New Mexicos erstes Siegel wurde kurz nach der Gründung der Territorialregierung im Jahr 1851 entworfen. Das ursprüngliche Siegel ist längst verschwunden, möglicherweise als Teil der Artefakte, die in den Grundstein des Soldatendenkmals auf dem Santa Fe Plaza gelegt wurden. Abdrücke des ursprünglichen Siegels zeigten einen amerikanischen Adler, der einen Olivenzweig in einer Kralle und drei Pfeile in der anderen umklammerte. Entlang des äußeren Randes befand sich die Inschrift „Großes Siegel des Territoriums von New Mexico.“
In den frühen 1860er Jahren nahm ein unbekannter Beamter ein neues Siegel an, das ein ähnliches Design wie das heutige Große Siegel verwendete. Es zeigte den amerikanischen Weißkopfseeadler, dessen ausgestreckte Flügel einen kleineren mexikanischen Adler abschirmten und den Souveränitätswechsel von Mexiko zu den Vereinigten Staaten im Jahr 1846 symbolisierten. Der kleinere mexikanische Braun- oder Harpyienadler ergriff eine Schlange in seinem Schnabel und einen Kaktus in seinen Krallen und porträtierte einen alten aztekischen Mythos. Der äußere Rand des Siegels enthielt die Worte „Territory of New Mexico“, mit dem Datum 1850 entlang der Unterseite in römischen Ziffern (MDCCCL).
Es ist nicht klar, wann der lateinische Ausdruck „Crescit Eundo“ zum Siegel hinzugefügt wurde, aber 1882 verschönerte Territorialsekretär W.G. Ritch das frühere Design mit dem Satz, der übersetzt „es wächst, wie es geht.“ Dies ist auch zum Staatsmotto geworden. Diese Version des Siegels wurde 1887 von der territorialen Legislative offiziell als „offizielles Siegel und Wappen“ von New Mexico angenommen.Als New Mexico 1912 ein Staat wurde, ernannte der Gesetzgeber eine Kommission zum Zweck der Gestaltung eines Staatssiegels. In der Zwischenzeit genehmigte der Gesetzgeber die vorläufige Verwendung des territorialen Siegels mit den Worten „Großes Siegel des Staates New Mexico“ ersetzt. Im Juni 1913 reichte die Kommission, die aus Gouverneur William C. McDonald, Generalstaatsanwalt Frank W. Clancy, Oberrichter Clarence J. Roberts und Außenminister Antonio Lucero bestand, ihren Bericht über die allgemeine Gestaltung des Territorialsiegels ein und ersetzte nur das Datum 1912 für die römischen Ziffern. Dieses Siegel wird heute noch als offizielles Siegel von New Mexico verwendet.