En 1519, la vida de Malitzen cambió para siempre con la llegada del conquistador español Hernán Cortés. Cuando llegó a la ciudad de Pontonchan, los líderes de la ciudad le dieron veinte mujeres esclavizadas como ofrenda de paz. Malitzen fue una de las mujeres entregadas a Cortés. Las mujeres fueron bautizadas por sacerdotes católicos que viajaron con Cortés, y a cada una se le dio el nombre europeo de Marina. Cortés entregó Malitzen a uno de los nobles que servían bajo su mando.
Cortés había llegado a la zona con la intención de conquistar el Imperio Azteca. No pasó mucho tiempo antes de que se diera cuenta de que Malitzen hablaba con fluidez los dos idiomas principales de la Península de Yucatán, y la retomó como su esclava personal. Necesitaba sus habilidades lingüísticas para hablar con los diversos líderes nativos que encontraría durante su conquista. Al principio, Malitzen fue emparejada con un sacerdote español que podía hablar Yucateco, pero rápidamente aprendió español para poder servir como la única intérprete de Cortés.
Durante la conquista de Cortés del Imperio Azteca, Malitzen sirvió a su mano derecha. En reconocimiento a su posición dentro de las fuerzas de Cortés, sus seguidores comenzaron a dirigirse a ella con el título de Doña, un significado honorífico de «dama» que no se usaba generalmente para las mujeres esclavizadas. Fue en este momento que la comunidad azteca comenzó a llamarla Malitzen, una combinación de su nombre de nacimiento con un honorífico náhuatl. Fue tan importante en las negociaciones entre los dos grupos que «Malitzen» se convirtió en la palabra utilizada para referirse a Cortés también. Montezuma, el gobernante de los aztecas, le dirigió toda su correspondencia oficial con los españoles. Aparece en todas las ilustraciones de Cortés reuniéndose con líderes nativos y nobles, y a veces incluso se muestra negociando con líderes por su cuenta. Con la ayuda y guía de Malitzen, Cortés pudo hacer alianzas con tribus que estaban cansadas del gobierno azteca. Descubrió complots para traicionar a los españoles, dando tiempo a Cortés para detenerlos antes de que sus enemigos hicieran algún daño grave. Participó en todos los principales acontecimientos de la conquista española de México, a través de la caída de Tenochtitlán en 1521. Su trabajo era tan vital que el propio Cortés comentó una vez a un camarada que, junto a Dios, Malitzen era el factor más importante de su éxito.
Y, sin embargo, el ascenso de Malitzen tuvo un alto costo para los nativos de México. Con su ayuda, Cortés fue capaz de matar al líder azteca y poner fin al gobierno del Imperio Azteca, marcando el comienzo de una nueva era de dominación española. Algunos la ven como una mujer que, por sí sola, provocó la perdición de su pueblo para promover sus propios intereses. En la cultura mexicana moderna, su apodo, La Malinche, se ha convertido en sinónimo de engaño y traición. Pero esta interpretación de las acciones de Malitzen ignora un hecho clave: a lo largo de la conquista, sin importar cuánto poder parecía tener, Malitzen era una esclava. Tenía que servir a los intereses de su amo, o arriesgarse a morir a manos de él. También pudo haber tenido muy poco afecto por la sociedad que le había permitido ser esclavizada y explotada despiadadamente cuando aún era una niña. Es imposible saber con certeza cuáles eran las motivaciones de Malitzen, porque no dejó ningún registro escrito. Pero al considerar su historia, es importante tener en cuenta todas las circunstancias de su vida.
Después de que la conquista del Imperio Azteca se completara, Malitzen continuó viviendo con Cortés como su esclavo e intérprete. Le dio a luz un hijo, Martin, en 1522. Es imposible saber si esto era algo que quería o si se le impuso.