Die Taggart Baking Company in Indianapolis, Indiana, begann am 21. Mai 1921 mit der Herstellung von Wonder Bread für ein Debüt, nachdem eine blinde Werbung mit Anzeigen, in denen nur ein „Wunder“ angegeben war, kam zu diesem Zeitpunkt. Benannt wurde die Marke nach Vice President for Merchandising Development Elmer Cline, der sich vom Internationalen Ballonrennen auf dem Indianapolis Motor Speedway inspirieren ließ. Cline wurde von Hunderten von Luftballons mit „Wunder“ gefüllt, die ein Kaleidoskop von Farben erzeugten, was zu den ikonischen roten, gelben und blauen Luftballons auf dem Wonder Bread-Logo führte. Das Logo wurde vom Werbegrafiker Drew Miller entworfen, als er bei einer Chicagoer Werbeagentur angestellt war.
Continental Baking Company kaufte Taggart im Jahr 1925. Dies machte Wonder Bread zu einer nationalen Marke und fügte dem Logo „It’s Slo Baked“ hinzu. In den 1930er Jahren begann Continental Baking als eines der ersten Unternehmen, Wonder Bread in geschnittener Form landesweit zu vermarkten; dies war ein bedeutender Meilenstein für die Branche und für die amerikanischen Verbraucher, die zunächst die Gewissheit brauchten, dass „Wonder-Cut“ -Brot nicht austrocknen würde. Die W. E. Long Company aus Chicago, die eine Kooperative von Bäckereien gegründet hatte, um Holsum-Brot zu vermarkten, hatte zwei Jahre zuvor, 1928, Pionierarbeit geleistet und die Verpackung von geschnittenem Brot gefördert. Ungeschnittenes Brot kehrte für einen Zeitraum während des Zweiten Weltkriegs aufgrund eines Stahlmangels zurück, der 1943 zu einer branchenweiten Aussetzung des Schneidens führte. Brotschneidemaschinen kehrten zwei Jahre später zurück.
Während der 1940er Jahre begann Continental Baking, Wonder Bread im Rahmen eines von der Regierung geförderten Programms zur Anreicherung von Weißbrot, das notorisch einen Mangel an Vitamin und Mineralgehalt, um bestimmte Krankheiten zu bekämpfen. Wonder war auch die erste nationale Brotmarke, die offen war Dating sowie Nährwertangaben auf der Verpackung. In den 1950er Jahren erweiterte Wonder Bread die Werbung für seine Nährstoffanreicherungen weiter. Das Unternehmen sponserte Howdy Doody mit Gastgeber Buffalo Bob Smith, der dem Publikum sagte: „Wonder Bread baut starke Körper auf 8 Arten. Achten Sie auf die roten, gelben und blauen Luftballons, die auf der Verpackung aufgedruckt sind. In den 1960er Jahren wurde Wonder Bread mit dem Slogan „Helps build strong bodies 12 ways“ beworben, der sich auf die Anzahl der zugesetzten Nährstoffe bezog. 1986 führte Continental das kalorienärmere Wonder Light Bread ein.Interstate Bakeries Corporation, später bekannt als First Hostess Brands Company (Old HB), kaufte Continental Baking im Jahr 1995. Im Jahr 2004 erklärten zwischenstaatliche Bäckereien Konkurs und stellten die Zukunft von Wonder Bread in Frage. Im Februar 2009 ging Interstate Bakeries aus der Insolvenz hervor und markierte einen „Neuanfang“ für das Backunternehmen.Im Jahr 2006 war Wonder eine der ersten Brotmarken, die Vollkorn-Weißbrote wie „Wonder Made with Whole Grain White“ als Brot einführte, das Verbraucher ansprach, die den Geschmack von Weißbrot liebten, aber nach mehr Nahrung suchten Diese Brote wurden mit einer Albino-Weizensorte hergestellt, die nicht den ausgeprägteren Geschmack von rotem Vollkornmehl hat.
Am 28. August 2007 kündigten Interstate Bakeries an, die Produktion von Wonder Bread auf dem südkalifornischen Markt bald einzustellen, was zu einem Verlust von 1.300 Arbeitsplätzen führte. Dies war auf das Urteil in einer Rassendiskriminierungsklage in Höhe von 121 Millionen US-Dollar und einen Umsatzrückgang zurückzuführen, da insbesondere Südkalifornier Vollkornbrote und „Premium“ -Brote ablehnten. Ab September 2009, Wonder Bread und andere Hostess Marken Brot, wie Home Pride, kehrte nach Südkalifornien Supermärkte als Reaktion auf erhebliche Nachfrage der Verbraucher. Im Zusammenhang mit der Wiedereinführung spendete das Unternehmen Tausende von Broten an die San Diego Food Bank und die Los Angeles Regional Food Bank.Im August 2009 formulierte Wonder seine Sandwichbrote Wonder Classic und Wonder Classic neu, um mehr Kalzium und Vitamin D zu enthalten. Zwei Scheiben Wonder Classic und Wonder Classic Sandwichbrot lieferten dann 30% der täglich empfohlenen Kalziumzufuhr, die gleiche Menge wie 8 Flüssigunzen Vollmilch. Wonder 100% Vollkorn (16 oz Sorte) qualifiziert für die Frauen, Säuglinge und Kinder (WIC) Programm in den meisten Staaten. Im März 2010 erweiterte Wonder seine Brotlinie für Familien, die den Geschmack von Weißbrot bevorzugten, aber mehr Nahrung wollten, mit dem Zusatz von Wonder Smartwhite, einem neuen Brot mit dem Geschmack und der weichen Textur von Weißbrot – aber mit der Faser von 100% Vollkornbrot.Im Jahr 2011 startete Wonder Bread seine erste nationale Werbekampagne seit Jahren mit dem Titel „Always Wonder“.Am 16. November 2012 reichte Hostess Brands (Old HB) beim United States Bankruptcy Court für den südlichen Bezirk von New York einen Antrag ein, um die Erlaubnis zu erhalten, sein Geschäft zu schließen und seine Vermögenswerte gemäß Kapitel 11 zu verkaufen. Am 16. November 2012 schloss Hostess Brands (Old HB) seine Werke in den USA und begann ein Liquidationsverfahren, wodurch die Produktion von Wonder Bread in den USA vorübergehend eingestellt wurde. Flowers Foods, Inhaber der Mrs. Freshleys, Tastykake und Dave’s Killer Bread Brands gaben bekannt, dass sie am 11.Januar 2013 eine Vereinbarung zur Übernahme der Brotmarken von Hostess, einschließlich Wonder Bread, unterzeichnet haben. Am 22. Juli 2013 schloss Flowers Foods die Akquisition mehrerer Brote, Bäckereien und anderer Vermögenswerte im Wert von 355 Millionen US-Dollar von dem Unternehmen ab, das zuvor als Hostess Brands (Old HB) bekannt war, darunter Wonder Bread. Flowers Foods gab am 12. September 2013 bekannt, dass Wonder Bread in die US-Ladenregale zurückkehren wird, wobei die Lieferung von Wonder Bread an die Geschäfte am 23. September wieder aufgenommen wird.