senare arbete och deltagande i Marvel Cinematic Universe
Efter att ha arbetat för Marvel i officiell kapacitet i nästan 60 år började Lee driva andra projekt och 1999 bildade han Stan Lee Media, ett internetunderhållningsföretag byggt runt hans skapelser. Så småningom blev hans roll i Marvel ordförande emeritus. Lees nya företag gjorde det bra med sitt första projekt, en animerad Online—serie som heter 7th Portal, som innehöll utlänningar som kommer in i jorden genom en ”7th portal” – Internet. Efter denna första framgång, i alla fall, företaget drabbades av ett antal rättegångar och korruptionsavgifter. Den ansökte om konkurs i februari 2001. 2004 grundades Pow Entertainment för Lees olika nya karaktärer och franchises. Han och hans partners sålde företaget 2017.
Copyright 2005 Twentieth Century Fox Film Corporation och Marvel Entertainment
filmanpassningar baserade på serien som Lee cocreated var mycket framgångsrika. X-Men (2000) och Spider-Man (2002) lanserade blockbuster franchises som tjänade miljarder dollar i kassakontorsintäkter över hela världen. Andra Lee skapelser för att få Hollywood-behandlingen var Daredevil (2003), Hulk (2003) och Iron Man (2008). Lee presenterades ofta i cameo roller i dessa filmer, en tradition som fortsatte efter att Disney köpte Marvel 2009. En flod av Marvel-filmer följde förvärvet, inklusive de baserade på Lee-Kirby skapelser som Thor (2011), Avengers (2012) och Ant-Man (2015). Lees cameos blev fan-favorit ”påskägg” inom Marvel Cinematic Universe—som filmens delade värld blev känd—och han uppträdde så småningom i dussintals Marvel-filmer, tv-program och videospel. Hans korta roll i Guardians of the Galaxy Vol. 2 (2017) klargjorde att Lee faktiskt skildrade samma karaktär i vart och ett av dessa framträdanden och att hans återkommande roll har varit en kroniker av händelserna i Marvel Universe. I November 2002 lämnade Lee in en rättegång på 10 miljoner dollar mot Marvel efter att ha misslyckats med att få några vinster från den första Spider-Man-filmen, och 2005 dömde domstolen till förmån för Lee.förutom sitt arbete i andra medier skrev Lee böcker om serier och om sitt eget liv. Hans publicerade verk inkluderar Origins of Marvel Comics (1974), Excelsior!: Stan Lees fantastiska liv (2002) och Stan Lee och uppgång och Fall av den amerikanska serietidningen (2003). År 2008 tilldelades han en nationell medalj av konst.