Imperio Oscuro
Seis años después de los acontecimientos de El Regreso del Jedi, el Halcón Milenario lidera una fuerza de tarea Rebelde a Coruscant. Han Solo, Leia Organa, Chewbacca y C-3PO se dirigen al planeta para rescatar a Luke Skywalker, R2-D2 y Lando Calrissian, que han pasado los últimos días resistiéndose a los ataques imperiales después de que una incursión anterior con el Destructor Estelar Liberador capturado saliera mal y el buque de guerra se estrellara. Los Rebeldes rescatan con éxito a los sobrevivientes, pero aparece una tormenta de energía masiva. Luke ve la tormenta como una gran perturbación en la Fuerza, y pide a todos que lo dejen atrás; se deja devorar por la tormenta.
El grupo de trabajo regresa a la flota Rebelde en el sistema Da Soocha. Los comandantes rebeldes discuten la aparición de los Imperiales que salen del Núcleo Profundo y descubren que el mundo natal del Almirante Ackbar, Mon Calamari, está ahora bajo el ataque de una flota de máquinas de guerra imperiales. Llamadas Devastadoras del mundo, las máquinas están diseñadas para convertir todo a su paso en materia prima para construir más máquinas de guerra en el lugar. Lando lidera otro grupo de trabajo con un segundo Destructor Estelar capturado liderando la carga para ayudar en la defensa de Mon Calamari.
Mientras tanto, Luke se despierta de la luz de la tormenta de Fuerza y descubre que está a bordo de una vieja nave prisión imperial que se dirige a Byss. El barco atraca y Luke es escoltado de cerca a una cámara, donde se sorprende al ver vivo al emperador Palpatine. El Emperador explica que se ha revivido en un cuerpo clon y hace que Luke dude de cualquier intento de matarlo sabiendo que se manifestará rápidamente en otro clon. Sintiendo la inutilidad y viendo el horror de lo que está sucediendo en Mon Calamari, Luke se rinde humildemente para convertirse en el nuevo aprendiz del Emperador.
Leia tiene visiones de Luke siendo corrompido en el Lado Oscuro y quiere viajar a Byss y salvarlo. Ella y Han viajan a Nar Shaddaa e intentan organizar una nave para llevarlos más allá de la red de seguridad de Byss. Han se reúne con sus amigos contrabandistas Shug Ninx, Salla Zend y Mako Spince para hacerlo realidad. En el camino, una anciana llamada Vima-da-Boda, una ex Jedi que sobrevivió a la purga del Imperio, siente la energía de la Fuerza de Leia y le da un artefacto Jedi viejo. Sin embargo, los Hutts han puesto una gran recompensa por Han y Leia, con Spince vendiéndolo a Boba Fett (que se reveló que sobrevivió a ser devorado por el Sarlacc durante los eventos de El Regreso del Jedi); los dos escapan de Nar Shaddaa a bordo de la nave de Salla, el Intruso Starlight, con el Halcón adjunto. El Intruso tiene los códigos adecuados para entrar en Byss, y la seguridad Imperial los deja entrar (pero bloquea a un Fett perseguidor). Han, Leia, Chewie y los droides son llevados ante Luke y Palpatine.
Leia descubre que tiene como rehén un tesoro aún mayor: un artefacto misterioso e inteligente llamado el Holocrón Jedi, un cubo holográfico que contiene información histórica sobre los Jedi. Cuando Leia descubre que Palpatine está interesada en poseer a su tercer hijo, roba el Holocrón y el grupo escapa con éxito de Byss mientras tiene que dejar atrás a Luke de nuevo. Luke se enfrenta al ya frágil Palpatine y destruye sus tanques clon, pero Palpatine posee un clon vivo y lo somete a su voluntad.
El grupo de Han viaja a Mon Calamari mientras las fuerzas de comandos rebeldes sitian a los Devastadores del Mundo, que han sido apagados por un código maestro especial, Luke fue capaz de robar y dar a R2 y C3PO para su transmisión a las máquinas. Los Imperiales a bordo de las máquinas todavía tienen las fábricas funcionando y atacan a los rebeldes. R2 monta los Devastadores del Mundo para destruirse unos a otros.
Mientras los Rebeldes celebran en Mon Calamari, el comando de la Alianza determina que los Devastadores del Mundo son parte de una ofensiva imperial más grande para conquistar la galaxia. Leia estudia el Holocrón y ve una vieja profecía sobre una mujer embarazada que viene a salvar a los Jedi de la perdición. Al mismo tiempo, una pequeña flota imperial, liderada por el enorme buque insignia Eclipse, aparece sobre Da Soocha. El Emperador exige que la Alianza entregue a Leia a él y a Luke. Leia viaja sola y le pide a Luke que se separe del Emperador. Palpatine crea una gran tormenta de Fuerza para destruir la flota rebelde, pero Leia y Luke trabajan juntos para amplificar la tormenta más allá del poder del Emperador y volverla en su contra. Los hermanos escapan de la nave de guerra condenada, y cuando Luke ve que los últimos restos del Eclipse se vaporizan, declara que los Caballeros Jedi se levantarán de nuevo.
