Los primeros Intentos de Asentamiento Crean Conflicto
El Sur de Florida fue colonizado hace más de cuatro mil años por personas primitivas que habían establecido una cultura próspera cuando los exploradores españoles dirigidos por Ponce de León llegaron en 1513. La principal tribu nativa de la región que ahora es el Condado de Miami-Dade eran los Calusa (renombrados Tequesta por de León), cuyos miembros construyeron aldeas a lo largo del río Miami. El nombre Miami proviene de la palabra Calusa «Mayami», que significa «Agua grande».»Tequesta—o Chequescha-su pueblo en la orilla norte del río, se convirtió en el sitio de la futura ciudad de Miami.
Los conquistadores españoles, atraídos por el clima templado, las abundantes fuentes de alimentos y el suministro de agua dulce, y por las historias de oro y otras riquezas, hicieron repetidos intentos de colonizar la región de Miami a principios del siglo XVI, pero se encontraron con la hostilidad de los Calusas. Sin embargo, a principios de 1700, menos de doscientos años después de la llegada de los españoles, la mayoría de la población nativa del sur de Florida había desaparecido. Las enfermedades europeas como la viruela habían reducido severamente su número, al igual que las guerras intertribales. Los pocos Calusas que quedaron fueron amenazados por los indios Creek y Seminoles invasores, y en 1711 muchos huyeron a La Habana, Cuba.
España, que nunca tuvo éxito en el asentamiento de la región de Miami, apoyó a Francia contra los británicos durante la Guerra Francesa e India, y como resultado perdió Florida ante los victoriosos británicos en 1763. En 1783, después de la Revolución Americana, Florida volvió brevemente a la posesión española, pero en 1821 España cedió Florida a los Estados Unidos por 5 millones de dólares. Durante las siguientes dos décadas, los colonos que se mudaron al área de Biscayne Bay se encontraron con conflictos con los semínolas que vivían allí. En 1836, como parte de un esfuerzo para sofocar a los enojados semínolas, el Ejército de los Estados Unidos tomó el Fuerte Dallas, originalmente un puesto naval en la desembocadura del río Miami. En 1842, después de numerosas escaramuzas, los semínolas restantes fueron conducidos al pantano de los Everglades, una región tan inadecuada para la vivienda humana que el gobierno no desafió su ocupación de la misma. Siete años más tarde se construyó una estructura permanente en Fort Dallas desde la que el ejército podía vigilar a los Semínolas.
Mientras que otros puestos de avanzada en Florida florecieron después del conflicto Seminole final, Miami y el Condado de Dade sufrieron. La agricultura se había vuelto imposible y los colonos se desplazaron a otros lugares. En 1860 el nombre de Miami ya no aparecía en los registros públicos. La Guerra Civil apenas afectó a las pocas personas que vivían en el aislado asentamiento del río Miami; de hecho, aquellos en prósperos pueblos del norte de Florida asumieron que la región sur estaba deshabitada. Aunque los rezagados, desertores y esclavos liberados pasaron por Miami después de la guerra, pocos se establecieron allí.