Das Unternehmen entstand mit der Daily Bee, die erstmals am 3. Februar 1857 in Sacramento, Kalifornien, vom indianischen Schriftsteller Rollin Ridge veröffentlicht wurde. James McClatchy kam als Partner zu Ridge und übernahm die Redaktion. McClatchy, der als Unterstützer der Interessen des Volkes gegen Unternehmen und korrupte Politiker bekannt war, machte die Biene zu einer Bastion des progressiven Reformismus. Nach Mcclatchys Tod im Jahr 1883 ging die Führung der Zeitung an James ‚Sohn Charles Kenny McClatchy über, der mit seinem Bruder Valentine Stuart die Interessen der Familie Ridge aufkaufte. Die beiden modernisierten die Zeitung mit der Gründung von McClatchy Newspapers durch die Gründung der Fresno Bee im Jahr 1922 und den Erwerb der Modesto Bee im Jahr 1924. C.K. Mcclatchys Vermächtnis in der Region wurde in der C.K. McClatchy High School in Sacramento, die 1937, etwa ein Jahr nach seinem Tod, eröffnet wurde.
Während des größten Teils seiner Geschichte konzentrierte sich das Unternehmen auf das Zeitungsgeschäft im kalifornischen Sacramento Valley und San Joaquin Valley. 1978 wurde die 4. Generation Charles K. McClatchy übernahm das Unternehmen und führte das Medienunternehmen durch weitere Akquisitionen von außerstaatlichen Zeitungen in Richtung der modernen öffentlichen McClatchy Company, Anchorage Daily News in Anchorage, Alaska, und der Tri-City Herald in Kennewick, Washington.McClatchy erwarb 1965 auch die damalige ABC-Tochtergesellschaft KOVR von Metromedia. Die firmeneigene Modesto Bee meldete den Verkauf der Station. Es wurde 1978 an die Outlet Company verkauft und existiert heute als CBS-eigene Station.1990 erwarb McClatchy drei Tageszeitungen in South Carolina: Der Herold in Rock Hill, das Inselpaket in Hilton Head, und die Beaufort Gazette von Beaufort. 1995 erwarb es die Nachrichten & Beobachter von Raleigh, North Carolina, und 1998 kaufte es die Star Tribune von Minneapolis.Im Januar 2004 kaufte McClatchy den Merced Sun-Star of Merced und fünf angeschlossene Nicht-Tageszeitungen im kalifornischen San Joaquin Valley.Die größte Akquisition des Unternehmens erfolgte am 27.Juni 2006, als McClatchy Knight Ridder kaufte. Weil McClatchy zu dieser Zeit so viel kleiner war als Knight Ridder, Ein Beobachter setzte den Deal mit „einem Delphin gleich, der einen kleinen Wal schluckt.“ Der Kaufpreis von 40 US-Dollar und 0,5118 Aktien der McClatchy Class A-Aktie pro Aktie wurde insgesamt mit rund 4 Milliarden US-Dollar in bar und Aktien bewertet. Das Unternehmen übernahm auch Schulden in Höhe von 2 Milliarden US-Dollar. Dieser Kauf fügte dem Unternehmen 20 Zeitungen hinzu und der sofortige Verkauf (in den nächsten fünf Wochen) von 12 Publikationen, darunter The St. Paul Pioneer Press, San Jose Mercury News und The Philadelphia Inquirer. Diese Verkäufe wurden am 2. August 2006 abgeschlossen. Diese Akquisition würde als Hauptursache für Mcclatchys spätere Probleme angeführt – McClatchy bezahlte Knight Ridder zu viel, indem er an der „Spitze des Marktes“ kaufte, und die immensen Schulden, die für den Kauf aufgewendet wurden, wären ein Mühlstein um den Hals des kombinierten Unternehmens. Darüber hinaus hielt McClatchy keinen der digitalen Abteilungen oder Unternehmensmitarbeiter von Knight Ridder, trotz der wachsenden Bedeutung des Internets und Knight Ridders, der zu dieser Zeit eine angesehene Anstrengung in diesem Bereich unternahm.
Die Minneapolis-St. Paul Star Tribune, 1998 erworben und 2007 für 555 Millionen US-Dollar an die Private-Equity-Firma Avista Capital Partners verkauft, hatte die höchste Auflage aller McClatchy-Zeitungen.
Das Unternehmen besitzt auch ein Portfolio digitaler Assets, darunter 15.0% von CareerBuilder, LLC, das CareerBuilder.com ; 25,6% von Classified Ventures, LLC, einem Unternehmen, das klassifizierte Websites wie die Auto-Website anbietet Cars.com ; und 33,3% von HomeFinder, LLC, die die Online-Immobilien-Website betreibt HomeFinder.com . McClatchy besitzt auch 49,5% der stimmberechtigten Aktien und 70.6% der stimmrechtslosen Aktien der Seattle Times Company.
Im Januar 2017, ehemalige Yahoo! und EarthLink Executive Craig Forman wurde zum neuen President und Chief Executive Officer (CEO) ernannt. Forman, ein Privatinvestor und McClatchy-Vorstandsmitglied, trat die Nachfolge von Patrick Talamantes an, der in den vergangenen vier Jahren CEO war.
Die Nachkommen von C.K. McClatchy besitzen nach wie vor eine Mehrheitsbeteiligung an der McClatchy Company und werden von der 6. Generation Kevin McClatchy als Verwaltungsratspräsident vertreten.
Im Februar 2019 schrieb Forman allen Mitarbeitern per E-Mail, dass etwa 10 Prozent der Mitarbeiter der Zeitungskette freiwillige Buyouts angeboten würden.
Am 13.Februar 2020 beantragte McClatchy Insolvenzschutz nach Kapitel 11. Das Unternehmen nannte Pensionsverpflichtungen und übermäßige Schulden als Hauptgründe für die Einreichung.
Die McClatchy Company und 54 verbundene Unternehmen haben beim US-Bezirksgericht für den südlichen Bezirk von New York Konkurs nach Kapitel 11 eingereicht.