Imperio Oscuro IIEdit
Con el emperador Palpatine aparentemente pereciendo a bordo del Eclipse, más mundos desafían los edictos imperiales, especialmente los que han sido reconquistados recientemente. Uno de ellos es el planeta Balmorra, cuyo gobernador planetario, Beltane, ha comenzado a suministrar a los Rebeldes los últimos vehículos militares, como el Viper X1 Automadon, un droide de guerra diseñado para convertir energía del fuego láser enemigo en energía para sus propios cañones turboláser. El Ejecutor del Lado Oscuro del Emperador, Sedriss, lidera una fuerza para someter el planeta, pero las tropas de Beltane mantienen la línea y Sedriss se ve obligado a negociar un acuerdo de suministro con él. Sedriss regresa a Byss, donde mata a dos Adeptos del Lado Oscuro que han estado matando a otros clones del emperador Palpatine que Luke perdió. Palpatine posee un clon para sorpresa de Sedriss y ordena que la ofensiva imperial continúe.
Después de haberse comprometido a restablecer la Orden Jedi al encontrar a cualquier Jedi superviviente en la galaxia, Luke Skywalker regresa a Pinnacle Base en la luna Da Soocha V (orbitando Da Soocha en el Sistema Cyax del Espacio Hutt del Borde Exterior) con Kam Solusar, un antiguo Jedi Oscuro. Beltane propina a la Alianza Rebelde un envío de nuevas Víboras con destino a la fortaleza de Byss, el Núcleo Profundo del Imperio, y los comandantes de la Alianza aceptan la sugerencia de Wedge Antilles de interceptar el envío para un ataque quirúrgico con los droides, con comandos Rebeldes en el ataque. Aunque Luke presiona para liberar más mundos para proporcionar más áreas de preparación para un ataque total en Byss, Mon Mothma le pide que se concentre en reconstruir la Orden Jedi. El Holocrón Jedi educa a Luke sobre el planeta Ossus, un antiguo mundo poblado por Jedi destruido por los Sith miles de años antes.
Han, Leia y Chewie vuelan de regreso a Nar Shaddaa para encontrar a Vima-da-Boda, al menos donde Leia la vio por última vez. Sin embargo, Vima ha desaparecido y todos los cazarrecompensas en la luna siguen buscándolos, incluida Boba Fett, así como una fuerza imperial liderada por dos Élites del Lado Oscuro. Leia consigue con éxito a Vima después de volar a las profundidades de Nar Shaddaa. A bordo de la torre de control de tráfico de Nar Shaddaa, Mako Spince ve a Han y guía el rayo tractor de un Destructor Estelar Imperial sobre él. Han gira las mesas volando cerca de la torre, forzando al rayo tractor a bloquearse en la estructura y tirarlo a plena potencia. La torre empala al Destructor Estelar y se estrella contra Nar Shaddaa. Fett, de vuelta en su antiguo barco Esclavo I, persigue al Halcón Milenario en una nube de gas ácida cercana. Han se arriesga y vuela hacia la nube, apareciendo sorprendentemente del otro lado y tropezando con el mundo perdido de Ganath. Los ingenieros de Ganathan reparan el Halcón y lo equipan con un cañón de rayos mientras el equipo se encuentra con el gobernante de Ganath, Empatojayos Brand, un veterano Jedi que sobrevivió a la Purga Jedi del Imperio. Inspirada por la posibilidad de un renacimiento Jedi, Brand se une a la fiesta de Han mientras deja a Ganath en manos de un oficial militar. Han saca a Fett y se dirige a un escondite secreto en New Alderaan, donde los hijos gemelos de Han y Leia están bajo cuidado.
Luke y Kam vuelan a Ossus y chances sobre los Ysanna, una tribu guerrera que tiene poderes de Fuerza rudimentarios. Luchan contra los ataques de Ysanna y sintiendo que son de hecho Jedi, el jefe de Ysanna les da la bienvenida. Después de haber sabido sobre el viaje, Palpatine ordena a Sedriss y a su compañero de Élite del Lado Oscuro, Vill Goir, que los capturen. Solusar mata a Goir, pero Sedriss toma a uno de los Ysanna como rehén y se apoya en un árbol. Para sorpresa de todos, el árbol es un Maestro Neti Jedi milenario llamado Ood Bnar, que envuelve a Sedriss en un abrazo fatal y mueren en una explosión de Energía de Fuerza. El heroico sacrificio de Bnar deja una parte de él en el suelo y un agujero debajo de su ubicación revela un viejo alijo de sables de luz; Luke descubre con éxito una vieja biblioteca Jedi. Dos miembros de la tribu Ysanna, los hermanos Ralf y Jem, se unen a Luke y Kam para dejar el planeta con la bendición de sus mayores.
