Eine Version des Songs war auf dem Soundtrack-Album für den Film The Bodyguard enthalten, der allein in den USA 17 Millionen Mal verkauft wurde. Diese Version wurde vom Jazzsänger Curtis Stigers (der sie auch als B-Seite zur Single „Sleeping with the Lights On“ aus seinem gleichnamigen Debütalbum verwendete, das im Vorjahr veröffentlicht worden war) aufgeführt und von Danny Kortchmar produziert. Laut Will Birchs Buch über Pub Rock, No Sleep Till Canvey Island, machten die Cover-Lizenzgebühren von Stigers ‚Version des Songs Lowe reich. Lowe behauptet jedoch, dass er den größten Teil des Geldes verwendet habe, um eine nachfolgende Tour mit voller Band zu unterstützen. Stigers coverte später einen zweiten Lowe-Song, „You Inspire Me“, auf dem gleichnamigen Album von 2003.John Lennon zitiert das Lied 1980 in seinem Rolling Stone Interview mit Jonathan Cott.
Eine Karaoke-Version des Songs, gesungen von Bill Murray, ist im Film Lost in Translation von 2003 enthalten. Es war jedoch nicht im Soundtrack des Films enthalten.Im Jahr 2004 wurde „(What’s So Funny ‚bout) Peace, Love and Understanding“ regelmäßig als All-Star-Jam auf der Vote for Change Tour mit wechselnden Headlinern aufgeführt. Das Konzert am 11.Oktober im MCI Center in Washington, D.C. wurde live auf dem Sundance Channel und im Radio übertragen. Diese Version des Songs zeigte Bruce Springsteen und die E Street Band, die Dixie Chicks, Eddie Vedder, Dave Matthews und John Fogerty mit Michael Stipe, Bonnie Raitt, Keb’Mo‘ und Jackson Browne.
Im Jahr 2008 wurde es auch als Gruppennummer verwendet, am Ende des Comedy Central Special A Colbert Weihnachten: Das größte Geschenk von allen!, gesungen von Stephen Colbert, Elvis Costello, Willie Nelson, Toby Keith, John Legend und Feist. Diese Leistung wurde in das Album aufgenommen, das 2010 den Grammy Award für das beste Comedy-Album gewann.Als Reaktion auf die Schießerei in der Synagoge von Pittsburgh am 27. Oktober 2018 veröffentlichte die in Pittsburgh, Pennsylvania, ansässige Band The Clarks ein Cover des Songs, wobei der gesamte Erlös an die Synagoge ging.
Im Mai 2020, während der Corona-Pandemie, veröffentlichten Sharon Van Etten und Josh Homme von Queens of the Stone Age ein Cover des Songs, begleitet von einem offiziellen Video, das in den jeweiligen Häusern der Künstler gedreht wurde. „Wir wollten etwas Persönliches und Universelles teilen. Dass wir alle in dieser Zeit zusammen sind“, schrieb Van Etten über das Cover. Van Etten in seen tritt in ihrem Garten auf, während ihr Kind im Hintergrund spielt. Homme spielte das Lied auf einer Treppe und später in einem der Schlafzimmer seines Hauses. Die Kinder des Musikers erscheinen auch in mehreren Szenen. Die Grafik des Videos wurde von Matthew Daniel Siskin „via iMessage + telephone“ erstellt, wobei die Co-Regie von „all the kids“ übernommen wurde.