Die Geschichte von Guadalajara begann mit der Eroberung Mexikos von Spanien. 1532 wurde Mesa del Cerro (heute Nochistlan, Zacatecas) als erste Siedlung von Guadalajara gegründet. Der Ort wurde von Cristobal de Onate besiedelt und von Nuno de Guzman in Auftrag gegeben, um die jüngsten spanischen Eroberungen zu sichern und sich gegen die indigenen Stämme zu verteidigen. Die Siedlung löste sich 1533 wegen Wassermangels auf und wurde an einen Ort in der Nähe des heutigen Tonala verlegt. Vier Jahre später befahl Guzman, das Dorf erneut zu verlegen, diesmal nach Tlacotan. Am 14.Februar 1542 wurde schließlich die Stadt Guadalajara an ihrem heutigen Standort gegründet.
Guadalajaras Name kommt vom arabischen Wort „wad-al hidjara“ und bedeutet „Fluss, der zwischen Felsen fließt.“Im Laufe des 17. und 18.Jahrhunderts vergrößerte Guadalajara seinen Reichtum und Einfluss, indem es Waren von der Pazifikküste importierte und sie an den Rest Mexikos verteilte. Die Region erreichte auch größere Stabilität, indem sie friedliche Siedlungen mit den indigenen Stämmen verhandelte.
1791 wurde die Universität von Guadalajara in der Stadt gegründet, die damals die Hauptstadt des Bundesstaates Nueva Galicia war. Die Einweihung fand 1792 statt. Guadalajara wurde die Hauptstadt des neuen Staates Jalisco am 27. Mai 1824 nach Mexikos Unabhängigkeitskrieg von Spanien.
Guadalajara florierte im 19.Jahrhundert. Kleine Industrien begannen sich zu entwickeln, viele von Einwanderern aus Europa. Eisenbahnlinien wurden verlegt, um Guadalajara mit der Pazifikküste und nördlich mit den Vereinigten Staaten zu verbinden, wodurch landwirtschaftliche Produkte aus der Region auf die Märkte gebracht werden konnten. Ranching wurde zu dieser Zeit ein sehr wichtiger Teil der Wirtschaft der Region.Ab den 1930er Jahren erlebte Guadalajara ein starkes Wachstum und überschritt in den 1960er Jahren 1 Million Einwohner. In den 1970er Jahren war die Stadt nach Mexiko-Stadt an zweiter Stelle der Bevölkerung.
Guadalajara erlebte in den 1950er Jahren einen großen Wandel, ersetzte veraltete Gebäude durch moderne Architektur, schuf breitere Straßen für Fußgänger und fügte Tiefgaragen und neue Einkaufszentren hinzu. Die weisen Stadtväter behielten die schönen alten Gebäude, die Sie heute sehen können, die die Geschichte und den Charakter von Guadalajara darstellen.Eine große Katastrophe traf die Stadt 1992, als Guadalajara eine große Benzinexplosion in der Kanalisation erlebte, die 206 Menschen tötete, fast 500 verletzte und 15.000 obdachlos machte. Der Schaden wurde auf fast 1 Milliarde US-Dollar geschätzt.Heute ist Guadalajara eine pulsierende Metropolregion mit 4,4 Millionen Einwohnern und einer florierenden Wirtschaft, die auf elektrischen und elektronischen Produkten und Bierproduktion basiert. Die Stadt heißt Mexikos Silicon Valley und ist die Heimat vieler High-Tech-Unternehmen wie IBM, Kodak, General Electric, Dell, Hewlett Packard, Siemens, Flextronics, Gateway, Hitachi, Solectron und andere.