Lando lidera la infiltración Rebelde en Byss y comienza el ataque cuando los droides Víbora se descargan. Los droides demuestran ser superiores a las defensas imperiales existentes hasta que Palpatine libera un ejército de monstruos mutados del Lado Oscuro sobre los atacantes. Las Víboras, que están en sintonía con los ataques de energía, son cortadas en pedazos bajo el ataque de los monstruos. Salla Zend y Shug Ninx movilizan a otros contrabandistas cercanos para rescatar al grupo de ataque Rebelde y escapar de Byss.
En New Alderaan, Leia se prepara para el nacimiento de su tercer hijo mientras Han y Chewie intentan reunirse con el grupo de Lando. El grupo de Luke llega con noticias sombrías: había llegado a Da Soocha para ver aparecer un gran misil y destruir el planeta, con el comando de la Alianza Rebelde presuntamente muerto. Usa el tiempo para entrenar a los hermanos Ysanna mientras Kam y Empatojayos también practican sus habilidades Jedi. Desconocidos para ellos, las Élites del Lado Oscuro de Palpatine han torturado a un piloto Rebelde para que revele la ubicación de Nuevo Alderaan. Palpatine ve esto como una oportunidad para capturar a los hermanos Skywalker y a la descendencia de Leia de un solo golpe. Los Darksiders intentan envenenar a Luke, pero Vima lo salva mientras todo el asentamiento entra en acción para luchar contra los Imperiales, que han desplegado AT-ATs como respaldo. En el transcurso de la lucha, Jem es asesinado y Rayf salva a los gemelos de Leia de ser secuestrados. El Halcón Milenario y las fuerzas de Lando llegan y derrotan el asalto Imperial, luego evacuan a los Nuevos sobrevivientes de Alderaan.
Los Rebeldes se trasladan a las estaciones espaciales de Nespis VIII, donde descubren que la Alianza había evacuado la Base Pinnacle antes de que fuera destruida. En Nespis VIII, Anakin Solo nace y la Alianza planea la destrucción final del Imperio.
El fin del imperio
Después de perecer en batalla con Luke y Leia Skywalker en Imperio Oscuro I, el emperador Palpatine se ve obligado a ocupar un cuerpo clon inferior, ya que era el último cuerpo clon que quedaba. Desconocido para él, su médico personal había sido corrompido por Carnor Jax, respaldado por otro personal imperial de alto rango. El médico había insertado deliberadamente material genético y contaminantes en todas las muestras almacenadas del cuerpo original del Emperador, al efecto de que los cuerpos resultantes no serían tan resistentes a los devastadores efectos del Lado Oscuro como el original.
El último cuerpo clon no destruido por Skywalker o Imperiales traidores está envejeciendo rápidamente, y el final de Palpatine está cerca, a menos que pueda arreglar su material genético (una imposibilidad ya que no quedan muestras inalteradas) o insertar su espíritu en otro cuerpo. Después de consultar con antiguos señores Sith en el planeta mausoleo Korriban, Palpatine se entera de que el hijo menor de Han y Leia, llamado Anakin por su abuelo fallecido, tiene el único cuerpo viable.
Palpatine sigue los Solos a Onderon con el fin de obtener un nuevo cuerpo, para asegurar el futuro de su gobierno. Un duelo feroz ocurre entre Luke Skywalker y su equipo Jedi y Palpatine; finalmente, Han Solo dispara erróneamente al Emperador, lo que le permite salir de su forma física y obtener lo que quería: el cuerpo de Anakin. Trata desesperadamente de enviar su espíritu al bebé Anakin Solo, pero es bloqueado por el alma del Jedi moribundo, Empatojayos Brand, que hace el máximo sacrificio al enviar voluntariamente su alma eterna a la «locura más allá de la muerte» que es el Lado Oscuro, para asegurarse de que Palpatine también se vaya y nunca pueda regresar. Luke entonces jura revivir la Orden Jedi. Después de la muerte de Palpatine, un proyectil del Galaxy Gun es disparado a Byss (ya que la tripulación estaba asustada por la posible colisión, y también falló), destruyendo completamente a Byss, y destruyendo el segundo Destructor Estelar de clase Eclipse, Eclipse II, que fue dirigido a un curso de colisión con el Galaxy Gun por R2-D2, poniendo fin al duro gobierno del Imperio.