Spätere Arbeit und Teilnahme am Marvel Cinematic Universe
Nachdem er fast 60 Jahre lang offiziell für Marvel gearbeitet hatte, begann Lee, andere Projekte zu verfolgen, und 1999 gründete er Stan Lee Media, ein Internet-Unterhaltungsunternehmen, das auf seinen Kreationen aufbaute. Schließlich wurde seine Rolle bei Marvel die des emeritierten Vorsitzenden. Lees neue Firma hat sich mit ihrem ersten Projekt, einer animierten Online-Serie namens 7th Portal, gut geschlagen, in der Aliens zu sehen waren, die über ein „7th Portal“ — das Internet – in die Erde eintreten. Nach diesem anfänglichen Erfolg wurde das Unternehmen jedoch von einer Reihe von Klagen und Korruptionsvorwürfen heimgesucht. Sie meldete im Februar 2001 Insolvenz an. Im Jahr 2004 wurde Pow Entertainment für Lees verschiedene neue Charaktere und Franchises gegründet. Er und seine Partner haben das Unternehmen 2017 verkauft.
Verfilmungen, die auf der von Lee mitgestalteten Serie basieren, waren sehr erfolgreich. X-Men (2000) und Spider-Man (2002) starteten Blockbuster-Franchises, die weltweit Milliarden von Dollar an Kasseneinnahmen einbrachten. Andere Lee-Kreationen, die die Hollywood-Behandlung erhielten, waren Daredevil (2003), Hulk (2003) und Iron Man (2008). Lee war oft in Cameo-Rollen in diesen Filmen zu sehen, eine Tradition, die fortgesetzt wurde, nachdem Disney Marvel im Jahr 2009 gekauft hatte. Eine Flut von Marvel-Filmen folgte der Übernahme, darunter solche, die auf Lee-Kirby-Kreationen wie Thor (2011), The Avengers (2012) und Ant-Man (2015) basieren. Lees Kameen wurden zu den beliebtesten „Ostereiern“ der Fans im Marvel Cinematic Universe – wie die gemeinsame Welt der Filme bekannt wurde — und er trat schließlich in Dutzenden von Marvel—Filmen, Fernsehshows und Videospielen auf. Seine kurze Rolle in Guardians of the Galaxy Vol. 2 (2017) stellte klar, dass Lee tatsächlich bei jedem dieser Auftritte denselben Charakter porträtierte und dass seine wiederkehrende Rolle die eines Chronisten der Ereignisse des Marvel-Universums war. Im November 2002 reichte Lee eine 10-Millionen-Dollar-Klage gegen Marvel ein, nachdem er keine Gewinne aus dem ersten Spider-Man-Film erhalten hatte, und 2005 entschied das Gericht zugunsten von Lee.Neben seiner Arbeit in anderen Medien schrieb Lee Bücher über Comics und über sein eigenes Leben. Zu seinen veröffentlichten Werken gehören Origins of Marvel Comics (1974), Excelsior!: Das erstaunliche Leben von Stan Lee (2002) und Stan Lee und der Aufstieg und Fall des amerikanischen Comics (2003). 2008 erhielt er die National Medal of Arts.