan Lee (2002), y Stan Lee and the Rise and Fall of the American Comic Book (2003). En 2008 fue galardonado con la Medalla Nacional de las Artes.