La compañía se originó con The Daily Bee, publicado por primera vez en Sacramento, California, el 3 de febrero de 1857, por el escritor nativo americano Rollin Ridge. James McClatchy se unió a Ridge como socio y asumió el cargo de editor. Conocido como partidario de los intereses del pueblo contra las corporaciones y los políticos corruptos, McClatchy hizo de la Abeja un bastión del reformismo progresista. Tras la muerte de McClatchy en 1883, el liderazgo del periódico pasó al hijo de James, Charles Kenny McClatchy, quien con su hermano Valentine Stuart, compró los intereses de la familia Ridge. Los dos modernizaron el periódico con la formación de McClatchy Newspapers a través de la fundación de la Abeja de Fresno en 1922 y la adquisición de la Abeja de Modesto en 1924. El legado de C. K. McClatchy a la región ha sido conmemorado en la Escuela Secundaria C. K. McClatchy en Sacramento, que abrió sus puertas en 1937, aproximadamente un año después de su muerte.
Durante la mayor parte de su historia, la compañía se centró en el negocio de los periódicos en el Valle de Sacramento y el Valle de San Joaquín de California. En 1978, la cuarta generación de Charles K. McClatchy se hizo cargo de la compañía y guió a la compañía de medios hacia la moderna compañía de propiedad pública The McClatchy a través de nuevas adquisiciones de periódicos fuera del estado, Anchorage Daily News en Anchorage, Alaska, y the Tri-City Herald en Kennewick, Washington.
McClatchy también adquirió la filial de ABC KOVR de Metromedia en 1965. Modesto Bee, de la compañía, informó de la venta de la estación. Fue vendida a The Outlet Company en 1978 y hoy en día existe como una estación de propiedad y operación de CBS.En 1990, McClatchy adquirió tres diarios en Carolina del Sur: The Herald en Rock Hill, The Island Packet en Hilton Head, y el Beaufort Gazette de Beaufort. En 1995, adquirió el News & Observer de Raleigh, Carolina del Norte, y en 1998, compró la Star Tribune de Minneapolis.
En enero de 2004, McClatchy compró el Merced Sun-Star de Merced, y cinco diarios afiliados en el Valle de San Joaquín de California.
La mayor adquisición de la compañía ocurrió el 27 de junio de 2006, cuando McClatchy compró Knight Ridder. Debido a que McClatchy era mucho más pequeño que Knight Ridder en ese momento, un observador equiparó el acuerdo como «un delfín tragándose una pequeña ballena».»El precio de compra de Mc 40 y 0.5118 acciones de McClatchy Clase A por acción se valoró en total en aproximadamente 4 4 mil millones en efectivo y acciones. La compañía también asumió una deuda de 2 2 mil millones. Esta compra agregó 20 periódicos a la compañía estable y la venta inmediata (durante las próximas cinco semanas) de 12 publicaciones, incluyendo the St.Paul Pioneer Press, San Jose Mercury News y The Philadelphia Inquirer. Esas ventas se completaron el 2 de agosto de 2006. Esta adquisición sería citada como la principal causa de los problemas posteriores de McClatchy: McClatchy pagó en exceso por Knight Ridder comprando en la «cima del mercado», y la inmensa deuda asumida para alimentar la compra sería una piedra de molino alrededor del cuello de la compañía combinada. Además, McClatchy no se mantuvo en la división digital de Knight Ridder ni en el personal corporativo, a pesar de la creciente prominencia de Internet y de que Knight Ridder tenía un esfuerzo muy respetado en el espacio en ese momento.
The Minneapolis-St. Paul Star Tribune, adquirido en 1998 y vendido en 2007 a la firma de capital privado Avista Capital Partners por 555 millones de dólares, tuvo la mayor circulación de todos los periódicos de McClatchy.
La compañía también posee una cartera de activos digitales, incluido el 15,0% de CareerBuilder, LLC, que opera CareerBuilder.com; 25,6% de Classified Ventures, LLC, una compañía que ofrece sitios web clasificados, como el sitio web de automóviles Cars.com; y el 33,3% de HomeFinder, LLC, que opera el sitio web de bienes raíces en línea HomeFinder.com. McClatchy también posee el 49,5% de las acciones con derecho a voto y el 70%.6% de las acciones sin voto de The Seattle Times Company.
En enero de 2017, el ex Yahoo! y el ejecutivo de EarthLink, Craig Forman, fue nombrado su nuevo presidente y director ejecutivo (CEO). Forman, un inversor privado y miembro de la junta directiva de McClatchy, sucedió a Patrick Talamantes, quien fue CEO los cuatro años anteriores.
Los descendientes de C. K. McClatchy todavía poseen una participación mayoritaria en la Compañía McClatchy y están representados por la 6ª generación Kevin McClatchy como presidente del Consejo de Administración.
En febrero de 2019, Forman envió un correo electrónico a todo el personal para decir que a aproximadamente el 10 por ciento de los empleados de la cadena de periódicos se les ofrecerían compras voluntarias.
El 13 de febrero de 2020, McClatchy solicitó la protección de bancarrota del Capítulo 11. La compañía citó las obligaciones de pensión y la deuda excesiva como las principales razones para la presentación.
The McClatchy Company y 54 compañías afiliadas presentaron la bancarrota del Capítulo 11 en el Tribunal de Distrito de los Estados Unidos para el Distrito Sur de Nueva York.