Cerca del comienzo de la historia, Pentangeli se acerca a Michael para pedirle ayuda para eliminar a los hermanos Rosato, rivales en Nueva York, que afirmaron haber sido prometidos territorios por Clemenza antes de su muerte. Michael se niega, sin embargo, y ordena a Pentangeli que no haga nada, ya que no quiere que una guerra interfiera con un próximo acuerdo con Hyman Roth (Lee Strasberg), que apoya a los Rosatos. Pentangeli toma esto como un insulto y se va con ira. Más tarde esa noche, Michael escapa por poco de un intento de asesinato en su casa.
Michael concluye por su cuenta que Roth estaba detrás del intento de asesinato. Después de visitar Florida para sellar el acuerdo con Roth, Michael hace una visita sin previo aviso a Pentangeli en Long Island y le pide que le ayude a vengarse. Como parte de su plan, insiste en que Pentangeli capitule ante los hermanos Rosato para que Roth no sospeche que Michael está tras él. Pentangeli prefiere la guerra abierta contra Roth y los Rosatos, pero a regañadientes obedece las órdenes de Michael.
Pentangeli organiza una reunión con los hermanos Rosato. Al llegar al lugar de reunión, Pentangeli deja a su guardaespaldas afuera y entra solo en el bar. Una vez dentro, Tony Rosato (Danny Aiello) embosca a Pentangeli con una garotte, diciéndole: «Michael Corleone le dice hola.»Un policía entra, y el ataque degenera en un tiroteo en la calle. Pentangeli desaparece y se cree que está muerto.
Más tarde, en una audiencia del Senado que investiga el crimen organizado y las acusaciones de las actividades criminales de Michael, Michael se entera de que el comité tiene la intención de llamar a Pentangeli como testigo sorpresa para contradecir la negación inflexible de Michael de que es un jefe del crimen. Tanto Pentangeli como Cicci han estado bajo la custodia protectora del FBI desde el atentado contra su vida. Creyendo que Michael lo ordenó asesinar, Pentangeli proporciona una declaración jurada a los investigadores de que Michael es el jefe de la familia mafiosa más poderosa de la nación, controla prácticamente toda la actividad de juego en América del Norte y ha ordenado innumerables asesinatos.
Más condenadamente, Pentangeli le dice a los investigadores que Michael mató personalmente al Capitán McCluskey y Virgil Sollozzo (interpretados por Sterling Hayden y Al Lettieri en El Padrino), y también comenzó a planear una masacre masiva de otros jefes de la mafia de Nueva York ya en 1950. Cicci también ha revelado esto al FBI. Sin embargo, no puede implicar directamente a Michael en ninguna actividad criminal; debido a los «buffers» en la organización Corleone, nunca recibió órdenes directamente de Michael. En contraste, como Pentangeli era un capo, no hay aislamiento entre Michael y él mismo. El subcomité del Senado y el FBI consideran a Pentangeli muy creíble, y están seguros de que puede corroborar el testimonio de Cicci y acusar a Michael de perjurio.
Mientras el Comité está en receso, Michael y otros buscan una manera de evitar los cargos de perjurio. Fredo, que sin saberlo había conspirado con los enemigos de Michael, le informa a Michael que la audiencia fue diseñada por Roth como parte de su plan para eliminarlo de la escena; además, el abogado del comité está en la nómina de Roth.Michael sabe que la custodia protectora de Pentangeli es demasiado segura para atentar contra su vida antes de testificar. En su lugar, Michael lleva al hermano de Pentangeli, Vincenzo, desde Sicilia, y Vincenzo acompaña a Michael a la audiencia en la que Frank está programado para testificar. Vincenzo y Frank intercambian una mirada silenciosa antes de la audiencia. Asustado, Frank se retracta de sus declaraciones anteriores, diciendo que «le dijo a los chicos del FBI lo que querían escuchar», y ahora afirma que la familia Corleone es inocente de cualquier delito, por lo que cometió perjurio ante el comité del Senado. Este testimonio atrapa al comité completamente desprevenido y descarrila efectivamente el caso del gobierno contra Michael.
Después de la audiencia, Tom Hagen (Robert Duvall), consejero de la familia Corleone, visita a Pentangeli en custodia. Hagen cuenta a Pentangeli, un aficionado a la historia, una historia sobre cómo los traidores en la antigua Roma podían salvar a sus familias si se suicidaban; la implicación es que Michael cuidará de la familia de Pentangeli si se suicida. Pentangeli agradece a Hagen, regresa a su habitación asignada y se corta las muñecas mientras toma un baño.
La película terminada no deja claro exactamente qué pasó con la presencia de su hermano que motivó a Pentangeli a cambiar su historia. La película final solo afirma que Vincenzo es un poderoso y despiadado jefe de la mafia en Sicilia.
Un primer borrador del guion de la película explica que Vincenzo, sorprendido de que su hermano esté a punto de traicionar a los Corleones, asiste a la audiencia para recordarle a Frank que no debe romper el código de silencio de la Mafia, omertà. Esto también se explica en una escena de corte en el videojuego The Godfather II para Xbox 360. La presencia de su hermano, así como la mirada que intercambian, sirve como una amenaza de que si Frank sigue adelante con su testimonio planeado, se castigará a sus hijos, que viven en Sicilia bajo la tutela de Vincenzo.